Con motivo de la reunión en Irun de las Juntas Generales de la Provincia en julio de 1864, la Comisión de festejos del Ayuntamiento comenzó a plantearse cómo solemnizar las dos funciones eclesiásticas a las que asistirían los miembros de las citadas Juntas, para lo cual propuso "invitar [a] todos los elementos filarmónicos del pueblo o agregando de fuera los que hiciesen falta"; al mismo tiempo, el propio Echaide, consciente de la importancia del evento, el 13 de mayo había manifestado al Consistorio irunés su deseo de dirigir las celebraciones religiosas "con el debido lucimiento", para lo cual había escogido dos misas, una salve y varios motetes, contando con un total de cuarenta efectivos, entre cantantes e instrumentistas; paralelamente, Echaide informa que también está ensayando con los componentes de la "Música marcial" para intervenir en las funciones que correspondan a esta agrupación instrumental. Leídos ambos informes (de la Comisión de festejos y de Echaide) el 25 de mayo, el Concejal Souza opina que, dado el carácter extraordinario de la ocasión y al igual que ha ocurrido en otros pueblos de la provincia, sería aconsejable invitar a un director que no fuera el propio Echaide con el fin de aunar las sensibilidades musicales de Irun, debido al "estado actual de rivalidad en que se encuentran las Sociedades filarmónicas de esta villa", proponiendo como responsable de las funciones musicales a "José Juan Santesteban, Maestro de la Capilla de San Sebastián, "por ser el que generalmente concurre con este carácter a esta clase de funciones a los demás pueblos de la provincia".
Esta opinión de Souza fue rebatida por un grupo de concejales que apoyaban la tesis de que Rufino Echaide no sólo era perfectamente capaz de aunar a los grupos musicales rivales, sino que además le correspondía el derecho a dirigir las representaciones extraordinarias con motivo de la celebración de las Juntas Generales en Guipúzcoa, en su calidad de Organista y Maestro de Capilla de Santa María del Juncal y Director de la "Música marcial". Ante tal disparidad de opiniones, se votaron ambas propuestas, resultando vencedora la opción de contratar a un director de fuera. Esta decisión causará un grave desacuerdo entre Echaide y el Ayuntamiento: la primera medida que adopta Echaide es remitir un memorial al Gobernador Civil de Guipúzcoa, quejándose del acuerdo municipal. El Ayuntamiento justificó su actitud afirmando que no ha "sido nunca el ánimo de la mayoría rebajar en lo mas mínimo el mérito artístico del citado Echaide". Sin embargo no deja de considerarse a Echaide "organista de solo un partido", el cual "no ha querido avenirse a ninguna conciliación". El objetivo principal del Ayuntamiento al haber adoptado las medidas antes descritas ha sido "solemnizar las funciones utilizando todos los elementos a que se presta esta villa" evitando toda pugna, por lo que era aconsejable que una persona imparcial y venida de fuera asumiera la dirección de las citadas funciones.
Con el fin de evitar problemas jurídicos, el Consistorio evacuó una consulta con tres abogados durante el mes de abril de 1864. Los dictámenes de los tres abogados fueron divergentes: mientras los de Manuel de Alzate y José Manuel Aguirre Miramón fueron favorables a la postura del Ayuntamiento, el dictamen de Pablo Gorosábel apoyaba las tesis de Echaide. En definitiva, y basándose en los anteriores pareceres de los abogados consultados, el Ayuntamiento recrimina a Echaide que reconociera a la entonces mayoría municipal de 1860 la capacidad para elegir entre tres candidatos pero niegue a la actual mayoría de 1864 que pueda decidir sobre una única función, criticando al mismo tiempo la "resistencia injustificada e inconcebible de parte del Organista, siendo el único responsable de ellos [los conflictos]". Aún así, Román Rodríguez de Iriarte, Alcalde de Irun, remite una carta a Echaide el 27 de mayo de 1864 intentando un acercamiento, pues espera que "tanto usted como los individuos que pertenecen a dicha capilla y música y crea útiles, prestarán su eficaz concurso y coadyuvarán a fin de que dichas funciones se celebren en esta ocasión con la solemnidad que conviene deponiendo para el efecto todas las consideraciones de amor propio o de insignificantes detalles" y le solicita su cooperación para lograr este objetivo. Pero al mismo tiempo que se dirige al Organista de Santa María del Juncal, envía otra misiva a Patricio Gal, director de la sociedad filarmónica rival, invitándole a participar en las festividades extraordinarias bajo la dirección de un director foráneo.
