María Bayo obtuvo premios en los Concursos Ciudad de Logroño, Julián Gayarre (Pamplona), Viñas (Barcelona), María Callas (Italia) y fue galardonada en el Concurso Internacional de Belvedere de Viena de 1988 con un total de once premios. En diciembre de 1991 le fue concedida por unanimidad el Premio Ojo Crítico Segundo Milenio en la categoría de Música Clásica de Radio Nacional de España. Asimismo ha sido galardonada con el Premio Príncipe de Viana de la cultura 2002.
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