La provincias vascas, con unos 60.000 habitantes por provincia, tenían una densidad media de 30 hab/km², relativamente alta para la época. Navarra, con unos 145.000 habitantes en 1553, rondaba los 12 hab/km². Durante los dos primeros tercios del siglo XVI continuó la expansión demográfica del siglo anterior, en un contexto de auge económico de la agricultura, la industria, el comercio y la pesca.
La mayor parte de la población vivía de la agricultura, que tenía características muy diferentes en la vertiente cantábrica y en la vertiente mediterránea. La vertiente cantábrica se caracterizaba por una economía mixta, agrícola, ganadera y silvícola, y por un déficit crónico de subsistencias que hacía necesario importar trigo, sobre todo para alimentar a la población urbana. Esta agricultura se hallaba en fase de transición: el cultivo progresaba sobre el ganado y el bosque, se roturaban cada vez mas bosques, pastos y manzanales, se extendía el mijo y retrocedía la producción de manzana y de chacolí.
La vertiente mediterránea producía generalmente subsistencias suficientes. En Álava la agricultura era mas bien pobre, pero sobresalían la Llanada, cerealista, y la Rioja alavesa, con vid y cerales. En Navarra se producía trigo, cebada, avena, mijo, y, en el sur, vid y oliva. Las tierras del Ebro tenían una agricultura evolucionada, con canalizaciones, y eran excedentarias en trigo, vino o aceite. Navarra también exportaba lana por San Sebastián. En conjunto, en el siglo XVI la producción agraria de las provincias vascas creció un 30%.
Las ferrerías eran la principal industria de Vizcaya y Guipúzcoa. La exportación de hierro permitía importar subsistencias, paliando en parte el déficit agrícola de las provincias. Las ferrerías no llegaban a emplear una docena de personas pero movían numerosas actividades. Así, los campesinos completaban sus ingresos con las labores de tala de arbolado, elaboración de carbón vegetal, extracción de hierro, transporte, o como herreros y forjadores. Había minas de hierro muy diseminadas, pero las principales fueron las de Somorrostro. En el siglo XVI conocieron una gran expansión, al aumentar la demanda de aperos, de armas y de los astilleros. Se estima que 1550 había en Vizcaya y Guipúzcoa unas 300 ferrerías.
El País Vasco era zona de paso de varios circuitos comerciales. El más importante era el de las lanas de Castilla que salían por los puertos cantábricos hacia Flandes, Francia e Inglaterra. De vuelta traían pañería flamenca y otras manufacturas. Similar era el circuito de la lana navarra que salía por San Sebastián. Junto a la lana, los barcos vascos llavaban al norte de Europa el hierro de las ferrerías. Destacaron pronto los puertos de Bilbao y San Sebastián que canalizaron la mayor parte del tráfico. El comercio de la lana estaba controlado por los grandes mercaderes de Burgos y los vascos actuaban como intermediarios. Sin embargo, en 1511 se fundó el Consulado y Casa de Contratación de Bilbao para escapar a la jurisdicción del Consulado burgalés. El tráfico lanero generó la aparición de una burguesía de creciente peso social.
En la costa tenía importancia económica la pesca, con dos actividades: la de litoral, que abastecía de besugo, congrio y merluza, y la de la ballena y bacalao de Terranova, a partir de los años 1540, negocio con importantes inversiones y ganacias orientado hacia la exportación.
Desde las últimas décadas del siglo XVI se produjo una crisis económica que afectaría a buena parte del siglo XVII. En Álava y Navarra la depresión fue similar a la castellana, con una pérdida aproximada del 25% de la población y una disminución de la producción agraria del 35%. La epidemia más terrible fue la peste de 1596-1601.
Las provincias costeras siguieron una dinámica económica muy diferente. La crisis de las ferrerías y del comercio se compensó con una revitalización de la agricultura, gracias al maiz, que permitió mantener a la población. La generalización del maiz en el siglo XVII, primero en la costa y después en el interior, supuso un aumento de la productividad y del espacio cultivado, plantándose en los valles, hasta entonces tierra de pastos, y duplicando la producción. En la Rioja alavesa se cuatriplicó la producción de vino.
