Gobernadorearen Jauregia deitutako XVII. mendeko eraikinean jarri da museoa. Jauregi hau Rua kalean (kalea Donejakue bidearen zati da) eraiki zen 1608tik 1613ra bitartean, eta eskualde honetan arruntak ez diren ezaugarri arkitektonikoak ditu. Juan Etxabarri Larrainek eraikinarazi zuen; jaun horren familiak botere handia izan zuen Lizarran XVI. mendetik XVII.era doazen urteetan.
2000. urtean hiriko Udalak erosi zuen eraikina, aurri egoeran zegoena, eta Nafarroako Gobernuari laga zion, bertan Karlismoaren Museoa jar zezan. Zaharberritzeari eta egokitzapenari esker, arkitektura-balioa eta jatorrizko itxura berreskuratu ditu.
Bertan hauxe eskaintzen da:
- lehenbiziko solairuan, erakusketa iraunkorra, karlismoaren historiari buruzkoa, hori baita museoaren muina.
- beheko solairuan, aldi baterako (baina iraupen luzeko) erakusketen programa; modu berezian erakusten dira karlismoaren aspektu jakin batzuk edo karlismoarekin zerikusia edo lotura duten gaiak, erakusketa iraunkorrean garatu ezin izan direnak.
- eta, sotoan, eraikinaren historiari eta zaharberritze-lanei buruzko erakusketa grafiko bat.