Una de las aportaciones más importante de los vascos al esfuerzo de guerra aliado fue la que se realizó a través del llamado "servicio" secreto vasco, denominación que engloba diferentes niveles de actuación en diferentes momentos de la guerra. La organización del mismo es obra, formalmente hablando, del Gobierno Vasco, aunque será el PNV el que lo controlará desde el primer momento, lo que no obsta para que en él colaboren personas provenientes de diferentes horizontes ideológicos y partidistas.
Los orígenes de este "Servicio" o "Servicio Interior" como se lo denominará en los primeros documentos de la propia organización, hay que buscarlos en plena guerra civil, cuando José M.ª Lasarte recibe el encargo del lendakari Aguirre de establecer el contacto entre Bilbao y el exterior e igualmente con la parte del País Vasco que se encuentra ya en poder de los franquistas. Este servicio se instalará en un principio en Villa "Mimosas", en Bayona, y mantendrá el contacto radiotelegráfico con el Hotel Carlton, en Bilbao, sede de la Presidencia, utilizando para ello dos barcos -el "Trintxerpe" primero y el "Domayo" después- de la Marina Auxiliar de Guerra de Euzkadi.
Más tarde se plantea la necesidad de mantener relaciones fluidas con el interior ocupado por los franquistas. Lasarte necesita saber lo que ha ocurrido en Santoña ya que no se tiene conocimiento exacto de los hechos. Contacta así con Bittori Echeverría, nacionalista de Elizondo (Navarra), que se dedica por su cuenta, ayudada por otros baztaneses como Agustín Ariztia y Timoteo Plaza, a facilitar la huida a Francia a los que vienen escapando de la represión franquista. Bittori cumple a la perfección su misión y amplía sus contactos por todo el país, echando las bases de una organización que prestará importantes servicios a la lucha antifranquista. Itziar Múgica, Delia Lauroba y M.ª Teresa Verdes, forman la base de esta estructura que se va desarrollando y que logra establecer un contacto fluido y seguro con los nacionalistas presos en las diferentes cárceles y presidios de la España franquista.
La organización puede considerarse ya afianzada cuando se contacta con el ingeniero vitoriano Luis Álava y Sautu, antiguo Presidente de la Junta Municipal del PNV en Vitoria y candidato a Diputado a Cortes por el distrito de Amurrio. Luis Álava también se encuentra trabajando en tareas asistenciales a los presos y mantiene contactos con ellos. De Bayona, Bittori Echeverría le trae el nombramiento de responsable de la red que luego será conocida con el nombre de "red Álava". Pronto, de la labor con los presos se pasa a trabajar en el campo de la información. Desde Bayona, el responsable del "Servicio" se ha puesto en contacto con representantes del Ejército francés a los que empiezan a pasar la información de interés militar que la red recoge en el interior. Así se transmite información sobre el movimiento y composición de las tropas italianas "Flechas Negras", de la "Legión Cóndor" nazi, de las fortificaciones pirenaicas, del movimiento de buques en los puertos de Pasajes y Bilbao, de los campos de aviación, armamento, etc. El Ejército francés llega a recibir, por medio del "Servicio Interior Vasco" hasta 700 notas. Al mismo tiempo la "red Álava" pasa información también de tipo político, económico, religioso, y sobre las condenas de los presos y la represión franquista, intentando salvar vidas, escamoteando expedientes y falsificando sentencias. La labor de la red es extraordinaria y trabaja a pleno rendimiento.
Pero la fulgurante ofensiva nazi de mayo del 40 coge desprevenidos a los responsables de la Delegación del Gobierno Vasco en París que huyen del avance nazi dejando allí abandonada toda la documentación de la red "Álava". En ella puede seguirse con todo detalle los movimientos de la misma así como el papel jugado por cada uno de sus miembros. Pronto, la Gestapo la pone en manos de la Policía española que, tras estudiarla detenidamente, se pone en acción. De esta manera, el 20 de diciembre de 1941 llega a Elizondo una "brigadilla" de la "Político-Social", desplazada desde Madrid, que detiene a Bittori Echeverría y a Agustín Ariztia. En poco tiempo toda la red es desmantelada. Sólo en Vizcaya logran salvarse Primi Abad, de Muskiz, y el abogado Juan Ángel González Sasia, de Santurtzi. Los detenidos fueron 28 en total, de los que 21 pasaron ante un consejo de guerra que se celebró el 21 de julio de 1941. En él se pidieron 19 penas de muerte. Pero un recurso ante el Tribunal Supremo de Justicia Militar hace que sólo se mantenga la pena de muerte para D. Luis Álava y Sautu, considerado el responsable de la red. A pesar de las numerosas peticiones de clemencia, que Franco se niega a conceder, el día 6 de mayo de 1943, a la mañana, Álava, es fusilado, esposado a un preso comunista, Andrés de Asiain, nacido en Madrid pero de origen vasco. Posteriormente, el triunfo de los aliados y el papel jugado por la red "Álava", hará que para 1946 no quede ya ninguno de sus miembros en la cárcel. Desgraciadamente, Luis Álava no podrá contarlo. Hay que resaltar el hecho de que desde la captura de los documentos por los nazis y su entrega a la Policía española en junio de 1940, hasta las primeras detenciones de miembros de la red, el 20 de diciembre de 1941 , pasa más de año y medio.
