Hasiera batean San Bizente elizak San Salvador izena izan zuen, eta XII. mendearen bukaeran eraiki zen. Suposatzen da estilo erromanikoan eraiki zela eraikitako garaian oinarrituta, nahiz eta ordurako estilo gotikoa erromaniko barrokoaren kontra agertu, pentsatzekoa da garai horretako eraikin gipuzkoar baten estilo nagusiena erromanikoa izatea. Eliza honetako eliztarren artean gaskoien presentzia nabarmentzen zen. Esan daiteke San Bizente eliza Santa Maria elizaren menpe egon zela urte askoz, azkeneko hau baitzen Donostiako jatorrizko eliza. Bi elizak kabildo bakar baten esku zeuden eta hauetako bakoitzak ez zuen geografikoki mugatua beraien eremua. 1544. urtean Paulo III.a aita santuak San Bizente elizaren autonomia berretsi zuen, baina 1576. urtera arte ez zen bi elizen arteko eliztarren banaketa egin.
Erdi Aroko eliza hori, sute baten ondorioz, suntsituta geratu zen. Orube berdinean, 1507. urtean hasi ziren gaur egun ezagutzen dugun eliza eraikitzen. Miguel de Santa Celay eta Juan de Urrutia maisu harginak aritu ziren bertan lanean eta beraiei atxikitzen zaie eliz honen diseinua. Estimatzen da XVI. mendearen lehen erdialdean lanak ia bukatuta egongo zirela. Hala ere, 1574. urtean, absideko edo kapera nagusiko hormak altxa egin zituzten. Horri esker, San Bizenteko elizaren ezaugarri esanguratsuenen artean mantentzen den erretaula bikaina egin zuen Anbrosio Bengoetxeak urte batzuk beranduago.
Jatorrizko eraikin honi hainbat eraldaketa eta berritze lan egin zitzaizkion urteen buruan. Horien artean aipagarria da, 1619. urtean sarrera nagusiaren aurreko portada egiteko baimena jaso izana. Orduan Domingo Zalduak eraldaketa honi erantzuna emateko proiektua aurkeztu eta aurrera eraman zuen. 1666. urtean sakristia eraiki zen eta XVIII. mendean koruko eskailera eta seguruenik hori ixten duen burdinazko balaustrada ere. XIX. mendera arte ez ziren dorreak eraiki. 2000. urtearen inguruan eraikina gaztetu eta edertzeko hainbat zaharberritze lan egin izan dira.
Oinplano laukizuzeneko eliza gotiko dekadentea da estiloz. Eraikina hiru nabe ezberdinetan banatzen da, erdikoa alboetakoa baino altuagoa delarik. Albo fatxadekin lerrokatuta dagoen gurutzadura, bakarrik barruko aldetik ikusi daiteke bere altuera dela eta. Absidea oktogonala da, kontrahorma nabarmenekin, gainontzeko eraikineko ataletan ere agertzen direnak. Absidearen goiko eta beheko zatian, hormatutako beiratea agertzen da, estilo gotikoko trazeriarekin. Sabai gangadunak ditu, nerbio gehiago eta iltzedunak direlarik absidean.
Kapera nagusiak, presbiterioak, XVI. mendearen bukaeran jasan zuen horma altxamendua dela eta, nabarmendu egiten da bertako gurutzaduretan bukaera konplikatuagoa dutela, elizaren gangen gurutzadura sinplearekin alderatuz. Zutabeak nukleo zirkularrekoak dira eta zutabetxoak dauzkate itsatsita. Hauek gotikoko azken garaiko kapitel arruntak dauzkate, hosto estilizatuetako orlen apaindurekin. Koruko guneko ezaugarri guztiak gainontzeko elizarenak bezalakoak dira. Egungo koru-azpiko ganga beranduagokoa da. Elizako dorre sendoa, garaiko dorretxeetako ohikoa da, leiho oso txikiekin, XV. mendearen bukaeran eta XVI. mendearen hasieran oso ugariak zirenak Gipuzkoan.
Antzinako sarrerari atxikia berrikiago eraikitako sarrera ataria dago. Antzina, arku zorrotzeko baoen bidez hiru aldetara irekitako ataria zen. Gaur egungo sarrera ateak bao horietan daude, horietako batzuk erdi itsutuak daudelarik. Sarrera nagusia mendebaldekoa da; hala ere, atari honen fatxadarik garrantzitsuena hegoaldekoa da, bi kanpandorreen artean kokaturikoa. Fatxadetan nabarmendu beharreko hainbat elementu ageri dira: arkuko leihoak, gezileihoak, arrosa leihoak, horma bularrak, arbotanteren bat, gargola landuak, zortzi aldeko absidea, eta hegoaldeko fatxadan garitoi moduko elizaren garaiera bereko elementu zilindriko bat, oinarrietan arku konopialeko ate bat duena.
Gaur egun bere fatxada ezberdinetan ikus daitezke beranduago etorritako eraldaketa edo berreraikuntza batzuk, zeinen artean arrosa-lehio handien presentzia nabarmentzen den.
Arkitekturaz gain, San Bizenteko elizak badu bere barnealdean ondasun ugari. Horien artean nabarmena da San Bizenteren erretaula, zortzi aldeko absidearen formara egokitzen dena. Bestelakoen artean aipatzekoak dira ere Sagrarioaren erretaula, Arimena edota koruko erdigunean aurkitzen den organo handia.