La respuesta de ambos no se hace esperar pero, mientras Patricio Gal se pone a disposición del Ayuntamiento ("convengo en resignar el cargo de Director de la misma para dichas funciones y en presentarme con toda ella a la disposición del que lo ha de nombrar y traer de fuera esa corporación"), la contestación de Echaide es de un tenor completamente distinto, pues tilda de "extraña pretensión" que él, Maestro de Capilla y Director la Música marcial Irun, "dimita mi magisterio para someterme a la dirección de un maestro intruso".
No contento con la anterior respuesta al Alcalde, Echaide recurre a una instancia superior para hacer valer sus derechos, más concretamente al Gobierno Civil de Guipúzcoa, competente para juzgar este tipos de casos. La extensa carta de Echaide al Gobernador Civil, Miguel María de Artázar, revela claramente la personalidad humana del Organista de Irun así como su convencimiento sobre su propia valía artística y su empeño en resistir toda clase de presiones. Solicita Echaide al Gobernador Civil de Guipúzcoa que adopte una resolución urgente sobre esta querella con el fin de evitar incertidumbres y evitar escándalos en un recinto sagrado.
Al día siguiente, primero de junio de 1864, el Gobernador Civil transmite al Ayuntamiento el contenido de la carta de Echaide y solicita al Alcalde del Consistorio irunés "informe usted a la mayor brevedad posible, cuanto se le ofrezca y parezca" sobre este asunto. Posteriormente, el mismo Gobernador Civil intenta mediar en esta querella entre Echaide y el Ayuntamiento, no sin antes lamentar que en un momento tan significativo, tal cual es la celebración en Irun de las Juntas Generales de la provincia, cuando es más necesaria la unidad "surjan desavenencias, deplorables siempre y perjudiciales más que nunca en las presentes circunstancias". Recomienda Miguel María de Artázar que, antes de dictar una resolución de obligado cumplimiento, las partes intervinientes en la querella lograran alcanzar un acuerdo amistoso. Aconseja concretamente el Gobernador Civil al Alcalde de Irun que hable directamente con Echaide y con las personas que puedan influir en él, con el fin de que "las funciones se celebren, como corresponde, sin que la dirección de la Capilla pueda ser causa de discordia que tanto al Ayuntamiento como al Organista y a todos los vecinos de ese pueblo, conviene a toda costa evitar". Siguiendo las recomendaciones del Gobernador, al día siguiente de haber recibido la misiva de éste, el Alcalde de Irun, Román Rodríguez de Iriarte, convoca en el Ayuntamiento a los dos Tenientes de Alcalde, el Rector y un beneficiado de la Iglesia parroquial de Santa María del Juncal y a cuatro particulares (entre ellos, Policarpo Balzola, hijo del que fuera último Organista de Irun en el siglo XVIII, Miguel de Balzola Garamendi). Leída la carta del 13 de junio del Gobernador, en la que exhortaba a la conciliación, tal como vimos anteriormente, el Alcalde expuso que siempre se había esforzado en procurar la unión de los diferentes partidos y del vecindario en torno a las controversias generadas con motivo de la elección de Rufino Echaide como nuevo Organista en 1860, al cual siempre ha tratado "con las mayores deferencias", si bien no ha podido conseguir el objetivo principal que se proponía, es decir, que las funciones eclesiásticas con ocasión de la reunión de las Juntas Generales de la provincia se celebrasen con el mayor esplendor posible bajo la responsabilidad de un director invitado, para lo cual había se había reunido con el propio Rector, con Echaide y con Policarpo Balzola, llegando aparentemente a un acuerdo. Sin embargo, al día siguiente -sigue narrando el Alcalde- se presentó Echaide ante el Rector de Santa María del Juncal cambiando de opinión, pues estaba en disposición de asumir él mismo la dirección de las citadas funciones eclesiásticas con los elementos que contaba. Ante tal postura, el Ayuntamiento perseveró en su idea original invitando a todas la sociedades filarmónicas de la ciudad, pero Echaide acudió al Gobierno Civil de la provincia para que se revocara este acuerdo, razón por la cual habían sido convocados a la presente reunión de conciliación.
