Se iniciaron el día veintidós de agosto por la mañana. En su mayoría asistieron los mismos apoderados que en las anteriores Juntas Generales de julio, si bien el número de asistentes fue mayor, hasta el punto de que no se recordaban otras Juntas tan multitudinarias, a excepción de las que, durante la Guerra de la Convención, trataron del envío de tropas vizcaínas a Gipuzkoa con motivo de la penetración del ejército francés en este territorio.
Tras iniciar la Junta el Corregidor, se leyó en castellano y euskera una copia del plan militar aprobado en las anteriores. La lectura de cada capítulo en este último idioma fue seguida por un murmullo de desaprobación de la mayoría de los junteros y, finalmente, la Junta desechó este mismo día el plan. Se acordó además proponer al Rey un servicio sustitutorio del nuevo sistema militar, que acabó concretándose en la oferta de un donativo de un millón de reales. El ambiente que dominó en aquellas Juntas Generales fue muy distinto al de las anteriores de julio.
Al haber desaparecido el férreo dominio de Zamácola y sus partidarios, se hablaba ahora en su contra tanto como un mes antes se les había elogiado. Pero tampoco el desarrollo de los debates estuvo dirigido monolíticamente por los que habían pedido la convocatoria de las Juntas Generales, como se podía haber esperado, ya que hubo lugar para las discrepancias como en otras Juntas anteriores, a pesar de la tensa situación.
Las Juntas Generales acabaron el treinta de agosto, tras la dimisión de los miembros de la Diputación, con la elección de los de una nueva y el regreso de los junteros a sus respectivas localidades, donde, tras la anulación del plan militar y la dimisión o puesta en fuga de sus promotores, ya había retornado la calma.