El fenómeno de la Ikastola fue la respuesta de un pueblo que se encontraba bajo una fuerte represión. En aquella época en la escuela sólo se utilizaba el castellano y lo que resultaba más preocupante es que la propensión a favor del euskara casi había desaparecido. La propia palabra Nacionalismo estaba prohibida y el mero hecho de pronunciarla acarreaba la posibilidad de ser castigado por ello. Ni Euskal Herria, ni euskara, ni cultura vasca, pero aquello que se encuentra sometido en algún momento rompe sus cadenas. La Ikastola de Oñati no era más que un grano más en este amplio granero y todo el pueblo intentó que efectivamente esa semilla germinase. Todo el pueblo cuidó de la tierra.
Para hacer frente a esa situación, en Oñati organizaron una serie de fiestas, reuniones y festivales. Necesitaban dinero y de algún modo había que conseguirlo, tal y como sucedía en muchos lugares de Euskal Herria. A favor de la Ikastola de Oñati, al igual que sucedió en otros tantos proyectos, tomaron parte una serie de artistas que tiene un lugar propio en la historia de Euskal Herria: el 7 de febrero de 1976 los cantautores Xabier Lete, Lurdes Iriondo y Gorka Knor ofrecieron un concierto en el Instituto; el 16 de junio de 1977 actuaron en el frontón de la localidad los bertsolaris Lazkano, Lizaso, Agirre, Gorrotxategi, Azpillaga y Lopategi, junto a Arregi y Garmendia que pusieron el punto musical; el 18 de febrero de 1977 actuaron en el frontón San Lorenzo los cantautores Gorka Knörr, Gontzal Mendibil y Xabier Castillo "Xeberri", el grupo de teatro Ohiartzunak y el grupo de danza Ekain; el 3 de junio, el grupo de teatro Intxitxu de Oiartzun ofreció la obra Deusetik izateraino.
Cuando echó a andar por primera vez, el 17 de septiembre de 1967, la Ikastola de Oñati contaba con un profesor y 28 alumnos. Durante el curso 1967/1968 comenzaron a utilizar una de las aulas cedidas por la Cooperativa San Miguel. En dicha escuela se inscribieron 28 niños de 3 a 4 años, bajo la dirección de Eli Igarzabal. Una vez que la propia Cooperativa San Miguel adecuó mínimamente el recinto, la escuela abrió sus puertas. Como debían bendecir el nuevo local, al final se inauguró un domingo, el 17 de septiembre. Don José Luis Arrazola bendijo la escuela.
Enviaron la solicitud para poder funcionar como Ikastola bilingüe en septiembre de 1969 a la Delegación de Educación y Ciencia en nombre del párroco, adjuntando a dicho documento el visto bueno de la Diócesis de San Sebastián. Además de eso, se especificaba detalladamente toda la información acerca del profesorado, los libros de texto, las aulas y demás aspectos. De este modo, dicho curso inició su andadura con total normalidad, pero el día de San Miguel se personó allí mismo el inspector, en la casa del párroco, y escudándose en que faltaban una serie de documentos denegó el permiso de apertura de la Ikastola.
La Ikastola permaneció cerrada durante cuatro días con motivo de las fiestas del pueblo, mientras no se cursarán los documentos que supuestamente faltaban a la Delegación. De todos modos, ese mismo curso se volvió a abrir la Ikastola incluso sin licencia. Mientras tanto, como asesor nombrado por la Diócesis, el Padre Lasa Kalonje acudió innumerables veces a la Delegación de Educación de San Sebastián e incluso a al propio Ministerio de Madrid. El documento que acreditaba la legalización se entregó en San Sebastián en mayo de 1970 pero no llegó a Oñati hasta finales de ese año, y gracias a que el Padre Lasa continuó realizando gestiones en las dependencias de San Sebastián durante todo el curso 1970-71 y denunció ese hecho ante las autoridades.
Para el curso 1968-1969, la Cooperativa San Miguel cedió otro local. Contaba ya con 50 niños y para ayudar a Eli Igarzabal, tuvieron que contratar a una nueva profesora, Eusebi Osa. Estos locales enseguida comenzaron a resultar insuficientes y durante el curso 1969-1970 lograron un nuevo local en el número 31 de la calle Altzaa. En el curso 1970/1971 el número de niños era aún mayor y todos no entraban en esas aulas. Así, los Padres Agustinos ofrecieron una habitación situada en el último piso de su edificio. Para el cuarto curso ya contaban con 110 alumnos e Itziar Usandizaga y Tomas Elortza comenzaron a impartir clases. Una vez más, se vieron en la necesidad de encontrar nuevas aulas, lo cual provocó no pocos dolores de cabeza. Primero lo intentaron en Oaiturri, después en San Lorenzo, junto a la casa parroquial, y al final consiguieron unos locales en el edificio de los Agustinos.
Los años posteriores, de 1970 a 1975, tampoco resultaron fáciles. En 1975, sin dejar de lado los locales de los Agustinos en la calle Mortara, se mudaron a San Lorenzo. En 1976 decidieron dar por finalizada esa etapa e iniciar una nueva. En San Lorenzo, contaban con 6 aulas cedidas por ETEO, pero acuciados por la sempiterna falta de espacio, en el curso 1977/78 se hicieron con las aulas que hasta entonces utilizaban las Escuelas Nacionales. En el curso 1979/80 contaban con los locales de la escuela de Olakua y la Ikastola permaneció allí durante un año. En el curso 1980/81, abandonaron los locales de la calle Mortara desplazándose a la Plaza de los Fueros, tras adecuar los locales de la Escuelas Nacionales.
En 1980 un número de padres mostraron su deseo de que la Ikastola se convirtiese en cooperativa. Así, se llevó a cabo la Asamblea y se cambió el titular de la misma, siendo el nuevo titular la Sociedad Cooperativa Ikastola Txantxiku. El nombre de la misma paso a ser Ikastola Txantxiku. El cambio se produjo el 12 de mayo de 1980. En los cursos 1984/85 y 1985/86 iban a utilizar las aulas de Gorritxitxi para impartir las clases de Preescolar, mientras de construía el centro de Santa Ana. Iniciaron el curso 1986/87 en el nuevo edificio de Santa Ana, consiguiendo por fin una ubicación permanente.
En la historia de la Ikastola Txantxiku, el curso 1988/89 resultó muy importante, fue entonces cuando se instauró la Enseñanza Media. En 1989 se celebró la Fiesta de las Ikastolas en Oñati, el Kilometroak 89. Quedaban ya lejos las discusiones de 1983 sobre la AIPV o el acuerdo de 1989. En 1992 contaba con más de 800 alumnos y unos 60 trabajadores.
El 19 de febrero de 1993 el Gobierno Vasco aprobó el Proyecto de Ley sobre la Escuela Pública Vasca. Dicha ley hizo que se originase cierta controversia en la Ikastola, la Cooperativa y en el pueblo. La Ikastola debía elegir su camino: mantener su carácter privado o incorporarse a la red pública. En esa encrucijada la Asamblea de la Cooperativa decidió permanecer dentro de la red privada.
En 2012 la Ikastola Txantxiku era un centro dirigido a estudiantes de Educación Infantil, Primera Enseñanza y Segunda Enseñanza (0 - 18 años). Se trata de una Cooperativa de Enseñanza de Utilidad Pública formada por padres, trabajadores y colaboradores. En cuanto a la distribución de las aulas, las correspondientes a la Educación Infantil y Educación Primaria se encuentran en el centro Santa Ana de la calle San Juan nº 1 y la ESO y el Bachiller se imparten en la sede de la Plaza de los Fueros.