Alfonso I el Batallador, al hacer donación en 1117 a Sangüesa de los términos de Peña, Ullué y Aibar, confirma los fueros anteriormente concedidos por Sancho Ramírez. En 1150, Ramón Berenguer IV, conde de Barcelona y príncipe de Aragón confirma a Peña el fuero de Daroca de 1129, que había concedido Alfonso I.
En 1209 Pedro II de Aragón dio en empeño a Sancho el Fuerte de Navarra, entre otros lugares, el de Peña. Jaime I lo cede definitivamente a Navarra en 1232.
En 1380 Carlos II de Navarra perdona las pechas a los labradores de Peña en consideración a las pasadas guerras que asolaron sus campos. En 1424 pagaba a la corona 38 cahíces, 2 robos y 2 cuarteles de trigo y otra tanta cebada. En 1434 Juan II donó la pecha ordinaria de Peña a Beltrán de Ezpeleta, vizconde de Valderro.
Demolición del castillo. Fernando el Católico, consumada ya la conquista del reino de Navarra, mandó destruir a partir de 1512 gran número de fortalezas navarras por considerarlas perjudiciales para la seguridad del reino. Entre ellas la de Peña.
Hacia noviembre del año 1809, una partida de guerrilleros, mandada por Javier de Mina, entró en el lugar de Peña, dirigiéndose seguidamente hacia Caparroso.
Villa de señorío del valle de Aibar, 1.º partido de la merindad de Sangüesa, en el Reino de Navarra. El alcalde ordinario es nombrado por el conde de Ayanz.
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