El museo organiza diversas acticidades enfocadas a muy distintos públicos. Destacan entre ellas las siguientes:
- Talleres didácticos para niños.
- Visitas guiadas en verano. Durante los meses de Julio y Agosto se establecen visitas guiadas diarias al claustro románico y, además, visitas monumentales por la ciudad de Tudela.
- "Cuenta cuentos en el Museo" durante los días de Navidad.
- "La Familia en el Museo". Actividad didáctica que permite acercar a los niños y su familia a los Museos de nuestra ciudad. El adulto hace de guía de los niños con el apoyo de material didáctico que se entregará en la recepción del Museo.
- Conferencias.
Además de estas actividades se organizan también visitas guiadas concertadas al claustro y al casco histórico de la ciudad de Tudela (Iglesia de la Magdalena, Iglesia de San Jorge, Palacio Marqués de San Adrián, Palacio Marqués de Huarte, Juderías...).