El edificio Baluarte a creado mucha polémica y ha sido criticado desde su construcción por diversos motivos: el color negro de la fachada, su orientación dando la espalda a la Ciudadela, el adoquinado irregular de la plaza (que al final fue sustituido por losas lisas por la incomodidad al andar), el inadecuado emplazamiento de la cafetería en el edificio (obligó a construir otra cafetería exterior en la plaza), las escaleras de acceso al aparcamiento subterráneo, abiertas al exterior e inundables en días de lluvia, etc.
Cabe destacar la polémica creada por la negación del arquitecto a incorporar la rotulación del edificio también en euskera, por que "destruiría su estética".