Alfonso Ugarte fue un compositor prolífico que cultivó música de muy distintos géneros: música religiosa, música coral profana (himnos, etc.), música de cámara, piezas de piano, piezas escénicas y música de banda. Dado que su producción más característica y abundante se centra en su obra religiosa, dedicaremos nuestro estudio a un análisis de la misma. No obstante, Ugarte también compuso algunas piezas de salón para piano en un estilo tardo-romántico (la mayor parte dedicadas a discípulas provenientes de las clases acomodadas de Estella), algunas obras de cámara entre las que destaca el minueto de corte neoclásico La corte de Carlo IV publicado en la revista madrileña Arte Musical, algunas piezas escénicas menores (Juguete infantil y El roscón de San Francisco), así como música para formaciones populares como las bandas, txistularis y agrupaciones corales (himnos, etc.).
Por lo que respecta a su obra religiosa, Ugarte compuso misas, oficios, otras piezas latinas (motetes, cantos eucarísticos, cantos a la virgen), música de órgano y numerosos cantos populares religiosos en euskera y castellano. En lo que se refiere a su estilo compositivo, las primeras composiciones manifiestan la influencia del repertorio tardo-romántico y del lenguaje armónico de Wagner. Sus primeras obras religiosas, compuestas en un periodo comprendido entre finales del siglo XIX y los años iniciales del siglo XX, muestran su alineamiento con el estilo teatral que posteriormente constituiría un blanco de ataque para la reforma. Como ejemplo de este estilo inicial caben ser mencionados, el Tantum Ergo i Genitori, el Responso Ne recordaris y los Gozos de San Andrés, estos últimos compuestos seguramente en las fechas iniciales de su estancia en Estella. En este repertorio abundan los solos de carácter virtuosístico con melodías expresivas y cromáticas, las voces polifónicas se encuentran cortadas por silencios produciendo interjecciones de carácter efectista y además presentan motivos rítmicos y melódicos cercanos al lenguaje instrumental. A ello se añade el hecho de que el lenguaje del órgano acompañante en nada se diferencia del estilo pianístico desarrollado en otros géneros profanos, con pasajes escalares, motivos de estilo galante y ritmos de carácter bailable.
La influencia del repertorio del cecilianismo ejercerá, sin embargo, un cambio de orientación en su estilo. Las composiciones religiosas posteriores prescinden de toda esta gama de efectos barrocos y teatrales, atenúan su cromatismo y en ellas se deja sentir la influencia de las técnicas contrapuntísticas de la polifonía renacentista recicladas por las corrientes del cecilianismo. En algunas piezas litúrgicas como las destinadas al Oficio de Difuntos o los Cantos Sagrados para el Triduo de Semana Santa, Ugarte emplea incluso el antiguo recurso polifónico del fabordón para armonizar las melodías gregorianas. En otras obras de factura más artística y cuidada (misas, himnos y motetes de carácter eucarístico), se aprecia la asimilación de las técnicas de contrapunto sintáctico en boga en el Renacimiento. Estas obras presentan así una clara articulación musical que resalta las frases y las palabras destacadas del texto latino, haciendo corresponder a cada frase del texto verbal una frase melódica y un tratamiento polifónico distinto, con la alternancia de pasajes en contrapunto y en homofonía, así como de pasajes con una masa coral y otros con voces solistas. Los inicios de frase suelen presentar entradas escaladas con imitación entre las voces, para luego estabilizarse en un contrapunto libre de carácter más vertical y homorrítmico. Las palabras más destacadas suelen resaltarse igualmente a través de un tratamiento homorrítmico y declamatorio. La relación entre texto y música corresponde a una o dos notas por cada sílaba, con la aparición infrecuente de breves melismas situados en los pasajes finales de la frase. La articulación musical, por tanto, está al servicio de una clara comprensión del texto. Algunas de estas composiciones se basan en melodías gregorianas, otras son de nueva invención pero se inspiran claramente en los modelos del gregoriano y de la polifonía religiosa del Renacimiento. Tanto la melodía, como la armonía de estas composiciones, presentan un fuerte sabor modal, pese a mantenerse dentro del sistema de la tonalidad.
