El logro máximo de la Diputación de Gipuzkoa, en cuanto al ámbito escolar, fue la creación de las escuelas rurales, para solucionar el problema del analfabetismo rural a través de la escolarización; además de adecuar la formación de los niños y niñas a sus condiciones lingüísticas. Este proyecto explica el aumento de la alfabetización entre la población rural, además de posibilitar una experiencia, hasta ese momento desconocida, de alfabetizar a esa población en euskara. Las escuelas rurales de Gipuzkoa arrancan de una política de subvenciones hasta fraguarse en un proyecto de construcciones, bajo la égida de una política carlista en la Diputación. La atención a este proyecto fue importante por dos cuestiones: primero por una política de subvenciones a los maestros, maestras y miqueletes que impartían docencia en los caseríos dispersos y, segundo, por un proyecto que pretendía construir 100 escuelas a partir de 1930, pero que en realidad se sustanció en la construcción de 21 escuelas provinciales y el mantenimiento de un profesorado adecuado y una inspección escolar.
El interés por la situación de la enseñanza en las zonas rurales y el analfabetismo rural fue una constante desde 1913 hasta 1930, con la elaboración de diversos informes a cargo de la Comisión de Fomento de la Diputación. Así, en 1926 se dictaron unas bases para la concesión de subvenciones donde se indican las siguientes condiciones, entre otras:
- Las subvenciones se destinan únicamente a escuelas rurales o de barriada.
- El importe de la subvención se destinará a aumentar la dotación del maestro o encargado.
- La Diputación subsistirá manteniendo su apoyo mientras las demás entidades sigan prestándole su apoyo.
- La Diputación podrá retirar la subvención cuando de la inspección resulte que la escuela no cumpla su finalidad.
Tras otra propuesta, en 1927, después del conocimiento de la realidad educativa, donde se señala que "hay 18.000 niños en Guipúzcoa, correspondientes a 236 barriadas rurales, de las que en sólo 120 existen escuelas y de éstas unas 40 están en estado muy deficiente", la Diputación se hizo cargo de solucionar este problema. Finalmente, en 1930, la Diputación desarrolló el proyecto de las escuelas rurales provinciales, siguiendo los criterios de un reglamento elaborado a tal efecto, relativo a la construcción de escuelas, la aportación económica de la Diputación y de los ayuntamientos, la inspección de dichas escuelas, o el idioma en que debía impartirse la enseñanza. Asimismo se convocarían las oposiciones para cubrir las plazas de maestras y maestros para dichas escuelas, así como la contratación de la persona que habría de inspeccionar dichas escuelas. Este proyecto concluiría, después de la guerra civil y la derogación del concierto en 1937, pasando dichas escuelas a depender a partir del 18 de abril de 1938 del Estado, convirtiéndose en escuelas nacionales.
Además de esta política de subvenciones a las escuelas rurales, hay que recordar también el apoyo económico a las diferentes escuelas de Artes y Oficios de la provincia y a la de San Sebastián , que señalan el interés de la Diputación por apoyar el desarrollo económico del territorio.