Donostian ikastola bat osatzeko asmoekin 1960tik aurrera hiritar batzuk elkartzen hasi ziren. Ekimen pribatuko Santo Tomas Lizeoa 1961. urtean sortu zen, Koldo Mitxelena, Jose Migel Zumalabe, Jose Mari Lasarte, Carlos Santamaria eta beste makina bat pertsonen lanari esker (besteak beste, Joxe Mari Lizarralde, Jexus Mari Iriondo, Gurutz Ansola, Lore Zabalo, Miren Agote, Xabier Iriondo eta Rezola...).
Carlos Santamariak CES akademia zuen eta orduko legeria eta gorabeheren bitarteetan mugitzen ikasitako gizona zen. CES akademia neska-mutilen irakaskuntza elebiduna garatzeko akademia pribatu bat zen eta Olazabal pasealekuko (gaur Bizkaiko pasealekua) gela batzuetan kokatua zegoen. Horrela euskarazko heziketa eta euskal irakaskuntza helburu hartuta, Ikastolan martxan jartzeko aukerak bilatu behar eta "Academias de Vascuence" ideia aukeratu zuten. Horrela 60-61 ikasturtean Artzain Onaren plazako etxebizitza martxan hasi ziren Karmele Esnal andereñoaren zuzendaritzapean. Lehenengo urte hartan 23 ikasle izan ziren; garaiko ikastola txikietatik etorritakoak.
Goizez gaztelaniaz ematen ziren klaseak, -institutuan gaztelaniaz egiten baitzituzten azterketak- eta arratsaldez, berriz, euskaraz. Urtetik urtera haur gehiago, 150tik gora izango ziren Amarako Bizkaia Ibilbideko gelan batxilerra ikasten zihardutenak, eta handik berehala, multzo handiagoa Mirakontxan, Paseo de la Fe-ko, mojen ikastetxeak utzitako geletan. Azkenerako, 800 bat haur izan zitezkeen guztira.
Urte hauetan zenbait guraso eta laguntzaile (Joxemari Enparanza, Rafa Albisu, Xabier Zabalo, Jose Mari Lasarte ...) hasita zegoen lur bila ikastetxe berria eraikitzeko asmotan eta Loistaraingo lurrak erosteko erabakia hartzearekin bat, Loistarain elkartea sortu zen, arazo juridikoei aurre egiteko.
Begiz jota zituen Joxe Mari Enparantzak beneditarrenak ziren lur haiek eta Aita Maurok erraztu eta lautu zuen bidea, baserria beneditarren eskuetatik Lizeoaren jabe izango zen sozietatera eskualdatzeko. Aita Mauro eta Joxe Mari Enparantzaren arteko harreman oso onak izatea berebiziko garrantzia izan zuen horretan. Loistarainen lehendakaritza lehenik Jose Mari Lasartek hartu zuen 1965ean eta gero erreleboa Jose Mari Enparantzak, 1970ean.
Izena, bertan zegoen baserriaren izenetik dator, Loistarain, XII.mendeko toponimo euskaldun bat da; ziurrenik, Ibaeta aldeko zaharrena. Era honetan, ikastolari eman zitzaion forma juridiko berriari esker, hamaika oztopo gainditu ziren, garaiko inbestigazioak ekidin eta hainbat laguntza eta kreditu lortu zituzten 33.000m2-ko lur saila erosi ahal izateko. Behin honela, lur hauek hipotekatu eta Santo Tomas Lizeoaren etxeak eraikitzen joan ziren.
1967/68 ikasturtean Loistaraingo lurretan "prefabrikatuak" jarri ziren eta handik gerora abian izango zen gaur egun ezagutzen dugun Lizeoa (Bizkaia pasealekuko behean, 10 urteko bitarteko prestaketa, ingreso-aurretikoa irakasten eta prefabrikatuan Batxilerrerako prestatzen zen, Akademietan bezala, Institutuan etsaminak egiten zirelarik).
Ez zen erraza izan zein neurriko eta zenbat gelako ikastetxea egin behar zen erabakitzea. Gero eta haur gehiago izanagatik, baziren kurtso bakoitzeko gela bat bakarra egin behar zela ziotenak. Beste batzuk, berriz, kurtso bakoitzeko hiru gelako ikastetxea egitearen aldekoak ziren. Auzia botoetara eraman, eta kurtso bakoitzeko hiru gela egin behar zirela ziotenak nagusitu ziren. Ikastetxe handia egitearen aldeko jarrerak irabazi zuen, beraz, eta horixe izan zen Jabier Market, Luis Mari Zulaika eta Xabier Unzurruzaga arkitektoei eskatu zitzaien proiektua. Lehen irakasle "ausart" haiek guztiak hemen gogoratzea zailtxo gerta liteke baina arrapaladan besteak beste aipatuko ditugu: Pilar Gainzarain, Bixente Sasiain, Jabier Santamaria, Rikardo Arregi, Jabier Aranburu, Joxe Mari Etxebeste (Porru) musika alorrean, Ibon Nabaskues, Ixiar Mujika, Luis Amezaga ingeniaria eta Amezagatarren aita, Jose Migel Balentziaga... eta lehen sei urte haiek zuzendaritzan egin zituen Jabier Gorrotxategi.
