El Museo Diocesano de Arte Sacro nacía en septiembre de 1961. Es, por tanto, uno de los más antiguos de Bizkaia, sólo precedido por los de Bellas Artes, Vasco y de Reproducciones Artísticas.
El motor inmediato de su fundación fue el peligro potencial que corría el patrimonio de la Diócesis, ante las cada vez más frecuentes noticias de robos en áreas no muy lejanas. Por otro lado, las piezas retiradas del culto -cuyo número se incrementaría notablemente tras la reforma litúrgica que supuso el Concilio Vaticano II- merecían mejor suerte que la de quedar arrumbadas en un trastero y, a la larga, desaparecer por falta de cuidados. Era urgente, pues, crear una institución que salvaguardara ese patrimonio.
La nueva entidad se dedicó desde aquella fecha a rescatar piezas apartadas del culto, que iban siendo depositadas en el Seminario Diocesano de Derio. Pero, en la práctica, aquel Museo no existía: sólo los especialistas tenían acceso a sus fondos. Había que encontrar una nueva ubicación que permitiera no sólo la correcta conservación y estudio de los materiales, sino también su exposición al público.
Se plantearon diversas opciones, para finalmente decidirse por el antiguo convento de La Encarnación, propiedad del Ayuntamiento de Bilbao. La propuesta de instalar allí el Museo, respaldada por el Departamento de Cultura de la Diputación Foral de Bizkaia, fue bien acogida por el consistorio. En 1991 se firmaba un convenio entre Ayuntamiento, Diputación y Obispado de Bilbao, por el cual el primero cedía el inmueble, la segunda se comprometía a acometer la rehabilitación del mismo, y el Obispado aportaba la colección y el equipo técnico del Museo. Y así, en 1995 se inauguraba el nuevo Museo Diocesano de Arte Sacro.
Desde ese momento la actividad del Museo se ha abierto a un nuevo frente: la difusión. Más allá de la estricta salvaguarda y estudio de las piezas, el objetivo del Museo es dar a conocer el patrimonio religioso de la Diócesis de Bilbao, y a través de esta divulgación -en el más alto sentido de la palabra- crear una mayor conciencia de su valor y favorecer su conservación.