Viven los primeros meses de la ayuda chilena al refugiado; la Presidencia de la República la desempeña D. Pedro Aguirre Cerda, abogado y profesor universitario defensor de la causa republicana, hombre cordial y oriundo vasco. Mientras tratan de orientarse, montan un laboratorio doméstico en el que preparar productos de perfumería.. Llega Mariano, el inseparable hermano, procedente de Santo Domingo, en febrero. Nace en noviembre su primera hija. En 1941 comienza a publicar Estornés la revista Batasuna, como órgano de los vascos de Chile, que es sustituida, en 1943 por una más política, Euzkadi, en la que también colabora. Con la salida del mundo de los perentorios aprietos económicos, vuelve, poco a poco, la posibilidad de estudiar e investigar. La Biblioteca Nacional de Santiago abre sus generosas puertas. Pero, hay que vivir; en 1946 organiza una industria de reciclaje de cristal que será la empresa básica de la familia hasta la vuelta a la añorada Euskal Herria. Ha ido reconstruyendo Estornés una biblioteca vasca para sustituir a la perdida en 1936.
En 1952 publica en la editorial vasco-argentina Ekin dirigida por Andrés Mª de Irujo e Isaac López Mendizabal su Estética vasca. Son también años de extensas lecturas y estudios. En 1956 envía una ponencia al I Congreso Mundial Vasco celebrado en París.
En 1958 la familia Estornés-Zubizarreta, con Mariano Estornés, embarca por fin en Valparaíso rumbo a Europa. En Buenos Aires quedan los originales de una segunda obra de Estornés publicada en 1959 por Ekin: Eneko Arista, fundador del Reino de Pamplona, y su época.