El rey D. Teobaldo II le concedió el fuero de Viana en 1269 y que tuviese mercado el martes de cada semana. En 1271 mandó el rey D. Enrique, que la población de la aldea de Río se trasladase a Aguilar, formando un solo pueblo y término. En 1273 la villa, y pueblo de Aguilar pertenecían a D. Pedro Sánchez de Monteagut, señor de Cascante, el cual las donó al rey D. Enrique, en el caso de morir sin hijos, y que, aun teniéndolos, no las pudieran enajenar a otro que al rey, por quien deberían hacer paz y guerra. El señorío de este pueblo era, por los años 1281, de Juan y de Milia Sánchiz, quienes, a una con el señorío de Dicastillo, lo cedieron a la reina D.ª Juana en cambio de Aspurg, Bigüézal y Pitillas. Los vecinos de Aguilar eran libres de peaje en todo el reino, por estar aforados al fuero de Viana; sin embargo los peajeros de Tudela les quisieron exigir derechos, y el gobernador de Nav. Alfonso Robray, a quien se quejaron en 1302, mandó que no se les inquietase. En 1366 contaba Aguilar treinta y seis vecinos, entre ellos once pobres. En 1368 pagaba al rey dieciséis libras con título de fonsadera, de cuya pecha redimió la mitad dando al rey 120 libras por una vez. En 1373 D. Carlos II, habiendo visto personalmente los lugares de la frontera, en tierra de Estella, y que la villa de Aguilar era fuertemente despoblada de gentes y convenía fortalecerla de cabas (fosos), y muros, mandó que la villa de Azuelo con todos sus términos, se uniese a la primera y obedezcan al alcalde e oficiales de eilla en zarrazon (cerramiento) et en veillas (velas o centinelas) e en todas las otras cosas como aldea debe facer e obedecer a villa como facen e obedecen las aldeas de Viana, Laguardia e San Vicente a sus villas, gozando la villa de Azuelo de los privilegios de la de Aguilar y ambas en común de todos sus términos, pastos y dando los de Aguilar a los de Azuelo sitios para edificar casas. Fue confirmado por D. Carlos III en 1392. En 1452 el rey D. Juan II, en consideración a la fidelidad de la villa de Aguilar, y de la aldea de Azuelo, y a que por conservar aquélla habían sido robados, presos, rescatados y muertos muchos vecinos, les libertó, a perpetuo, de toda sisa e imposición sobre el vino que vendiesen, tanto por mayor como por menor, a los extranjeros o del reino, en la forma que las buenas villas gozaban de esa gracia. Aguilar fue uno de los pueblos que el rey D. Enrique IV de Castilla sometió a su dominio en los años 1463 a virtud de la sentencia compromisal de Luis XI de Francia; pero habiéndose sustraído luego del poder de Castilla, y entregándose a D. Juan II de Nav., éste en recompensa de su fidelidad, le concedió, y a su nombre la princesa D.ª Leonor en 1466, libertad perpetua de fonsadera y del censo perpetuo que pagaba por el monte de Lanz, que era, lo primero 190 sueldos, y sesenta y cinco el censo. Ref. Y. M.