El programa comunitario Interreg se dio por finalidad ayudar a las zonas fronterizas a contribuir a la creación de un mercado único dentro del marco de la cohesión económica y social; la Comisión Europea pretendía aportar con él cohesión a las regiones fronterizas y ayudarles a superar su perifericidad. Mediante este programa, los órganos comunitarios se proponían promover redes de cooperación en ambos lados de las fronteras, establecer lazos entre estas redes y otras más amplias, y explorar sus posibilidades de cooperación con países exteriores al ámbito comunitario.
Uno de los 31 programas aprobados por la Comisión en el programa Interreg I (1989-1993) fue el presentado conjuntamente por España y Francia para las provincias -o en su caso territorios- transfronterizos pirenaicos: en el caso del Estado español, Gipuzkoa, Navarra, Huesca, Lérida y Girona; en el francés, los departamentos Pyrenées-Atlantiques, Hautes Pyrenées, Haute Garonne y Pyrenées Orientales. Las unidades territoriales básicas contempladas por los sucesivos programas Interreg Pirineos siguieron siendo los NUTS 3 (Provincias, Departamentos, etc..).
El programa Interreg Pirineos I dio prioridad a la superación de las barreras geográficas naturales; se proponía combatir la perifericidad de esta regiones y su carácter de lugar de paso. En el País Vasco, la iniciativa Interreg 1 (1991-1993) se dio como objetivo apoyar la diversificación de la actividad económica en un area afectada por la desaparición de las aduanas.
Las cuatro medidas contempladas fueron la creación del Centro Integral de Transportes ZAISA; el saneamiento de las aguas de la Bahía de Txingudi; la planificación estratégica transfronteriza; y el lanzamiento de los proyectos de cooperación bilateral Euskadi-Aquitania.
Interreg II, vigente de 1994 a 1999, se dividió en tres capítulos, de los que el primero, Interreg A, tenía carácter transfronterizo. El marco vasco comprendía tres sub-programas:
- El desarrollo de la actividad económica en el marco transfronterizo.
- El objetivo del fortalecimiento de la identidad del territorio mediante la puesta a punto de estructuras de cooperación. Este sub-programa comprendía tres medidas: el Fondo de Cooperación Euskadi-Aquitania; Eusko-Ikaskuntza; y la cooperación transfronteriza en el marco de la Comunidad de Trabajo de los Pirineos.
- La mejora de la permeabilidad de los Pirineos debía concretarse en la circulación de la información y las personas, y en el desarrollo de los equipamientos transfronterizos. Este sub-programa comprendía el desarrollo de la Conurbación Baiona-San Sebastián; y el del Euro-distrito Irún, Hondarribia, Hendaia.
El objetivo global de Interreg III (2000 a 2006) ha sido el de intensificar la cooperación a ambos lados de las fronteras, a fin de fomentar el desarrollo equilibrado y la integración del territorio europeo. La participación de las redes vascas en Interreg III se ha centrado en el desarrollo de la Eurociudad vasca Baiona-San Sebastián; y del Consorcio Transfronterizo Bidasoa-Txingudi.
Interreg IV (o Programa Operativo de Cooperación Transfronteriza España-Francia en el marco del nuevo objetivo de la Cooperación Interterritorial), gestionado, como se ha dicho, por el Consorcio de la Comunidad de Trabajo de los Pirineos desarrollará aproximadamente unos 500 proyectos durante su período de vigencia (2006-2013).