La influencia de la integración europea en Euskal Herria es muy dispar debido a su separación en dos Estados. En el caso de Iparralde, la integración europea desplegó sus efectos desde el comienzo en 1951, ya que Francia fue el país impulsor de dicho proceso. Por el contrario, en Hegoalde la situación era más complicada, ya que si bien el gobierno vasco en el exilio sí que se relacionó con los grupos y redes que construían las Comunidades, dentro del Estado la autarquía y el aislamiento internacional del régimen franquista aislaron a España del principal proceso político europeo del Siglo XX. A pesar de los repetidos intentos de Franco para incorporar a España a las Comunidades, éstas siempre se negaron en tanto en cuanto no se diesen unas condiciones democráticas suficientes.
Durante la transición, el factor comunitario fue clave en el consenso político, al establecerse como prioridad absoluta del nuevo régimen democrático la entrada en las Comunidades Europeas. Este hecho sirvió de garantía para diversos partidos, entre ellos el PNV, de cara a apoyar -si bien con sus reservas- el proceso de transición. Por tanto, puede decirse que el horizonte de la integración contribuyó a generar estabilidad en el proceso hacia la democracia incluso antes de entrar formalmente, del mismo modo que ha sucedido con los países de la Europa del Este.
Cuando el Estado español se integra en las Comunidades en 1987, a la estabilidad política se le une crecientemente la estabilidad económica al formar parte del Mercado Común. La integración constituye un poderoso factor de modernización del Estado, gracias a los grandes paquetes de ayudas de los Fondos Estructurales y de otras políticas comunitarias, pero también modernizando las técnicas presupuestarias, el sistema impositivo (IVA armonizado), numerosos procedimientos administrativos, etc. También las dos comunidades autónomas (Comunidad Autónoma Vasca o de Euskadi [CAV] y Navarra) se ven beneficiadas del nuevo clima de creciente estabilidad y solidez económica, si bien apenas reciben fondos estructurales por situarse por encima del 90% de la renta comunitaria. En el caso de Euskadi esto es llamativo, pues el saldo neto con las Comunidades fue siempre negativo (contribuyente neto) excepto en dos años, a pesar de sufrir una larga crisis y una profunda reconversión industrial (Alonso 2009).
El horizonte de estabilidad se acentuó a medida que se iban coordinando las políticas macroeconómicas y monetarias, lo que redujo la volatilidad de la peseta. Ello supuso una importante ventaja debido a la importancia de las exportaciones de los territorios vascos, particularmente la CAV. A ello se sumaron los beneficios de tener una moneda fuerte y estable con la implantación de la moneda común (euro) el 1 de enero de 2001, establecido en el tratado de Maastricht.
Con todo, los principales efectos de la integración en Euskal Herria se produjeron como consecuencia de la creación de la Unión Europea mediante el tratado firmado en Maastricht el 7 de febrero de 1992 y que entró en vigor en 1993.
La entrada en vigor del tratado de la Unión Europea implicó una gran transferencia de poder político a las instituciones comunitarias que supusieron una reorganización de facto del reparto de competencias interna del Estado español. Ello hizo que las Comunidades Autónomas (CCAA), lideradas por vascos y catalanes, exigiesen la participación en los nuevos foros políticos para no perder sus competencias y poder mantener sus niveles de autogobierno. Había dos tipos de participación: ascendente y descendente. La ascendente significaba acordar la manera por la que las CCAA pudiesen contribuir a la formación de la postura negociadora del Estado en Bruselas. La descendente significaba establecer los mecanismos por los que las CCAA pudiesen encargarse de implementar la normativa comunitaria referida a los ámbitos de su competencia.
Por otro lado, el tratado había reconocido políticamente a las regiones y creado el Comité de las Regiones y Entes Locales, un órgano consultivo con poderes y recursos limitados, pero que comenzó su labor de redactar informes y emitir opiniones sobre los diversos temas que más afectaban y preocupaban a las regiones. No obstante, pronto se vio que la mezcla de regiones muy diversas, unas con grandes poderes y otras meras desconcentraciones administrativas, y de ciudades, haría muy difícil que este órgano pudiese impulsar el tipo de integración política que deseaba el gobierno vasco.