Con la ocupación de Francia y la extensión de la guerra por todo el mundo, se entra en un nuevo período. Aguirre da la orden de colaborar con los aliados en su lucha contra el Eje. Por otro lado, se hace necesario recomponer la organización en el interior y establecer otra vez contactos fluidos con el exterior. Jesús Solaun, hombre de confianza de Ajuriaguerra será el encargado de esta tarea en el interior. En agosto de 1940 sale de Puerto de Santa María tras una revisión de penas. Se mantiene en contacto con Ajuriaguerra, todavía en la cárcel, y va echando las bases de la reorganización. Con Francia los contactos son difíciles. No logra establecer el primero de ellos hasta el 15 de agosto de 1941, reuniéndose en la cima del monte fronterizo de Larrun (La Rhune) con Pepe Mitxelena, el responsable del "Servicio" en el exterior. Este se ha establecido en Dax y mantiene al mismo tiempo un despacho en Bayona. Por su parte, Joseba Elosegui, que ha recibido, a través de Irala, el encargo de Aguirre de ponerse al servicio de los aliados, contacta con Ajuriaguerra en San Sebastián, en 1943, y se encarga de mantener el servicio de correo entre éste y Mitxelena. En San Sebastián, Elosegui mantiene relaciones con los servicios secretos franceses a través de "Nicolás", agente francés con quien le pone en relación el delegado de la Cruz Roja francesa en la capital guipuzcoana, Mattei, que en realidad trabaja para los mismos servicios, utilizando esta institución como "cobertura". Elosegui enlaza también con los norteamericanos contactando con el grupo del "Servicio" que en Bilbao trabaja activamente para ellos. De los norteamericanos recibe el dinero que lleva a Mitxelena para mantener la organización. Dinero, información, documentos, personas, etc., serán el objeto del tráfico a través de la muga. Por medio de este servicio, Mitxelena pasará los planos de las fortificaciones de la costa de Normandía e, incluso muestras de la arena de sus playas. Mitxelena, desde Bayona o Dax, es el hombre clave en el que convergen todos los hilos de la trama de los "Servicios".
El grupo de Bilbao trabaja por su parte en la misma dirección. Allí se encuentra Luis Ibarra Enziondo "Itarko", que es contactado por la organización y pasa a la disposición de Earl Fuller, agente norteamericano que, desde Bilbao, está dedicado a controlar el uso que el Gobierno español hace del petróleo suministrado por los yanquis, al mismo tiempo que se dedica a labores de información. En Bilbao, trabaja también desde muy pronto, Flavio Ajuriaguerra que ha sido contactado por el consulado británico de la capital vizcaína. Con el acuerdo de su hermano Juan que se encuentra entonces -otoño de 1940- todavía en la cárcel de Burgos, comienza a montar la red de espionaje al servicio de los británicos, en contacto con Mr. Dayer del Consulado de Bilbao y el empleado del mismo Ernesto Cassano. Colabora con Flavio el renteriano Eusebio Zubillaga que, desde Gibraltar, a donde es destinado después de haber salido de la cárcel, envía información a los británicos sobre las medidas tomadas por los franquistas en torno al Peñón y la participación de los nazis en estos planes, así como sobre las fortificaciones de la zona, calibre y características del armamento, composición de la tropa, oficiales, moral, abastecimientos, etc. Licenciado en el 43, vuelve a Bilbao donde junto con Flavio, se incorpora a tareas relacionadas con la guerra económica, recogiendo, a través de agentes y colaboradores en industrias, comercios y departamentos oficiales, información destinada a evitar que lleguen materias primas, maquinaria, abastecimiento, etc., a los nazis. Se vigilan los barcos y se transmite la información a Londres. Se vigila especialmente el contrabando de wolframio, material estratégico utilizado en aleaciones especiales para la industria de guerra nazi, del que España es una gran productora.
