La exposición permanente recoge la historia del carlismo desde sus orígenes hasta 1939 en ocho ámbitos, siete de ellos cronológicos:
- El carlismo como movimiento histórico
Europa y América experimentaron en la segunda mitad del siglo XVIII profundos cambios políticos y sociales (revoluciones) que, sin embargo, no fueron apoyados por toda la sociedad lo que originó, a finales de ese siglo y en el XIX, un movimiento contrarrevolucionario de gran amplitud en el que se integra el carlismo. Ambos comparten algunas características, como el legitimismo, la defensa de la religión y el rechazo al racionalismo revolucionario. Sin embargo, el carlismo presenta una peculiaridad: su larga duración. Su capacidad de adaptación hizo que perviviera, mientras que el resto de los movimientos contrarrevolucionarios se desvanecían durante la segunda mitad del siglo XIX.
- La crisis del Antiguo Régimen y la formación del carlismo
En 1808 se produjo la reacción contra las tropas francesas en defensa del destronado Fernando VII y de una religión en peligro. Se trató también de una respuesta contra el extranjero que dio un carácter nacional a la Guerra de la Independencia. Su final significó el triunfo del absolutismo. Sin embargo, el reinado de Fernando VII tuvo que afrontar el giro revolucionario de 1820 y la consiguiente insurrección armada realista, así como los levantamientos ultra absolutistas de los últimos años. En este ambiente de enfrentamientos, continuo desde la Guerra de la Independencia, se produce la disputa jurídica acerca de quién tenía derecho al trono, el hermano de Fernando VII, el infante Carlos Mª Isidro de Borbón, o la hija de aquel, la princesa Isabel.
- La primera guerra carlista, el período de entreguerras y la segunda guerra carlista
Los sucesos ocurridos en toda esta época son relatados, con detalle, a través de mapas e interactivos. A este período corresponden muchas de las piezas más importantes que se muestran en el museo, como banderas (entre otras, la Generalísima) y uniformes. Junto a ellas, bajo el título el arte en la guerra, se exponen cuadros de escenas de ambas guerras realizados por Van Halen, Benlliure, Estevan, Cusachs y Salaberría.
- El carlismo entre siglos
La restauración en 1874 de la dinastía borbónica en la figura de Alfonso XII, hijo de Isabel II, y el final de la segunda guerra (1876) iniciaron un período de cambios para el carlismo. Se cerró un ciclo bélico iniciado en 1833 lo que obligó al partido (la Comunión) a adaptarse a un tiempo distinto en el que la guerra ya no era la principal forma de expresión.
- La Segunda República y la Guerra Civil
La proclamación de la Segunda República situó al carlismo, de nuevo, como centro de atracción de diversas fuerzas contrarrevolucionarias. En 1936 los carlistas se suman a la insurrección militar. Los tercios de requetés tienen una destacada participación en la guerra civil. Esta guerra representó para los carlistas un final para las guerras del siglo XIX. Después de tantas batallas perdidas, por fin se encontraban en el lado de los ganadores. Sin embargo, habían cedido mucho en el camino.
La museografía de esta exposición fue adjudicada a Tiquitoc Producciones que contó con Pedro Rújula (profesor titular de Historia Contemporánea de la Universidad de Zaragoza) como asesor.
La primera exposición temporal que se ha desarrollado en el Museo del Carlismo, tiene el título "Una historia por descubrir. Materiales para el estudio del carlismo".
