Cette période a connu des hauts et des bas. À la diminution progressive de la valeur des revenus attribués par le fondateur s'ajoute la plus grande complexité des plans académiques et l'incorporation de l'enseignement technico-scientifique qui caractérisent les XVIIIe-XIXe siècles. L'université fut contrainte de demander une aide financière à la mairie d'Oñati - qui construisit le bâtiment et versa les 500 ducats initiaux - et aux autorités provinciales. Oñati fixa une somme annuelle, grâce à laquelle l'université put ajouter deux professeurs de philosophie et deux professeurs de théologie jusqu'en 1767. L'historien Camino, plus tard professeur et recteur de l'université, fut l'un des élèves les plus brillants de cette période.
Dans la seconde moitié du XVIIIe siècle, en pleine période des Lumières, l'université, économiquement exsangue, n'est pas en mesure de se maintenir, et encore moins de se développer. En 1767, elle ne compte que quatre chaires : deux de droit, une de canon et une de théologie morale. Les étudiants et les professeurs la désertent, préférant les grandes universités, privilégiées par le pouvoir central, notamment dans le R.O. de 1770 qui exempte les diplômés et les matricules de Valladolid, Salamanque, Alcalá, Santiago, Oviedo, Séville, Grenade, Cervera, Huesca, Saragosse et Valence, condamnant les autres à disparaître. D'autre part, les mécènes basques n'étaient pas non plus prodigues, puisque, comme le souligne Lizarralde :
"Les riches familles d'Oñati, comme celles du pays en général, étaient très enclines à laisser une partie de leurs biens pour doter des monuments pieux ; les grandes institutions de charité chrétienne de notre pays remontent aux XVIe et XVIIe siècles. Mais la charité s'est montrée plutôt avare de ce qui est l'une des institutions les plus bénéfiques de l'époque".
Le manque de moyens et une vision traditionaliste de l'enseignement universitaire, réfractaire aux innovations éclairées, sont à l'origine de son déclin. La réforme universitaire de 1771 - qui entraîne l'éclipse de l'université bénédictine d'Irache (arts, théologie et médecine) et la fermeture de l'université dominicaine de Saint-Jacques-de-Pampelune - met Oñati dans une situation difficile. Un rapport de 1771 sur les revenus et les chaires de l'Université éclaire sa situation :
"Les fonds, Monsieur, dont jouissent l'Université et le Collège sont les mêmes, sans aucune séparation ni distinction, et d'après le plan qu'ils ont dressé de leurs revenus pour la plus grande instruction de Votre Majesté, il s'avère que même les six mille qui ont été réservés pour l'Université et le Collège sont les mêmes, sans aucune séparation ni distinction. Il s'avère que, y compris les six mille treize réaux avec lesquels la ville contribue en vertu d'une faculté royale pour l'entretien de trois cathédrales, deux d'Instituta et une de Théologie morale, qui a été créée en l'an 1761 pour la raison d'avoir séparé les Réguliers expulsés des quatre de Theologia Scholastica et Philosophia pour l'omission et la négligence avec lesquelles ils s'occupaient de l'éducation publique, tous leurs revenus s'élèvent à 22.949 réaux et trente-deux mille et deux mrs, dont 8.125 sont destinés à payer les salaires des sept cathédrales qui subsistent actuellement : à savoir deux de l'Instituta civil : deux du Droit Canon : une de la Théologie morale, et deux de la Philosophie : 2.125 à ceux du Maître d'hôtel, du secrétaire, du Bailli, du Médecin, du Zirujano, et du cuisinier. Les 850 au paiement de la subvention et 4.000 à celui des dépenses de la Chapelle, des réparations extraordinaires des domaines ; le bon d'huile, de lumière, de bois de chauffage et d'autres commodités avec lesquelles le collège universitaire contribue pour la pénurie de leur salaire aux étudiants du collège cathédral, et 7.894 réaux et 32 mrs sont laissés à leur profit, avec lesquels les diligences judiciaires qui peuvent être nécessaires pour la collecte de leurs revenus doivent être payées. Les fonds à partir desquels ces derniers, à l'exception des 6 013 réaux produits par l'arbitrage auquel contribue la ville, sont constitués par les recensements, la succession et les actions contre la Compagnie Royale de Caracas".
