Un estado de ánimo muy diferente debió experimentarse en la Corte al llegar las noticias de que los vizcaínos se habían levantado en armas. Era muy reciente el ejemplo de cómo habían terminado otras algaradas populares en la vecina Francia. Y al temor del desarrollo de los sucesos en Bizkaia se añadía el de que el ejemplo se extendiera por los demás territorios vascos. Por ello la reacción de la monarquía fue rápida y decidida al conocer los incidentes.
No se atendió a los informes que las instituciones vizcaínas enviaron asegurando la lealtad del Señorío y que sus habitantes habían vuelto a la tranquilidad y se enviaron tropas del ejército real junto a un juez comisionado para instruir un proceso sobre lo ocurrido. El veintiuno de septiembre entró en Bilbao la vanguardia de las tropas reales bajo el mando del brigadier Benito San Juan, comandante de la guardia de honor del Príncipe de la Paz. A estas tropas seguirían otras que, sólo en Bilbao, llegarían a cuatro mil soldados. A las pocas horas de la entrada de estas tropas llegó el juez comisionado Francisco Javier Durán, que se reunió con San Juan en la posada de San Nicolás.
La sentencia dictada el 23 de mayo de 1805 condenó a trescientos sesenta y siete hombres y diecisiete mujeres de Bizkaia a multas de hasta seis mil ducados, penas de destierro, prisión de hasta ocho años o, incluso, servicio en el ejército real. No se impuso ninguna pena de muerte en atención a que durante la Zamacolada no había habido ninguna víctima mortal. Las localidades en las que se habían dado mayores incidentes fueron asimismo condenadas a pagar los gastos de la manutención de las tropas ocupantes, que permanecerían en Bizkaia hasta marzo de 1807. Bilbao fue obligada a pagar la mitad, además de ser despojada de sus títulos de "Muy Noble y Muy Leal". Otra cuarta parte debió ser costeada por Begoña, Deusto y Barakaldo y la cuarta parte restante tuvo que ser aportada por Erandio, Sondika, Loiu, Arrigorriaga, Etxebarri, Galdakao y Gordexola. La corona obtuvo de esta forma unos ingresos de once millones de reales, a los que se sumó otro millón proveniente de las multas impuestas a sesenta y cinco particulares.
Además, la monarquía se valió de esta sentencia y de la ocupación militar de Bizkaia para modificar la estructura política del Señorío de acuerdo a sus teorías absolutistas. Entre otros cambios, eliminó la figura del corregidor, clave en el ordenamiento foral vizcaíno como representante de la autoridad señorial, e instauró la de comandante general de Bizkaia y gobernador militar y político de Bilbao. Además, a éste se le instituyó como lugarteniente a un alcalde mayor que sustituyó a los tenientes del corregidor y al alcalde de Bilbao.
Tras la Guerra de la Independencia española la restauración del absolutismo supondría también la restitución del ordenamiento foral vigente en Bizkaia antes de la Zamacolada. Pero había quedado claro que mediante una ocupación militar había podido vulnerarse el fuero vizcaíno, lo que sería determinante desde entonces en el desarrollo político de Bizkaia y del resto de los territorios vascos vinculados con la monarquía española.