Siguiendo el modelo original sueco, la institución del Ararteko se constituye como órgano unipersonal, es decir, una persona física, hombre o mujer, ocupa el cargo. En este momento el Ararteko es Iñigo Lamarca Iturbe (recientemente reelegido por segunda vez), habiéndole precedido Juan San Martín Ortíz de Zárate (1989-1995), Xabier Markiegi Candina (1995-2000) y Mercedes Agúndez Basterra (2000-2004, en funciones).
Sin embargo, y en la medida que la intervención de la Administración se ha expandido a la mayoría de ámbitos de la vida social, resulta imposible para una única persona realizar la labor que la LCRIA atribuye al Ararteko. De ahí que el servicio público que brinda el Ararteko a los ciudadanos lo ofrecen la propia persona del defensor del pueblo vasco, en cuanto director de la institución; un adjunto, que auxilia y sustituye al Ararteko, y más de 45 personas, entre asesores y encargados de servicios administrativos y logísticos. Todos ellos integran la Oficina del Ararteko.
Retomando la figura del adjunto al Ararteko, éste nombra y separa con absoluta libertad a su adjunto, previa conformidad del Parlamento vasco, publicándose ambos hechos en el Boletín Oficial del País Vasco. Una vez nombrado se le aplica el mismo estatuto jurídico que al Ararteko (incompatibilidades, garantías), pudiendo éste delegar sus funciones en su adjunto conforme a la organización del trabajo que se determine. Además, el adjunto sustituye al defensor del pueblo vasco, en caso de vacante, imposibilidad física o ausencia temporal de aquél. La LCRIA prohibe expresamente la delegación de la relación o la actuación frente actividades estrictamente administrativas del Parlamento, Gobierno o los Consejeros (artículo 8.3). Obviamente, se trata de reservar para el Ararteko actividades cruciales de la institución.
En los últimos años, concretamente desde 2004, el cargo de adjunto de Ararteko lo ocupa Julia Hernández Valles (también, por segunda vez).
La Oficina del Ararteko se estructura orgánicamente en la Asesoría Jurídica, encargada de ofrecer la cooperación técnico-jurídica necesaria por la institución para realizar sus funciones, y el Servicio de Administración y Personal, al que compete la gestión económica de la misma (prepara el proyecto de su presupuesto y lo gestiona) y su soporte administrativo. Ambos están dirigidos por una persona de confianza del Ararteko (Jefe de Asesoría Jurídica y Jefe del Servicio de Administración, respectivamente). Mientras el Servicio de Administración y Personal se ocupa del Registro General de la Institución y de la Sección de Archivo, la Asesoría Jurídica, organizada en áreas especializadas (personas mayores, menores, igualdad entre mujeres y hombres, personas en prisión, inmigrantes, personas con discapacidad y personas con enfermedad crónica o mental), se encarga de tramitar las quejas y reclamaciones presentadas ante la institución por los ciudadanos vascos y de confeccionar estudios e informes.
El Reglamento de organización y funcionamiento de la Institución del Ararteko prevé otros dos órganos en el seno del ombudsman vasco: la Junta de Coordinación y Régimen interior y la Oficina de Información.
El primero, presidido por el Ararteko, integra a aquél, a su adjunto y a los jefes de la Asesoría Jurídica y del Servicio de Administración y Personal, y se configura como órgano asesor, debiendo informar en todos los asuntos relacionados con el funcionamiento interno de la Oficina del defensor del pueblo vasco. Debe, al mismo tiempo, conocer e informar sobre el Informe anual o los Informes extraordinarios que el ombudsman vasco presenta al Parlamento autonómico.
Es tarea de la Oficina de Información facilitar a los ciudadanos y ciudadanas vascas el acceso al Ararteko.
Completando el elenco de personas que auxilian al Ararteko en su labor, haciendo a un lado a éste y a su adjunto, el resto de hombres y mujeres que trabajan en la institución se dividen en asesores y personal de confianza -elegidos por el propio Ararteko, se dedican exclusivamente a asesorarle, aplicándoseles el mismo régimen que al personal de confianza del Parlamento Vasco-, y el personal ordinario, que pertenece a la plantilla del Parlamento Vasco (artículo 38 LCRIA).