El Fondo Euskadi-Aquitania nació en 1990 como consecuencia del Protocolo Adicional al Protocolo Marco de Colaboración entre las dos regiones. Los decisores vasco-aquitanos no participan en las redes; su papel es el de financiadores de los proyectos presentados y elegidos. Se trata de un aviso temático de oferta anual, la cual asegura la financiación de los intercambios de los agentes, poniéndose al servicio de sus iniciativas "desde abajo". El Fondo pone en relación a actores heterogéneos, cuyos proyectos clasifica en tres grupos. El I relaciona a actores en los campos de la investigación, la formación y los estudios; el II pone en contacto a actores económicos; el III relaciona iniciativas en los campos de la cultura y el euskera. El Fondo no es solamente un instrumento financiador de la cooperación transfronteriza, sino que incita a la inversión privada orientada a tal fin; tiene en efecto como principio básico aportar la mitad del presupuesto de los proyectos, debiendo ser cubierta la otra mitad por financiadores privados. Es en los proyectos lingüístico-culturales del grupo III donde se advierte una mayor influencia de las relaciones de vecindad entre los vascos de ambos lados de la frontera; y es aquí donde el Fondo ha jugado un papel más acusado.
El Fondo se ha convertido en un instrumento que facilita el acercamiento de los actores sobre la base de proyectos puntuales en los dos espacios de intervención, el vasco-aquitano y el inter-vasco; terreno éste último en el que destaca el voluntarismo de los decisores del sur, y que hace que, de modo general, los proyectos culturales tengan en el norte un carácter más vasco que aquitano.
Además de la experiencia del Fondo, en el ámbito de la cooperación transfronteriza podemos analizar otras experiencias, tales como la Euro-ciudad Vasca Bayona San Sebastián, Baiona Donostia Euskal Hiria; el Consorcio Bidasoa-Txingudi; La Plataforma Logística Aquitaine-Euskadi; o La Conferencia Eurorregional.