La Guerra de la Convención (1793-1795) supuso la ocupación de Gipuzkoa, Bizkaia y Álava por el ejército francés. A ello no debió ser ajena la desmotivación de los habitantes de estos territorios, sobre todo de los guipuzcoanos, para la defensa de los intereses de la corona española. Pero se evidenció que el sistema militar foral tradicional, basado en la organización en milicias populares de los hombres en edad de combatir de cada localidad, enfrentado al moderno ejército francés que acabaría conquistando Europa, había perdido la efectividad que había mantenido durante los anteriores siglos. Por ello, al negociar la paz en Basilea, la monarquía española tendría que ceder su administración sobre una parte de la isla de Santo Domingo a los franceses, a cambio de que sus tropas retornasen al otro lado de los Pirineos.
En Bizkaia, la consecuencia de la guerra que más se dejó sentir fue el gran endeudamiento que había quedado tras hacer frente a sus gastos las instituciones vizcaínas. En la discusión sobre el reparto del pago de la fuerte deuda se puso en evidencia una profunda división entre los bilbaínos y el resto de los vizcaínos. División que se vio agravada por dos motivos principales:
- Bases económicas muy diferentes: destacando el más notable peso del comercio en la villa.
- Distinta base legal. El fuero fundacional de Bilbao es concesión del rey, a diferencia del ordenamiento foral general en el Señorío, de origen consuetudinario.
En las Juntas Generales, en las que se debía decidir el reparto de la deuda, los habitantes de Bilbao, que suponían ya más de la décima parte de la población vizcaína, no contaban siquiera con un uno por ciento de los votos, lo que fue aprovechado por sus enemigos para imponer sus criterios sobre la cuestión sin buscar un acuerdo con los bilbaínos.
Esta élite dominante en el Señorío, cuyo más destacado líder acabó siendo Simón Bernardo de Zamácola, y en la línea de pugna con Bilbao, propuso y logró que se aceptara en las Juntas Generales de 1801 un plan para habilitar frente a esta villa, al otro lado de la ría, en terrenos que entonces pertenecían a la anteiglesia de Abando, un nuevo puerto por el que encauzar el comercio marítimo de Bizkaia, cuya gestión quedaría en manos de las instituciones forales del Señorío. A este proyecto, que hubiera posiblemente arruinado el desarrollo futuro de Bilbao se opusieron su Ayuntamiento, su Cabildo eclesiástico y su Consulado apelando a la autoridad de la Corona.
La Monarquía sufría una profunda crisis yvio la oportunidad de favorecer sus intereses aprovechando la división interna de los vizcaínos, dado que ambos bandos ahora sólo pensaban en cómo agradar al rey y a su valido Manuel Godoy para que aceptaran sus argumentos.
La corona acabó decantándose en favor del bando liderado por Zamácola, del que era también una de sus principales figuras el corregidor del Señorío Luis Marcelino Pereira, y el treinta y uno de diciembre de 1801 se aprobó la habilitación de Abando, que se confirmó, a pesar de los recursos presentados por los bilbaínos, el diecisiete de noviembre de 1803. Además, el uno de julio de 1804, se determinó que el nuevo puerto, en contra de lo que había pretendido el Consulado de Bilbao, estaría fuera de la jurisdicción de esta institución.
En las Juntas Generales que se reunieron en julio de 1804 se celebró la victoria de la facción de Zamácola sobre los bilbaínos y éste llegó al cénit de su popularidad. Leyó un discurso, en euskera y castellano, en el que glosó sus gestiones ante la Corona y en el que anunció la modificación del tradicional sistema militar vizcaíno. Fue elogiado por su trabajo en defensa de los intereses generales de Bizkaia y elegido regidor del Señorío.