Tal como está previsto en el Estatuto de Autonomía para el País Vasco, existen dos órganos dependientes del Parlamento: el Ararteko, o defensor del pueblo vasco, y el Tribunal Vasco de Cuentas Públicas.
El Ararteko se define en la propia ley de creación de esta figura (ley 3/1985, de 27 de febrero) como el alto Comisionado del Parlamento para la defensa de los derechos comprendidos en el Título I de la Constitución. Asimismo, se establece que su función primordial es la salvaguarda de los ciudadanos frente a los abusos de autoridad y poder y las negligencias de la Administración Pública Vasca, y que sólo recibe instrucciones del Parlamento Vasco, con total independencia de las Administraciones Públicas. Hasta el momento presente, éstas han sido las personas que han ejercido el cargo de Ararteko:
- Juan San Martín (1989-1995)
- Xabier Markiegi (1995-2000)
- Mertxe Agúndez -ararteko en funciones- (2000-2004).
- Iñigo Lamarka (2004- hasta la actualidad).
En cuanto al Tribunal Vasco de Cuentas Públicas, su ley de creación (ley 1/1988, de 5 de febrero), lo configura como un órgano propio de la Comunidad Autónoma de Euskadi, dependiente directamente del Parlamento Vasco. Es el órgano supremo fiscalizador de las actividades económico-financieras y contables del sector público vasco, y ejerce estas funciones por delegación del Parlamento. Está compuesto por siete miembros, elegidos por el Pleno de la Cámara vasca, con el voto favorable de la mayoría absoluta de sus componentes.