Museoaren hasierako bilduma Karlista Alderdiak ekarri zuen, 2000. urtean, Nafarroako Gobernuarekin hitzarmen bat sinatu baitzuen, bere ondare historikoa osatzen duten ondasunen parte handi bat gordailu gisara eta denbora mugarik gabe uzteko: banderak, uniformeak, sari-oroigarriak, margolanak, argazkiak eta beste hamaika gauza gehiago. Une hartan, ondasun horietako zenbait Eusko Jaurlaritzaren esku zeuden, 1997. urtetik gordailu gisara utziak (zehazki, Bilbon, Euskal Arkeologia, Etnografia eta Kondaira Museoan).
Utzitako gauza horien artean, badira karlismoaren historian berebiziko garrantzia izan duten ale batzuk. Esate baterako, Karlos V.aren armadaren erret estandartea, Generalísima izeneko Bandera Nagusia, erregearen lehen emazte Maria Frantziska Braganzakoak 1833ko kanpainaren hasieran brodatua, edo jeneral gorenaren karguari dagokion Attila erako jaka edo dolmana, Karlos VII.ak Lakarko batailan erabili zuena (1875), edo Aita Santuaren estatuetako zuaboen uniformea, Karlos VII.aren anaia Alfontso Karlosena, 1936. urtean erregegaia izan zenarena.
Gerora bilduma beste bide batzuetatik berretu da. Alde batetik, museoari atxiki zaizkio Foru Administrazioak bereak zituen zenbait ondasun, han-hemenka barreiatuak zituenak: argazki multzo bat, grabatuak, orri solteak, paskinak eta kanpainako meza, baita hirurogeita hamar prentsa-ale ere.
Horietaz gainera, Foru Administrazioak museoa inauguratu aurretik eskuratu zituenak ere hor daude. Besteak beste, badira txanponak, zigiluak, fototipia albumak eta, batez ere, karlisten batailen eta protagonista batzuen koadroak, honako pintore hauenak: Francisco de Paula Van Halen y Maffei, José Cusachs y Cusachs, Enrique Estevan y Vicente, José Benlliure, Cecilio Pla eta Elías Salaberria.
Bestalde, bilduma iraunkorraren jardunarekin, komenigarritzat jo da gordailu jakin batzuk maileguan eskatzea beste erakunde eta jabe partikular batzuei, hala nola Pradoko Museo Nazionalari, Lizarrako (Nafarroa) Gustavo de Maeztu Museoari edo Tabarko (Nafarroa) Museoaren titularra den Jauregizar Fundazioari.