A partir de los años 1000 a. de C., con la Edad del Hierro, hubo varias oleadas de invasión de la Península por parte de grupos humanos transpirenaicos: no debieron afectar demasiado, por ser territorio un tanto marginal, a Guipúzcoa. Algunos de los dólmenes y túmulos anteriores continuarían en uso pero, por lo común, el nuevo rito de cremación de los cadáveres optó por la construcción de amontonamientos tumulares de menor tamaño o de círculos de piedra (en eusk. baratzak; al estilo de "cromlechs"), en cuyo centro se depositaban las cenizas del difunto. Es llamativa la concentración de tales monumentos en las crestas montañosas de la franja oriental de Guipúzcoa, limítrofe con Navarra. Un poblado de cierta entidad se ha definido en el castro de Intxur (Aldaba-Tolosa), con un amplio recinto fortificado. En las proximidades de la peña de Axtroki (Bolíbar-Escoriaza), donde se ubicó otro poblado, se han encontrado dos espléndidos cuencos de chapa repujada de oro (datables en los siglos VIII a VI a. de C.), procedentes con seguridad de Europa Central o Nórdica. En la cueva de Usastegui (Ataun) se halló un reducido conjunto de denarios ibéricos, acuñados a fines del siglo II a. de C. en Barscunes, Turiasu y Secobirices, es decir, en poblaciones de la cuenca del Ebro o de la Celtiberia. Sólo a fines del siglo I. a. de c:. los eruditos grecolatinos comienzan a prestar atención a esta remota fachada atlántica vasca, recogiendo noticias parciales de sus tribus y poblaciones. Las referencias escritas más útiles se hallan en la Geografía de Estrabón, en la Corografía de Pomponio Mela, en la Historia Natural de Plinio el Viejo, y en las tablas geográficas de Ptolomeo. Según ellos, por los años del cambio de Era la mayor parte de Guipúzcoa estaba ocupada por los Várdulos limitando su territorio por las cuencas del Deva (al Oeste estaban los Caristios) y del Oyarzun (al Este, los Vascones). Los principales núcleos de población que se citan en Guipúzcoa no han sido identificados con precisión; de Oeste a Este se hallan en la costa y son Tritium Tuboricum (desembocadura del Deva), Menosca (¿entre Urola y Oria?), Morogi (por el Urumea) y Oiasson. Con este topónimo (que perdura en el de Oyarzun y quizá en el de Bidasoa) se alude a tres entidades geográficas distintas: a una ciudad de los Vascones, a un promontorio o cabo costero, y a un lugar de paso, despejado, fronterizo entre Iberia y Aquitania. Es en el extremo nororiental de Guipúzcoa (en las cuencas bajas del Oyarzun y del Bidasoa) donde se concentran los únicos restos significativos de una segura presencia romana: las explotaciones mineras de Arditurri (Oyarzun), el establecimiento urbano de Juncal (Irún) (del siglo I), la necrópolis de urnas y el probable templo de Ama Xantalen (Irún) (aquélla de los siglos I y II, éste acaso del IV), los restos sumergidos del fondeadero de Asturiaga (Fuenterrabía) (de los siglos I a. y I d. de C.), diversos hallazgos de monedas en Irún, Oyarzun, Pasajes..., o la estela funeraria de Andrearriaga, en Oyarzun, dedicada a un Valerius Beltesonis. De la escasa locuacidad de aquellas fuentes escritas y de la concentración y carácter de estos restos arqueológicos se deduciría una presencia muy limitada de los romanos en suelo guipuzcoano, que seguramente no pudo alcanzar un grado suficiente de penetración cultural (de romanización efectiva de los indígenas). Tal presencia se circunscribe al litoral oriental durante los dos primeros siglos del Imperio: probablemente motivada por la explotación de filones de plomo y de hierro, a los que se accede y beneficia por vía marítima.