Parece ser que los remordimientos alcanzaron por fin al belicoso sacerdote en su convento londinense cuando el final de la guerra carlista debió de sumirlo en la depresión. Merced a los desvelos de una piadosa dama inglesa pasó a Jamaica donde se dedicó a misionar indígenas durante 15 años. En 1892 el obispo lo envió al Colegio Seminario de Pasto (Colombia), propiedad de los jesuitas, donde se le autorizó para, sin ingresar en la orden, seguir su observancia. Sólo el 30 de julio de 1920, a los 78 años y 28 de misionar, se le admitió en el noviciado. Fue jesuita durante seis años, al cabo de los cuales murió (agosto de 1926) celebrando sus fieles indígenas un funeral amenizado por canciones vascas de él aprendidas.