Alfonso Ugarte musikagile emankorra izan zen eta genero askotako musika egin zuen: erlijiozko musika, koru-musika profanoa (ereserkia, etab.), ganbera-musika, piano-piezak, antzezte-piezak eta banda-musika. Bere ekoizpen ezaugarriena eta naroena erlijioarekin lotuta dagoenez, hura aztertzeari ekingo diogu. Dena den, Ugartek tardo-erromantiko estiloan pianoz jotzeko areto-pieza batzuk (gehienak Lizarrako klase dirudunetako ikasleei eskainiak), ganbera-obra batzuk (Arte Musical Madrileko aldizkarian argitaratu zen kutsu neoklasikoa zuen La corte de Carlo IV minueta nabarmendu behar da), antzezte-pieza txiki batzuk (Juguete infantil eta El roscón de San Francisco) eta bandek, txistulariek eta koru-taldeek interpretatzeko musika (ereserkiak, etab.) ere konposatu zituen.
Bere elijio-lanari dagokionez, Ugartek, mezak, ofizioak, bestelako pieza latindar batzuk (moteteak, eukaristia-kantak, ama birjinari eskainitako kantak), organo-musika eta euskaraz eta gaztelaniaz interpretatzen ziren erlijiozko kanta herrikoi ugari konposatu zituen. Konposaketa-estiloari dagokionez, lehen konposaketetan errepertorio tardo-erromantikoaren eta Wagnerren hizkuntza harmonikoaren eragina antzeman daiteke. XIX. mendearen amaiera eta XX. mende hasiera bitartean konposatu zituen bere lehenengo erlijio-lanak. Horietan, geroago erreformak gogor erasoko zuen antzerki-estiloa hautematen da. Hasierako estilo horren adibide gisa, Tantum Ergo i Genitori, Ne recordaris Errespontsua eta Gozos de San Andrés azpimarratu behar dira. Azken biak, Lizarrara etorri eta berehala konposatuko zituen, ziur aski. Errepertorio horren ezaugarriei dagokionez, melodia adierazkor eta kromatikoz betetako solo bertutetsu ugari hautematen da, horrez gain, instrumentu-hizkuntzaren pareko erritmo eta melodiak dituzten ahots polifonikoen artean isiluneak tartekatzen dira, izaera efektista eragiten duten interjekzioak sorraraziz. Gainera, organo-laguntzailearen hizkuntza beste genero profano batzuetan garatutako piano-estiloaren antzekoa da, eskalaz hornitutako zatiekin, estilo dotoreko motiboekin eta erritmo dantzagarriekin.
Hala ere, zezilianismoaren errepertorioaren eraginak aldaketa ekarri zuen bere estiloan. Berantiarragoak diren erlijio-konposaketetan kutsu barroko eta antzerkikoa alboratu egiten da, kromatismoa azpimarratzen da eta zezilianismoaren korronteek berreskuratutako polifonia errenazentistaren kontrapuntuaren teknikaren eragina antzematen da. Liturgia-pieza batzuetan (Hilen Ofizioan edo Aste Santuko Hirurrenerako Kantu Sakratuetan) Ugartek fabordoiaren baliabide polifoniko zaharra ere erabili zuen, melodia gregorianoei harmonia emateko. Bestelako lan artistikoago eta zainduago batzuetan (mezak, ereserkiak eta motete eukaristikoak), Errenazimenduko kontrapuntu sintaktikoaren teknikak antzematen dira. Hala, lan horietako musikaren ebakeran testu latindarreko esaldi eta hitz esanguratsuenak nabarmentzen dira, ahozko testuaren esaldi bakoitzean esaldi melodiko bat eta trataera polifoniko ezberdina uztartzen direlarik, kontrapuntu eta homofonia zatiak tartekatuz eta, era berean, koru-masa eta beste ahots solista batzuk ere tartekatuz. Esaldiaren hastapenetan eskalazko sarrerak ageri ohi dira ahotsen arteko imitazioz hornituta, ondoren, bertikalagoa eta homoerritmikoagoa den kontrapuntu aske batez oreka ematen delarik. Halaber, hitz esanguratsuenak ere trataera homoerritmiko eta deklamatorio bidez nabarmentzen dira. Silaba bakoitzeko nota batekoa edo bikoa izaten da testuaren eta musikaren arteko lotura, bakanka, esaldiaren amaierako zatietan melisma laburrak agertzen direlarik. Musikaren ebakera, beraz, testuaren ulermen argi baten baitan dago. Konposaketa horietako batzuk melodia gregorianoetan oinarritzen dira, beste batzuk berriak dira, baina eredu gregorianoen eta Errenazimenduko erlijio-polifoniaren eragin argia dute. Konposaketa horietako melodiak eta harmoniak musika modalaren kutsu indartsua dute, nahiz eta tonalitate-sistemaren barnean mantendu.
