En 1982, en los últimos días de su vida, vino a vivir a San Sebastián, "cansado de ser español", por desilusión con la Transición y sus derivaciones ("el franquismo sin Franco"), participando en actos políticos a favor de la coalición Herri Batasuna. Publicó durante un tiempo artículos en "Punto y Hora" y en el periódico Egin, por alguno de los cuales (firmado como J. Abiraneta, aparecido el 19 de octubre de 1982) fue procesado, pleito que quedó en suspensión a su muerte acaecida el 28 de agosto de 1983. Fue enterrado en el cementerio de Hondarribia. El País Vasco vivía en aquellos días el drama de las inundaciones. Aunque estaba incomunicado, a su entierro acudieron muchos amigos de toda España, entre otros, Jaime Salinas, entonces un alto cargo en el Ministerio de Cultura. Bergamín tuvo siempre un gran afecto por su padre, el poeta Pedro Salinas y, cuando le otorgaron el premio Menéndez Pelayo de la Universidad Internacional Menéndez Pelayo de Santander, aceptó recibir tal honor "porque esta Universidad la fundó mi amigo el republicano Salinas", en el periodo de la Segunda República.
La obra de Bergamín ha seguido ocupando un puesto en la vida cultural. La reedición de sus obras -fundamentalmente, por la editorial Turner y Pre-Textos- han permitido sostener en las dos últimas décadas la memoria de una obra, que merece constantes ensayos y estudios, como los de Nigel Dennis, Gonzalo Santonja o Gonzalo Penalva. Santonja ha realizado también para la editorial guipuzcoana Hiru una antología de sus textos más incisivos, Cristal del tiempo. En 1989, Pilar Lorenzo publicó el libro José Bergamín para niños. Libros como Aforismo de la cabeza pensante, El arte de Birlibirloque o La música callada del toreo, se siguen reeditando, junto con su poesía. "Revista de Occidente" le ha dedicó (1995) un monográfico a la obra de este poeta y pensador, a quien interesó de por vida el aforismo, la paradoja, el saber popular y el toreo. Dedicó a éste algunas de sus páginas más conspicuas, y procuraba atraer hacia el arte del torero Paula (para quien escribió un libro) a quienes no conocían, o denostaban el mismo. "El toreo -escribió Bergamín- es un doble ejercicio físico metafísico de integración espiritual en el que se valora el significado de lo humano heroicamente o puramente: en cuerpo y alma, aparentemente inmortal".
La poesía completa de Bergamín se halla recogida en un conjunto de libros: Sonetos, rimas, Del otoño y los mirlos, Apartada orilla, Velado desvelo, Esperando la mano de nieve, Canto rodado y Hora última.