Tras la exposición por parte del Alcalde de los hechos precedentes, se inició a continuación una discusión sobre las posibles alternativas, entre ellas prescindir del nombre de José Juan Santesteban como director invitado y proponer otra persona, ante lo cual "el señor Echaide manifestó que no podía convenir en nada, sólo bajo el principio de que él fuese el Director de Capilla en toda clase de funciones pues que, de acceder a otra cosa, queda expuesto a que le abandonasen las personas que le habían ayudado hasta el día". En vista de esta postura, se decidió posponer la reunión hasta las ocho de la tarde en la casa del Alcalde. Reanudada ésta, se plantearon varias alternativas, entre ellas una de Tirso de Olazábal, quien proponía que tanto la mayoría del Ayuntamiento como Echaide debían ceder en sus derechos y "que se cantase una misa de canto llano acompañando el Organista pero sin dirección, esto es, llevando el compás uno cualquiera de los señores Beneficiados de la Parroquia, como acostumbran a hacerlo", de manera que la dirección quedaba en manos de una persona ajena a Echaide y al Ayuntamiento. Los representantes de éste se negaron rotundamente a aceptar esta vía de solución ya que, entre otras razones, al Ayuntamiento "se le hacía ceder en un todo el derecho que creía tener para disponer en la forma que tuviese por conveniente y nombrar en su consecuencia un Director". A lo único que estaban dispuestos los representantes municipales, tal como lo habían manifestado en la reunión matutina, era a renunciar al nombramiento de José Juan Santesteban como director invitado. Como Echaide rechazaba cualquier posibilidad que pasara por la presencia de un director "intruso", se canceló la reunión, acordándose informar al Gobernador sobre su resultado negativo.
Por fin, fue de nuevo el Consejo Provincial el que dictó sentencia definitiva, tal como había sucedido con motivo de la disputa entre Agustín Echaide y Juan Antonio Prol por la posesión de la organistía de Irun. El Consejo, después de resumir todo lo acontecido, otorga la razón al Ayuntamiento y declara "que tiene derecho a valerse para la dirección de las dos funciones que durante las próximas Juntas se han de celebrar en la Iglesia Parroquial del sujeto idóneo que sea de su agrado". A pesar del contenido favorable a los intereses del Consistorio municipal, el Gobernador no deja de recomendar al Alcalde que "deberá continuar empleando todos los medios convenientes para orillar las dificultades que se presenten y para que reine la mayor armonía entre todos los habitantes de ese pueblo" pero si Echaide cometiera actos de desobediencia, deberá el Alcalde recurrir a otro tipo de medidas disciplinarias, entre ellas la negación de sostenimiento económico e incuso la disolución para las sociedades filarmónicas que no contribuyan a la concordia, un claro aviso para la "Música de aficionados" que dirigía el propio Rufino Echaide.
La reacción de Echaide a esta sentencia desfavorable del Consejo Provincial consistió en amoldarse a la nueva situación sin causar mayores problemas, tal como se deduce del acta municipal siguiente del 22 de junio de 1864: Y no sólo permitió Echaide que los miembros de su Sociedad Filarmónica pudiesen participar en las funciones eclesiásticas de carácter extraordinario que se iban a celebrar en julio de 1864 con motivo de la reunión de las Juntas Generales de la provincia, sino que además hizo entrega temporal de la llave del órgano "a fin de que haga de ella el uso que crea del caso en las dos funciones religiosas solemnes de las próximas Juntas Generales de la provincia, si antes no recae resolución superior sobre el particular".
A partir de entonces apenas se producen novedades en lo que respecta a la actividad de Echaide como Organista de la Iglesia Parroquial salvo contadas ocasiones, como es el caso de sus retribuciones correspondientes a 1866.