Además, las comunidades autónomas políticamente más dinámicas, particularmente la CAV, aspiraban a tener una presencia directa en los foros comunitarios donde se estaban negociando los asuntos objeto de sus competencias exclusivas. Con este fin, el gobierno vasco estableció una oficina en Bruselas para recoger información relevante para sus políticas y coordinar sus actividades en las instituciones de la UE. El gobierno español reaccionó negando la constitucionalidad de dicho acto, por entender que se trataba de una invasión autonómica en sus competencias exclusivas en relaciones internacionales y recurriendo al Tribunal Constitucional, obligando a cerrar la oficina mientras se produjese el fallo. Por fin, después de una larga batalla política y jurídica, el Tribunal Constitucional emitió su Sentencia 156/94, de 26 de mayo de 1994, dándole la razón al gobierno vasco en el fondo de la cuestión al establecer que, dada la especial naturaleza de la Comunidad Europea, no podían ya considerarse las actividades fuera del Estado, pero dentro de aquella, como relaciones internacionales, por lo que no sólo era legítimo sino seguramente imprescindible para las comunidades autónomas, el acceder directamente a la administración comunitaria para el adecuado ejercicio de sus competencias. Inmediatamente, todas las CCAA se lanzaron a abrir sus propias oficinas en Bruselas.
De esta forma, el Tribunal Constitucional español, a consecuencia de la integración europea, tuvo que modificar su definición de la soberanía, la territorialidad y la noción de relaciones internacionales. Exactamente al día siguiente, el Parlamento Vasco aprobó la "Ley de relaciones con las Colectividades y Centros Vascos en el exterior", de 27 de mayo de 1994, en la que se otorgaba al gobierno vasco amplios poderes para desarrollar toda una serie de actividades en el exterior que trascendían de la simple relación con la diáspora vasca y permitía comenzar numerosas actividades de promoción cultural, política y económica. Inmediatamente otras CCAA hicieron lo mismo, aunque es cierto que esta ley sólo abrió la senda legal, porque a pesar de todas las limitaciones anteriores, las CCAA habían forjado desde su creación una densa red de relaciones internacionales (Morata 1995:130).
Una vez que esta nueva realidad comenzaba a imponerse, el Estado reaccionó tratando de ordenar las acciones de las CCAA, mediante diversas iniciativas que fueron recogidas en un volumen, junto con otros casos comparados, para facilitar el debate y las decisiones del gobierno (MAP 1995).
Del mismo modo que cuando los Estados fueron capaces de cerrar la frontera entre España y Francia arruinaron la economía natural pirenaica de Euskal Herria en sus dos vertientes -tanto el sur de Iparralde como el norte de Hegoalde-, la creación de un verdadero mercado interior, al difuminar mucho las fronteras internas, también causó una gran conmoción a las localidades fronterizas. Es decir, que la integración europea desplegó varios tipos de efectos desde el punto de vista territorial. Por un lado, se desmanteló todo el entramado económico que vivía de la frontera, lo que causó desempleo y obligó a reconvertir a cientos de personas. Por otro lado, la libre circulación de personas establecida por el Acuerdo de Schengen facilitó enormemente las relaciones físicas entre ambos lados de Euskal Herria, y esta ventaja se intensificó cuando entró en vigor la moneda única, el euro, facilitando los intercambios.
La conjunción de estos grandes cambios provocó una profunda reflexión en Iparralde que se plasmó en el documento estratégico "Pays Basque 2010", que advertía del riesgo de que el territorio vasco en Francia quedase marginado en la periferia del nuevo y enorme mercado que se estaba creando si no se articulaba correctamente, se dotaba de instituciones propias y usaba su identidad distintiva como un valioso recurso de desarrollo endógeno (Ahedo 2002). El documento se hizo público en febrero de 1992, exactamente a la vez que se firmaba el tratado de Maastricht, lo que indica que se elaboró a la vez que las negociaciones que desembocarían en dicho tratado.
Este documento fue el punto de arranque de un potente movimiento a favor del Departamento vasco, uniendo los grupos que en los 80 apoyaban el departamento y los que defendían un departamento con verdadera autonomía. Uno de los mayores logros fue que cientos de personalidades de Iparralde fueron capaces de "consensuar una definición compartida sobre la problemática económica, territorial, social y cultural del Pays Basque" (Ahedo 2002: 246 y 585). Dentro de esa estrategia general la cooperación transfronteriza pasó a ser un elemento de gran interés.
Simultáneamente, en Hegoalde los gobiernos de Euskadi y de Navarra también llegaban a la conclusión de la necesidad de crear espacios de colaboración económica y política más amplios, aunque el gobierno navarro se descolgó de la cooperación a tres (junto a la Región de Aquitania) por sus diferencias ideológicas con el gobierno vasco. De modo que la cooperación transfronteriza vasco-aquitana se vio tremendamente impulsada en los años 90, dentro de una tendencia general europea que además ha ido contando con crecientes recursos comunitarios (De Castro 1994; Letamendia 1998; Bray 2004; Filibi 2008). La última evolución de esta cooperación es la creación de la Conferencia Euro-regional, en la que participan todos los agentes institucionales y políticos de Iparralde y Hegoalde, entendiendo que constituye el único medio de superar las dificultades de la profunda asimetría en la capacidad política y los recursos disponibles en las instituciones de ambos lados.