Kantu polifoniko herrikoiez hornitutako errepertorioak antzeko ezaugarriak ditu, aurreko konposaketen uzkurtasun eskolastikotik urrun kokatzen den sinpletasun eta freskotasun gehiago duten arren. Ugartek kantu edo ereserki guztietan egitura bera erabiltzen du. Egitura hori koruak edo herriak (normalean soinu bakarrekoa, nahiz eta zenbaitetan eraketa polifonikoa izan dezakeen) kantatzen duen errepika batez osatzen da, ahots bateko, biko edo hiruko ahapaldi bat edo gehiagoz txandakatuta. Bere melodiak zenbaitetan liturgia-kantuen kutsua du eta, beste batzuetan, kutsu herrikoidun inguramendu eta erritmoak agertzen ditu (bereziki euskal folklorearena).
Erreformaren irizpideei jarraiki, Ugarteren erlijiozko musika kontzertu-estilotik urrun, solo-ahots batzuen doitasunean kokatzen da, organoa delarik ahots horiekin agertzen den instrumentu bakarra. Beranduagoko lanetan, instrumentu hori piano-hizkuntzatik urruntzen da eta ahotsen tramaketa polifonikoa erreproduzitzen du. Azken horren laguntzaile eta harmonia-betegarri gisa baliatzen delarik. Egitura askea sarrerako eta tarteko pasarte laburretara (hor solista gisa erailtzen da) eta oso-osorik instrumentu horrekin interpretatzen den lanetara mugatzen da.
Bere hizkuntza harmoniko bitxia da azpimarratu beharreko beste alderdi bat, estilo helduaren ezaugarri. Aurrez adierazi bezala, hizkuntza tardo-erromanikoan egindako lehen konposaketatan ageri zen kromatismoak indarra hartuko du ondorengo lanetan. Ugarteren estiloak diatonismo modernoa zuen ezaugarri hastapenetik. Estilo hori bat zetorren tradizioaren eta modernismoaren arteko orekarekin, Aita Otañoren ustez eliza-musikaren ideala zen orekarekin, hain zuzen. Zezilianismo klasikoenaren eta ortodoxoenaren joerei jarraiki, bere konposaketa batzuetan inflexio modalekin eta esaldiaren azken kadentziaren aurretik kokatutako pasarte kromatikoren batekin zipriztindutako harmonia tonala antzematen zen. Hala eta guztiz ere, bere estilo bereziaren ezaugarri diren lan adierazgarri gehientsuenetan, harmoniaren erabilera harrigarria eta berritzailea nabari da. Konposaketa horietan modalitatea ez da inflexio jakin batzuetatik abiatuz harmonia tonal bat zipriztintzera mugatzen, aitzitik, elementu horrek tonalitatearen funtzio harmonikoak erabat desegituratzen ditu. Konposaketa horietan orientabide argi bat falta da; ez dago tonu nagusi bat berretsiko duen logikarik eta norabidezko tentsio argirik. Nabarmentzen diren tonu-erlazioak ahulenak dira, modalitatean nagusi diren haiek hain zuzen. Horrek harmoniaren anbiguotasuna areagotzen du. Ondorioz, harmonia erratiko samarra da, norabide jakinik gabea, modu batetik bestera anbiguoki mugitzen diren ustekabeko bira eta inflexioz betea.
Bere erlijio-konposaketa ezagun eta esanguratsuenetako batetik, In Honorem Sacratissimi Cordis Jesu Mezatik (20. hamarkadaren amaneran konposatua) hartutako zati horretan 
ikus dezakegu horren adibidea. Hasierako pasartean tonalitate nagusitzat anbiguoki Re minor baliatu ostean, hautatutako pasartean badirudi La minor dela nagusi. Dena den, tonalitate hori desitxuraturik geratzen da, izan ere, lehen pausagunea kadentzia plagal bat da, I mailatik V. mailara Mi Maior akordean atsedena hartuz altxatzen dena, eta bigarrena La Maior akordean amaitzen da. Jarraian, badirudi pasarte hori modu ezegonkorrean Sol minorrerantz bideratzen dela eta bat-batean Do minor akorde bihurtzen da.
Tonalitatea modu orijinalean erabiltzen duen diatonismo moderno horrek harrera ona izan zuen garaikideen artean, gainera, ezustekoa eta berrikuntza sortzeko moldapen kromatikorik behar ez zuen hizkuntza harmonikoaren freskotasuna balioetsi zuten. Aztertutako Mezak harrera kartsua izan zuen eta han-hemenka zabaldu (1935ean Casa Ervitik editatu zuen) eta interpretatu zen erreformaren musikaren konposaketa eredugarri gisa, hainbat arrazoi zirela medio: egituraren argitasuna, testuaren ulergarritasuna, sonoritate harmonikoaren freskotasuna eta berrikuntza, gauzatzeko erraztasuna eta sentimendu erlijioso sakona.