Coïncidant avec une période d'incompréhension particulière entre le pouvoir central et le Royaume basque et les provinces, deux événements de grand intérêt se sont produits dans le dernier tiers du XVIIIe siècle : l'incorporation des pouvoirs foraux dans le financement de l'Université et l'occupation française.
Réformes de 1772-1777C'est au cours de ces années que le pouvoir foral intervint pour la première fois dans le financement de l'Université d'Oñati. Grâce à cette aide - 1 500 reales par province basque - les chaires de droit royal, de droit du royaume, de conseils généraux et nationaux et de droit naturel et public furent créées. Un RO du 15 février 1777 autorise à nouveau la délivrance de diplômes supérieurs. Cette autorisation fut obtenue grâce aux efforts continus des trois Conseils provinciaux, de la Mairie d'Oñati et de l'Université elle-même, mais aussi, comme le souligne Zumalde (1968), grâce à l'intervention à la Cour de la Société Royale Basque des Amis du Pays et du Comte de Peñaflorida qui, comme nous le savons, s'occupaient d'une œuvre - le Séminaire de Bergara - qui était aussi une œuvre universitaire, bien que beaucoup plus actuelle et moderne. Ce premier cloître était composé des diplômés Domingo de Ibarrola, recteur, Juan Francisco de Inurrigarro, Mateo José de Areizaga, José Antonio de Aguirre, Francisco Antonio de Lizarra, Tomás de Saráchaga, Tomás de Zaballa et Francisco Javier de Urtaza. Ainsi, pendant 17 ans, notre institution a été l'une des universités les plus importantes de la péninsule.
Division avec l'occupation françaiseL'occupation du pays et la division de sa classe dirigeante eurent des répercussions sur la vie de l'Université ; le 23 novembre 1794, une partie du cloître se déplaça avec l'autorisation royale à Vitoria avec quelques étudiants. Ainsi, les cours se déroulèrent à Vitoria et à Oñati pendant les mois que dura la guerre, après quoi les cours - facultés de Droit, de Canons et de Philosophie - reprirent à l'endroit habituel. La chaire de droit public, naturel et international a été supprimée en vertu du R. O. du 31 juillet 1794 par mesure générale. En conséquence, les chaires de ce Collège-Université furent réduites aux autres chaires mentionnées ci-dessus.
Réformes de 1772-1777C'est au cours de ces années que le pouvoir foral intervint pour la première fois dans le financement de l'Université d'Oñati. Grâce à cette aide - 1 500 reales par province basque - les chaires de droit royal, de droit du royaume, de conseils généraux et nationaux et de droit naturel et public furent créées. Un RO du 15 février 1777 autorise à nouveau la délivrance de diplômes supérieurs. Cette autorisation fut obtenue grâce aux efforts continus des trois Conseils provinciaux, de la Mairie d'Oñati et de l'Université elle-même, mais aussi, comme le souligne Zumalde (1968), grâce à l'intervention à la Cour de la Société Royale Basque des Amis du Pays et du Comte de Peñaflorida qui, comme nous le savons, s'occupaient d'une œuvre - le Séminaire de Bergara - qui était aussi une œuvre universitaire, bien que beaucoup plus actuelle et moderne. Ce premier cloître était composé des diplômés Domingo de Ibarrola, recteur, Juan Francisco de Inurrigarro, Mateo José de Areizaga, José Antonio de Aguirre, Francisco Antonio de Lizarra, Tomás de Saráchaga, Tomás de Zaballa et Francisco Javier de Urtaza. Ainsi, pendant 17 ans, notre institution a été l'une des universités les plus importantes de la péninsule.
Division avec l'occupation françaiseL'occupation du pays et la division de sa classe dirigeante eurent des répercussions sur la vie de l'Université ; le 23 novembre 1794, une partie du cloître se déplaça avec l'autorisation royale à Vitoria avec quelques étudiants. Ainsi, les cours se déroulèrent à Vitoria et à Oñati pendant les mois que dura la guerre, après quoi les cours - facultés de Droit, de Canons et de Philosophie - reprirent à l'endroit habituel. La chaire de droit public, naturel et international a été supprimée en vertu du R. O. du 31 juillet 1794 par mesure générale. En conséquence, les chaires de ce Collège-Université furent réduites aux autres chaires mentionnées ci-dessus.
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