A pesar de la ofensiva nazi un grupo de vascos logró llegar a Londres. Entre ellos se encontraban personalidades como Manuel Irujo, Ministro de la República, así como algunos miembros del EBB del PNV.
Los momentos eran difíciles ya que el desánimo y el pesimismo ante la fulgurante victoria nazi estaban generalizados. El Gobierno vasco había quedado dispersado y las organizaciones del exilio europeo habían desaparecido ante el avance nazi. Nada se sabía del paradero del lendakari, sobre cuya suerte corrían toda clase de bulos. En estas circunstancias, los refugiados vascos en Londres pensaron en la necesidad de mantener la presencia institucional y política vasca. Con esta idea nació el "Consejo Nacional de Euzkadi", el 11 de julio de 1940, cuya finalidad era dotar "a la Comunidad Nacional Vasca de un organismo representativo que conserve entre todos los vascos el sentimiento de unidad y solidaridad ganado en las trincheras". El Consejo estaba integrado por los Delegados del Gobierno de Euzkadi, sobre todo en América, bajo la Presidencia de Manuel Irujo, siendo su Vice-Presidente el Consejero Sr. Aldasoro.
Por iniciativa de Sir Alexander Cadogan, Subsecretario Permanente del Foreign Office, se realizó una visita protocolaria al general De Gaulle en un momento en el que se esperaba que los nazis, atravesando España, atacasen Gibraltar. En otoño de 1940 el "Consejo Nacional de Euzkadi" inició las gestiones dirigidas a realizar un pacto con la "Francia Libre". El 15 de noviembre de este año se mandó el primero de una larga serie de documentos que desembocarán, el 17 de mayo de 1941 , en la firma solemne, en las oficinas centrales de la Francia Libre en Londres, del Pacto entre el "Conseil de Défense de l'Empire français", representado por René Cassin, judío bayonés y eminente jurista, por ausencia del general De Gaulle, y el "Consejo Nacional de Euzkadi", representado por el delegado en Londres D. José Ignacio Lizaso. Irujo, Presidente del Consejo Nacional, había optado por no acudir al acto ante la ausencia de De Gaulle. Los puntos contemplados en el Pacto hacían referencia a diversos tipos de medidas a favor de los vascos, como su liberación de las cárceles francesas, facilidades para sus nacionalización como franceses, reclutamiento en las Fuerzas Francesas Libres, derecho de asilo, colaboración con las autoridades francesas en la explotación de los territorios coloniales del imperio francés. Uno de los puntos se refería a la ayuda que el Consejo Nacional Vasco podía prestar a "los agentes de información franceses en Francia, en España y en los territorios africanos dependientes de los dos Estados". Además, se dejaba abierta la posibilidad de retomar las conversaciones entre vascos y franceses para "extender a otros terrenos la colaboración prevista en la presente acta".
De hecho, las conversaciones y proyecto examinados por ambas partes no quedaban reflejados en el documento y habían sido más amplios. Se había tratado de la autonomía del País Vasco, de las diversas alternativas derivadas de la entrada en la guerra de la España franquista, de la cooperación franco-vasca en materia de información, de la constitución de una unidad militar dentro de las FFL....... El 30 de mayo de 1941, De Gaulle enviaba un telegrama a Manuel Irujo, Presidente del Consejo, en el que ratificaba el Pacto, señalando que "la colaboración de nuestros dos pueblos es un elemento importante en la lucha contra el enemigo común y para el triunfo de las libertades nacionales en el mundo".
Sin embargo, las presiones franquistas y el temor de los británicos a proporcionar excusas a Franco para inclinarse más aún del lado de los nazis, indujeron al Foreign Office a paralizar las relaciones vasco-francesas. El 9 de junio de 1941, el comandante Escarrá, encargado de Negocios Extranjeros de la Francia Libre, dirigía una nota al Consejo Nacional Vasco señalando que, por indicación del Gobierno británico, se debía suspender la aplicación del Pacto. Poco después el Foreign Office intervenía en el mismo sentido. A pesar de ello se siguieron las gestiones para la creación de una unidad autónoma vasca dentro de las fuerzas armadas de la Francia Libre. Se establecieron contactos con el Almirantazgo francés, de manera que ya en septiembre se designaban los nueve primeros oficiales y al día siguiente se formulaba el reglamento del Tercer Batallón de Infantería de Marina, conocido con el nombre del "Batallón Vasco", aunque la mayoría de sus componentes no lo fueran. En efecto, de los aproximadamente 80 reclutas que llegaron a inscribirse, la mayoría absoluta era de origen latinoamericano o español y de todos los oficiales sólo 4 eran vascos, entre ellos Antonio Gamarra, del Araba Buru Batzar. Sin embargo, la voluntad política era que tuviese un carácter nacional, por eso la bandera del Batallón era la ikurriña y su insignia el árbol de Gernika encuadrado con las cadenas del escudo de Navarra, y la Junta de Reclutamiento estaba designada por el Consejo Nacional Vasco.
El desarrollo de la contienda hizo que Franco se fuese distanciando lentamente de sus aliados nazis, orientándose hacia británicos y norteamericanos, lo que determinó que el Gobierno británico impidiese el desarrollo del Tercer Batallón y pusiese el veto a la colaboración vasco-francesa en este terreno. Así, el 23 de mayo de 1942, la unidad militar fue disuelta por un decreto del Contralmirante Auboyneau. Por otro lado, en octubre de 1941, el Consejo Nacional Vasco tuvo conocimiento de la llegada del lendakari Aguirre a América y acordó ponerse a su disposición para todos los efectos, incluida su disolución o transformación. Así, el 28 de enero de 1942, el lendakari resolvió su disolución, asumiendo la representación legal del Gobierno de Euzkadi que volvía a ser la máxima representación política de los vascos en el mundo, lo que se comunicó al Gobierno británico y a los aliados. De esta manera terminaba la etapa en la que el grupo de Londres, sin contacto con el interior ni con la Francia ocupada, y en relación únicamente con América, desconociendo el paradero de Aguirre, había intentado mantener una presencia institucional vasca y colaborar en el esfuerzo bélico de los aliados con el fin de estar preparados para la eventualidad de una intervención aliada contra la España franquista que no podía deparar más que ventajas y, desde luego, aumentar el peso y la importancia de una representación vasca organizada.