1970 arte, hau da, lege berria etorri arte ikastolen arazo orokorra izan zen ez zutela inolako onarpen juridikorik eta, beraz, ikastetxe nortasunik ere ez. Ezin zezaketen ikasketa ofizialik eskaini eta, ondorioz, ikasleen ikasketa-agiri denak (notak eta kartilak barne) Lasala Plazan zegoen Hezkuntza Ministerioaren ordezkaritzak onartu eta eman behar zituela. Hori dela-eta, urte amaierako azterketak Lizeoan bertan ez baina Donostiako institutu ofizialetan egin behar izaten zituzten ikasleek; Usandizaga Institutuan neskek eta Peñafloridakoan mutilek. Villar Palasí ministroaren legea izan zen orduko ikastetxeei nolabaiteko autonomia eman ziena.
Hemendik aurrera, Santo Tomas Lizeoko eratzaileek, ikastola guztietan bezala, zailtasun larriak jasan behar izan zituzten, baina aparteko ilusioa izan zuten klaseak euskaraz emateko. Hasieran, aipatutako geletan funtzionatu bazen ere, ikasle kopurua etengabe hazten ari zenez eta Hezkuntza Legearen baldintzak betetzen ez zirenez, ikastetxe berri bat eraikitzeko premia ezinbestekoa gertatu zen.
Bere gorabehera guztien gainetik, Santo Tomas Lizeoak, legeztatze bideari ekin zion, beste ikastolen aurretik, Francoren garaiko Hezkuntza Ministerioarekin zuzeneko gestioak eginez. Behar beharrezkoa zen aurrera egin ahal izateko, legalizazio prozesu hau irekitzea eta beraren ondorioz gertatu ziren batez ere bi ondorio nagusi: 1965. urtean, ikaslearen "Eskolaritate liburua" tramitatu ahal izatea eta 1972. urtean ikastolaren homologazioa: azterketak egitera institutuetara joan ordez, ikastolak berak ebaluatzen zituen ikasleak, balio ofiziala zuten notak emanaz.
Hau guztia zuzen bideratzeko, Villar Palasí ministroaren 1970. urteko Hezkuntza Legearen aginduak ezartzen zituen instalazioei eta ekipamenduari buruzko betebeharrak prestatu ondoren, Santo Tomas Lizeoak, lur hauek hipotekatu, eta egun dituen eraikinetatik lehenengo eraikina eraiki zuen. 1972an estreinatu zen oraingo instalazioetan lehen etxea, honen arrazoiak homologazioa lortzeko baldintza materialak bete behar zirela eta baita ere ikasleak gero eta gehiago zirela.
1993. urtean Euskal Eskola Publikoari eta Euskal Herriko Autonomi Elkarteko Unibertsitatekoez kanpoko irakaskuntzarako irakasleen kidegoari buruzko Legea atera zuen Parlamentuak eta Santo Tomas Lizeoaren erabakia pribatua izatearen aldekoa izan zen.
2003an Santo Tomas Lizeoa-Loistarain Kooperatiba Elkartea izaera juridiko berria hartu zuen. Izengabeko elkarte izatetik (Lostarain S:A, zein 1964-64 ikasturtetik aurrera titularra) Santo Tomas Lizeoa-Loistarain Koop. Elkartea bihurtu zen. Esan beharra dago ikastolak kooperatibaren funtzionamendua zuela eta kooperatiba elkartearen funtzionamendua egokiago zela Izengabeko Elkartea baino. Bestetik esan behar da baita horrela bazkideen kopurua ere hobetuxeago mugatzen zela; ondorioz, gurasoak partaideak bihurtu ziren, bere eskubide eta betebeharrekin.
Bere ibilbidean Santo Tomas Lizeoan honako hauek egon dira zuzendari: Xabier Gorrotxategi, Felipe Yurramendi, Jose Antonio Agirre/Jose Maria Agirre -zuzendaritza kolegiatua- Carlos Santamaria, Mari Karmen Alzueta, Santos Sarasola, Iñaki Lekuona, Arantza Zugazagazti, Joxan Arbelaitz, Iñaki Zubizarreta. Hasierako irakasle batzuen izenak aipatu badira ere, ezin azaldu gabe utzi: Felipe Yurramendi, Carlos Santamaria, Ambrosio Zatarain, Gurutz Ansola, Ramon Manterola, Lola Valverde, Gaizka Barandiaran, Fernando Martinez, Joxe Mari Agirre, Jose Antonio Agirre, Jose Mari Iturrioz, Joxemari Aranalde, Gotzon Egaña, Xalbador Garmendia, Luis Mari Mujika, Mari Karmen Garmendia, Jexuxmari Mujika, Iñaki Lekuona, Miretxu Campos, Pilar Ganzarain, Itziar Mujika, Karmele Alzueta, Begoña Arrate eta abar.
Gaur egun, Santo Tomas Lizeoan "D ereduari" (irakaskuntza osoa euskaraz) jarraituz irakasten da eta 1800, ikasle inguru ari dira 2 urterekin hasi eta 2. Batxilerra bitarteko kurtsotan. Langileak, berriz, 160 dira, horietatik 118 irakasleak.
- Valverde, A.; Zugasti A.; Alvarez B.; Lekuona, I. eta beste batzuk. Santo Tomas Lizeoa 1960-61/2010-11. Donostia: Santo Tomas Lizeoa, 2011.
- Agirre, P. Ikastolak Gipuzkoan, datutegia. Argitaratu gabeko materiala, 2012.
- Santo Tomas Lizeoa.[Kontsulta data: 2014ko urtarrilak 7].