El repertorio consagrado a los cantos polifónicos populares posee unas características similares, aunque hace gala de una mayor sencillez y frescura que lo aleja de la rigidez escolástica de las composiciones anteriores. Ugarte emplea en casi todos estos cánticos o himnos una misma estructura compuesta por un estribillo cantado por el coro o pueblo (usualmente en canto unisonal, aunque a veces puede tener una elaboración polifónica) que alterna con una o varias estrofas a una, dos o tres voces. Su invención melódica se inspira en ocasiones en el canto litúrgico y, otras veces, presenta contornos y ritmos de sabor popular (especialmente del folklore vasco).
Siguiendo las directrices de la reforma, la música religiosa de Ugarte se aleja del estilo concertante y se halla enmarcada en la austeridad de unas voces solas a las que tan sólo acompaña el instrumento del órgano. En las obras posteriores, el tratamiento de este último instrumento se aleja del lenguaje pianístico y pasa a reproducir el entramado polifónico de las voces, a las que sirve de sostén y relleno armónico. La invención más libre se restringe a los breves pasajes iniciales e intermedios donde actúa como solista, así como a las obras dedicadas enteramente a este instrumento.
Otro importante aspecto a señalar es el peculiar lenguaje armónico que caracteriza su estilo maduro. Como apuntamos anteriormente, sus obras posteriores fueron atenuando el cromatismo presente en las primeras composiciones de lenguaje tardo-romántico. Ugarte maduró tempranamente un estilo caracterizado por un diatonismo moderno que se ajustaba perfectamente al equilibrio entre tradición y modernismo defendido por el Padre Otaño como ideal de la música sacra. Siguiendo las tendencias del cecilianismo más clásico y ortodoxo, algunas de sus composiciones presentaban una armonía tonal coloreada por inflexiones modales y algún pasaje cromático situado antes de la cadencia final de la frase. Sin embargo, la mayor parte de sus obras más representativas, aquellas que definen su inconfundible estilo, ponen en evidencia un uso de la armonía más sorprendente y novedoso. En estas composiciones la modalidad no se limita a colorear una armonía tonal mediante ciertas inflexiones, sino que es un elemento que llega a desestructurar completamente las funciones armónicas de la tonalidad. En ellas se aprecia la falta de una clara orientación, de una lógica y tensión direccional que conduzcan a la reafirmación de un centro tonal. Esta ambigüedad armónica se ve incrementada por el hecho de que las relaciones tonales que se resaltan son las más débiles, precisamente aquellas que predominan en la modalidad. Como consecuencia de ello el deambular de la armonía es bastante errático, plagado de giros e inflexiones completamente inesperadas que basculan ambiguamente de un modo a otro.
Un ejemplo de ello podemos observarlo en este fragmento 
tomado de una de sus composiciones religiosas más famosas y representativas, la Misa In Honorem Sacratissimi Cordis Jesu (compuesta hacia finales de los años 20). Tras un pasaje inicial que establece ambiguamente a Re menor como tonalidad principal, el fragmento seleccionado parece moverse en La menor. Esta tonalidad, no obstante, queda desdibujada, debido a que el primer punto de reposo es una cadencia plagal que va del I al V grado descansando en un acorde de Mi Mayor y el segundo resuelve finalmente en el acorde relativo de La Mayor. A continuación el pasaje parece encaminarse de manera inestable hacia Sol menor y acaba desembocando repentinamente en un acorde de Do menor.
Esta presencia de un diatonismo moderno en el que se da un uso original de la tonalidad fue favorablemente acogida por sus coetáneos, quienes valoraron la frescura de un lenguaje armónico que no necesitaba caer en amaneramientos cromáticos para generar sorpresa y novedad. La Misa analizada tuvo una recepción entusiasta y fue ampliamente difundida (fue editada por la Casa Erviti en 1935) e interpretada como composición modélica de la música de la reforma, debido a la claridad de su estructura, la comprensibilidad del texto, la frescura y novedad de su sonoridad armónica, la facilidad para su ejecución y el profundo sentimiento religioso que emanaba.