Al producirse la creación de la Unión de forma simultánea a la caída de la URSS y el fin de la Guerra Fría, los países miembros de las Comunidades Europeas, reforzados políticamente gracias a su unión, también se vieron beneficiados geopolíticamente. En primer lugar, se desvaneció la amenaza latente de la Guerra Fría. En segundo lugar, los nuevos Estados que surgieron en el Este, al solicitar su ingreso en la Unión, le permitió a ésta "ocupar" el vacío que dejaba el imperio soviético. En tercer lugar, la UE pasó a convertirse en un actor político clave en el reconocimiento de nuevos Estados, sobre todo cuando es capaz de alcanzar una posición común, como sucedió en los casos de Eslovenia y Croacia (reconocimiento condicionado de diciembre de 1991 que la CEE hace oficial el 15 de enero de 1992 pues antes estaban en contra Francia, Gran Bretaña y España). Sin embargo, esto no siempre sucede así, como en el caso de Kosovo (18 de febrero de 2008), cuando la posición común dejó libertad a cada Estado para reconocer o no a Kosovo (los cuatro grandes -Alemania, Francia, Gran Bretaña e Italia- sí los reconocieron).
El Partido Nacionalista Vasco es fundado en 1895 y para principios de siglo ya se puede identificar una acusada tendencia europeísta en numerosos artículos de la prensa nacionalista (Euskalduna, La Patria, Patria, etc.). Por tanto, puede afirmarse que la idea europea constituye uno de los referentes ideológicos de este movimiento (Ugalde 1994:6).
El gobierno vasco del exilio se caracterizó por un fuerte componente internacionalista y europeísta, tomando parte activa en los inicios del movimiento federalista europeo, destacando la participación del propio lehendakari Aguirre en el denominado Congreso de Europa, que se celebró en La Haya entre los días 7 y 10 de mayo de 1948 (Ugalde 2001:82; Arrieta 2007:326-327).
Puede decirse que "el PNV se presenta como un partido fundamentalmente europeísta. Más allá de una simple adhesión a la construcción europea, este partido ha elaborado su proyecto político para Euzkadi en torno al marco europeo." Sin embargo, "la voluntad de transformar Europa en una 'Europa de los pueblos' y de integrar al País Vasco en esta dinámica no es una idea exclusiva del PNV sino una meta para todos los partidos nacionalistas vascos" (Galeote 1999:268 y 274), si bien con importantes diferencias entre ellos.
Ahora bien, las esperanzas que despertó la Unión Europea entre las naciones sin Estado y las regiones respecto a poder encontrar un mejor acomodo en la Europa política (Keating 1996; Rojo 1996) se vieron frustradas en gran medida, ya que el freno en la integración política producido a partir de mediados de los años 90 también afectó a los posibles avances en el encaje político de las regiones y naciones sin Estado en la UE. Una propuesta muy debatida fue la de Alain Lammassoure respecto a la posibilidad de que la UE reconociese un status especial de "asociación" con las regiones que poseen parlamentos elegidos democráticamente. No obstante, pese a diversos intentos, la Convención constitucional se negó a discutir este asunto, fundamentalmente por las fuertes presiones en contra de varios Estados, particularmente España.
El reducido papel de las regiones y el nulo reconocimiento político de las naciones sin Estado en la UE -dejando de lado pequeños gestos en relación a la utilización de algunas lenguas minoritarias (pero sin reconocimiento oficial)-, más de quince años después de la creación de la Unión Europea, han obligado a las regiones más dinámicas y a los distintos nacionalismos a redefinir sus estrategias y adaptar sus discursos (Hepburn 2008). En definitiva, durante los primeros años del Siglo XXI se puede apreciar en los partidos nacionalistas minoritarios y regionalistas una considerable reducción de las expectativas respecto a las posibilidades ofrecidas por el proceso de integración (Elias 2008).
No obstante, también se observa que este retroceso en la sensibilidad hacia el fenómeno regional se ha producido durante los años de una gran crisis del propio proceso de integración, probablemente agravado por la distinta cultura política de los nuevos miembros de la Europa Central y del Este, con potentes discursos nacionalistas, comprensibles si se tiene en cuenta que sólo recuperaron su plena soberanía en 1991.