Otro grupo de los "Servicios" trabajará en Madrid, aunque sus funciones serán fundamentalmente políticas y de contactos con embajadas y partidos. Sin embargo, en el período de la Guerra Mundial también se dedicarán a la información, suministrando a los aliados datos sobre las colonias españolas en el norte de Africa. Este grupo será montado por Joseba Rezola y contará con la colaboración de Koldo Mitxelena, Sabin Barrena, Pello Mari Irujo, Ander Arzelus, etc., y terminará siendo desarticulado por la Policía en 1946.
Latinoamérica será otro de los puntos donde la actuación de los "Servicios" vascos en la lucha contra el Eje, en colaboración con el espionaje norteamericano, tendrá una gran relevancia. En efecto, la colonia vasca en los diferentes países latinoamericanos es muy importante y está reforzada por los refugiados que han llegado huyendo de Europa. Los nazis han extendido sus redes por todos estos países, desarrollando una amplia y eficaz propaganda, al mismo tiempo que establecen la estructura de sus servicios de información y puntos de apoyo para el abastecimiento de los submarinos que actúan por estas latitudes. Desde su llegada a América, el lendakari mantiene contacto con las autoridades norteamericanas y presta su colaboración para organizar los "servicios" en estos países, con el fin de contrarrestar la propaganda nazi y luchar, en el terreno de la información, contra sus planes de penetración. Aprovechando el viaje de Aguirre por Latinoamérica, en 1942, y ayudado por Antón Irala y otros vascos exiliados, se crea la infraestructura necesaria para llevar a cabo esta tarea.
En Argentina es Antonio Otsa, ex-Intendente de la flota de guerra del Gobierno de Euzkadi y su amigo, el sacerdote vizcaíno Tiburcio Ispizua, quienes se dedican a controlar los buques de bandera española -sobre todo los de las compañías Ibarra y Aznar- que, desde la España franquista llegan a Buenos Aires. En estos barcos, los agentes nazis y franquistas efectúan el contrabando de platino, material fundamental para la industria de guerra, que llevan a Barcelona o a Bilbao. Con la colaboración de los marinos vascos de estos barcos se logra desarticular el contrabando, poniéndolo en conocimiento de la Marina de Guerra norteamericana que realiza el control del tráfico marítimo en la isla de Trinidad. El grupo vasco en la Argentina tenía establecido también un servicio nocturno de vigilancia en las playas y costas para evitar el desembarco clandestino de agentes nazis desde submarinos. En la República Dominicana, Manu de la Sota se había puesto en contacto, desde comienzos de 1940, con Eusebio Irujo y Jesús Galíndez, que en un principio se dedican a labores de propaganda antinazi, aunque luego se centran en tareas de información, realizando un trabajo similar al de Otsa en Argentina.
En Panamá, un ex-jesuita vitoriano, Juan González de Mendoza, colabora también, junto con un grupo de sacerdotes vascos, con los servicios de espionaje aliados.
En Caracas funcionó igualmente una rama del "Servicio" bajo la dirección de los hermanos Gárate.
En Colombia, Patxi Abrisketa y el lendakari Aguirre se entrevistaron, en 1942, en la embajada norteamericana de Bogotá, con los responsables de los servicios de información de este país, llegando a un acuerdo de colaboración. Una veintena de personas estuvieron implicadas, en este país, en el trabajo de información a favor de los norteamericanos. Entre ellos estaban Andrés Perea y Alberto Fradura, así como un grupo de religiosos vascos, compuesto de jesuitas, franciscanos y carmelitas, contándose entre estos últimos el padre Goiria. Pero el más famoso de los colaboradores de Abrisketa fue, sin duda, Luis Gómez Lekube, primo del lendakari (nacido en Getxo en 1902) que había emigrado de joven a América, viviendo en plan aventurero, dedicado fundamentalmente al contrabando. Después de mantener una entrevista con su primo, el lendakari, y con Abrisketa, decide colaborar con los aliados, dedicándose a vigilar las zonas montañosas y selváticas en la Zona fronteriza entre Colombia y Panamá, así como las costas. Según algunas fuentes, sus informaciones hicieron que la Marina norteamericana hundiese dos submarinos japoneses que acudían a repostar a las costas de Panamá y Colombia. También logró descubrir, en la zona del Choco, un campo de aterrizaje para avionetas utilizadas para abastecer a barcos y submarinos nazis. Sin embargo, su actuación será confusa y no exenta de polémica, de manera que, al final, los norteamericanos prescindirán de sus servicios. En 1946 morirá asesinado tras un enfrentamiento armado.