El Museo de Tudela es inaugurado oficialmente, junto con el resto de las dependencias del edificio, el 26 de junio de 2000. En sus salas se albergan piezas de arte sacro procedentes de Iglesias locales, así como arqueológicas, cuya procedencia, igualmente, es local.
En septiembre de 2004 el Museo de Tudela firma el Convenio de Colaboración y Asistencia Museológica con el Departamento de Cultura y Turismo del Gobierno de Navarra, lo que le incluye en la Red de Museos de Navarra.