En la sesión municipal del 10 de octubre de 1860 se confirmó la elección de Rufino Echaide como nuevo Organista de Santa María del Juncal, teniendo lugar la toma de posesión el mismo día 10 de octubre de 1860 cuando el Alcalde, José Ignacio Orbegozo, "le entregó la llave del órgano, autorizándole para en nombre del Ayuntamiento para que tome posesión de la plaza de Organista y Maestro de Capilla de esta Parroquia, que dicho señor Alcalde le daba en el acto quieta y pacíficamente sin oposición de nadie". Al poco tiempo de ser confirmado como Organista y Maestro de Capilla de Santa María del Juncal, Rufino Echaide asumió asimismo la dirección de la "Música marcial" de Irun.
Sin embargo, las primeras voces críticas sobre la forma de elegir a Rufino Echaide no se hacen esperar. Tanto la minoría del Ayuntamiento como algunos vecinos de Irun expresan al Gobernador de la provincia su desacuerdo con el procedimiento adoptado para la elección del nuevo Organista. Para tomar la solución más apropiada, el Gobernador solicita del Ayuntamiento toda la documentación sobre las oposiciones a la organistía irunesa de 1860, mientras que uno de los concejales anuncia que recurrirá a los tribunales por las calumnias vertidas por la minoría del Ayuntamiento y por el grupo de vecinos. Mientras se resuelve la cuestión planteada por la minoría de concejales del Ayuntamiento y de un grupo de vecinos, conocemos que los gastos que ha ocasionado la oposición al órgano de Irun han ascendido a 3804 reales para abonar a los seis candidatos los gastos ocasionados y a Cándido Aguayo sus honorarios como maestro examinador. En el punto decimotercero de la misma sesión municipal, celebrada el 24 de octubre de 1860, el Organista electo, Rufino Echaide, solicita autorización al Consistorio irunés para despedirse de la Iglesia de Orthez en la que anteriormente ejercía la organistía. A comienzos de noviembre de aquel año, el Consejo Provincial de Guipúzcoa, órgano asesor del Gobierno Civil de la provincia, y encargado de solucionar el problema planteado con motivo de la nulidad o validez de la oposición celebrada al órgano de Irun, transmite al Gobernador Civil una serie de críticas sobre la actuación de los concejales del Ayuntamiento de Irun que habían abandonado la sala cuando se estaba debatiendo sobre la elección del nuevo Organista, como ya vimos anteriormente. Asimismo cree el Consejo Provincial inadmisible que en la votación efectuada, y de la que salió elegido Echaide con diez votos favorables, hubiera un concejal que se abstuvo pues "cuando asisten a las sesiones del Ayuntamiento no pueden abstenerse de votar a virtud de lo que previene el artículo setenta del Reglamento para la ejecución de la ley municipal". Por último, en su dictamen el Consejo Provincial aconseja al Gobernador remitir al Ayuntamiento irunés "los capítulos, artículos o párrafos de las ordenanzas municipales concernientes al nombramiento de los organistas para la Iglesia Parroquial, las actas o los acuerdos por lo que se hayan hecho los anteriores nombramientos desde que las ordenanzas se pusieron en ejecución y las censuras de los examinadores que precedieron a dichos nombramientos". Una vez que el Consejo Provincial recibió toda la documentación, éste dictaminó la nulidad del nombramiento de Echaide pero el Ayuntamiento irunés no la aceptó y decidió recurrir al Gobierno central de la nación, el cual finalmente dio la razón al consistorio, en febrero de 1861 y Echaide pudo asumir el cargo.
El 29 de septiembre de 1861, Rufino Echaide contrajo matrimonio con Petra Picabea Arrieta en Irun, tal como se colige de los Registros Sacramentales de la Iglesia de Santa María del Juncal en Irun. En noviembre de 1861 se acometen obras en la Casa concejil, con objeto de dotar de un espacio más amplio a la escuela y a la academia de música.