Al hablar de la historia de la Ikastola de Bergara, no podemos olvidar que en 1933 ya existía una Ikastola den Bergara. Al mencionar la creación de la misma, cabe destacar la participación de la maestra María Oianguren y los miembros del Batzoki de Bergara, especialmente Agustín Linazasoro y Telesforo Monzón. La denominada Euzko-Ikastola de Ariznoa, en la calle San Pedro, abrió sus puertas el 8 de enero.
Ese primer año, en la Ikastola se juntaron unos 55 niños y niñas de entre 5 y 14 años. En años posteriores llegaron a ser 62 alumnos. María Oianguren era la única maestra, y por las tardes solía ayudarle su propia hermana Matxalen, enseñando a los niños trabajos manuales. La Ikastola se mantuvo abierta durante tres años, hasta que en 1936 Bergara cayó en manos de los franquistas. Los fascistas tomaron la Ikastola y quemaron todo el material. Tras la Guerra Civil, al volver María Oianguren a Bergara, las nuevas autoridades la castigaron y la enviaron durante dos años al exilio.
La simiente de la Euzko-Ikastola de Ariznoa generó sus frutos incluso durante los oscuros años del franquismo. En Bergara había dos academias que impartían clases en euskara: Koldo Elizalde (en la calle Komenio) y San Martin de Agirre (Bidekurutzeta). Ambas fueron precursoras de la Ikastola Arizmendi, se encontraba en Mizpildi, junto con el colegio bilingüe Santa Infancia.
En el proceso de creación de la Ikastola jugaron un papel muy importante los padres dominicos que se encontraban en Bergara desde 1880. Los Dominicos, con el permiso del obispo, desde el primer momento mostraron una actitud muy buena ante la iniciativa de los padres y madres. Así, se remitió una solicitud a la Dirección de Enseñanza para poder establecer los locales de la Ikastola en el propio Seminario. Los Dominicos, a cambio de los locales, hicieron llegar una serie de peticiones a los padres y madres. Conseguir el permiso jurídico de la escuela conllevo un arduo trabajo. Bajo el yugo del Franquismo, obtener los permisos oficiales no era tarea fácil aquellos años, y aún menos para una Ikastola que impartía sus clases en euskara.
La Ikastola Aranzadi se creó en junio de 1971. Dicho año el titular de la misma fue la Sociedad Cooperativa Ikastola Telesforo de Aranzadi y la sede se encontraba en la Plaza San Martín de Bergara s/n. La Cooperativa de por si se trataba de una Cooperativa de Padres, siendo los profesores socios colaboradores.
En junio de 1972, debido a ciertos problemas legales, cambiaron el nombre del colegio, al unirse el Colegio de la Santa Infancia y el Colegio Técnico San José Obrero surgió el Colegio de Educación Preescolar y Educación General Básica Aranzadi, siendo este el nombre de la nueva Ikastola. Los titulares de la misma era la Asociación de Padres de Alumnos, la Comunidad de los Padres Dominicos de Bergara y José Alberto Amilibia Peyrussanne (titular del Colegio de la Santa Infancia).
El 10 de julio de 1975 obtuvo la legalización definitiva (ya que había obtenido un permiso provisional en 1973).
En aquel comienzo, se pusieron en marcha seis cursos de Educación Preescolar y EGB. La Ikastola contaba con 328 alumnos y el presupuesto era de 1500000 pesetas. Solicitaron ayuda económica a la Delegación de Enseñanza y ésta fue una de las pocas Ikastolas que contó con dicha ayuda. En un principio las profesoras de preescolar era las siguientes: María Asun Lete, María Pilar Mujika, Lupe Olabarria, Amaia Azkargorta, Izaskun Jimeno y Edurne Arzelus, todas carecían de título. En los seis primeros cursos de EGB, las profesoras eran Mari Karmen Amasorrain, María Flora Fernández de Retana, Pili Fernández, Kontxita Maiztegi, Lide Mujika, María Victoria Arizmendi y José Amilibia.
Recibió el nombre de Ikastola Aranzadi en honor al antropólogo nacido en Bergara en 1860. En junio de 1983 se realizó el cambio oficial de titular, y el nuevo dueño pasó a ser la Sociedad Cooperativa Telesforo de Aranzadi. Dicho cambio se había acordado en 1981, ya que se preveía que en 1982 se iba a firmar el Estatuto de las Ikastolas y en ese proceso era necesario elegir la figura jurídica más apropiada para la Ikastola: una sociedad civil o una cooperativa, y al final se eligió una cooperativa.
El 19 de febrero de 1993 el Gobierno Vasco aprobó el Proyecto de Ley sobre la Escuela Pública Vasca. La promulgación de dicha ley generó no pocas discusiones en la Ikastola, en la Cooperativa y en el propio pueblo, incluidos momentos conflictivos. La Ikastola debía decidir: mantener su carácter privado o incorporarse a la red pública. En esa encrucijada, la Asamblea de la Cooperativa decidió permanecer en la red privada.
En 1992 se celebró por primera vez en Bergara la fiesta de las Ikastolas de Gipuzkoa. En 2007, se celebró la segunda edición del Kilometroak.