Desde los años 1570, el comercio atlántico se vio alterado por las guerras sucesivas de la Corona con las potencias marítimas y los ataques corsarios. Las exportaciones de hierro retrocedieron por la competencia de los centros siderúrgicos de Suecia y Lieja. Para 1580 disminuyó el número de ferrerías.
Los grandes mercaderes europeos desbancaron a los burgaleses y se hicieron con el control de los intercambios mercantiles, asentándose en Bilbao. El centro de contratación de lana pasó de Burgos a Bilbao que, a mediados del siglo XVII, canalizaba toda la lana castellana que salía por el Cantábrico. Los comerciantes bilbaínos seguían siendo intermadiarios, aunque intentaron controlar aquel comercio enfrentándose a las colonias extranjeras.
Por su parte, los hombres de negocios donostiarras y guipuzcoanos que mejor sortearon la crisis se reorientaron hacia el comercio colonial con América, el corso y la construcción naval para la flota de Indias y la Armada.
En este contexto de crisis económica, la presión fiscal de la Monarquía provocó en Vizcaya la "rebelión de la sal", entre 1631 y 1634, contra el establecimiento del estanco de la sal, que encarecía su precio.
El siglo XVIII fue de prosperidad económica y demográfica. Se calcula que entre 1720 y 1790 la población creció en torno al 50%, gracias al auge del comercio, al crecimiento agrario y a la recuperación de las ferrerías.
El sector mercantil fue el más dinámico. La expansión del comercio internacional benefició sobre todo a Bilbao, que tenía el monopolio del tráfico lanero. Los comerciantes de la villa desplazaron a los mercaderes extranjeros y pasaron a controlar aquel tráfico.
El comercio se diversificó y permitió notables ganancias gracias al contrabando. En Bilbao y San Sebastián entraban productos coloniales como azúcar, tabaco y cacao, que se enviaban a Castilla. Los aranceles de la Real Hacienda se pagaban en las aduanas del Ebro, lo que hacía de las provincias vascas una zona de baja presión fiscal y más bajos precios. Esto hacía tanto más interesante el contrabando, que a lo largo del siglo adquirió gran fuerza.
En 1718, la Corona trasladó las aduanas a la costa lo que, además de ser un contrafuero, amenazaba gravemente los negocios mercantiles, la posibilidad de contrabando e incluso perjudicaba a campesinos y artesanos al encarecerse los productos. Estalló un motín que fue duramente reprimido por las tropas reales, aunque en 1723 las aduanas volvieron al interior.
Por otra parte, en 1728 se fundó la Real Compañía Guipuzcoana de Caracas, creando un circuito que unía Guipúzcoa con las colonias americanas. Fue promovida por un grupo de empresarios donostiarras y guipuzcoanos, compuesto de comerciantes y nobles muy implicados en el comercio colonial y muy introducidos en la corte. Tenía dos concesiones: el comercio del cacao y la facultad de perseguir al corso, de tal modo que lo que confiscase sería para la Compañía. El capital para su formación se reunió mediante la suscripción de acciones. Entre 1728 y 1740 la compañía fue muy rentable y repartió beneficios equivalents al 160% del capital invertido. Hacia 1740 su situación empeoró. En 1751 su sede se trasladó a Madrid, pero ya no se recuperó y en 1778 desapareció, fusionándose con la compañía de Filipinas. Con todo, la Compañía fue un motor económico que benefició al puerto de Pasajes y a la industria ferrona y armera de la provincia.
La agricultura aprovechó la tendencia general alcista del siglo. En la Rioja alavesa, Vizcaya y Guipúzcoa esta expansión prolongó el anterior desarrollo. En las zonas cerealistas se dio una importante recuperación y la producción creció en torno al 40%. Se roturaron tierras yermas, se intensificaron los cultivos, se generalizó el maíz. En este crecimiento se desarrolló la economía monetaria, se generalizaron los intercambios y el mercado interior, se crearon abundantes ferias e incluso mercados semanales.
Este crecimiento agrario no significó mejores condiciones de vida para los campesinos, al contrario, en muchos casos se acentuó la dependencia respecto a la élite terrateniente. Desde mediados del siglo XVII aumentó considerablemente el arrendamiento, cuando las comunidades campesinas negaron el acceso a la vecindad a las nuevas familias que continuaban creándose en su seno por la presión demográfica y que sólo pudieron establecerse como arrendatarias. Entre la primera mitad del XVII y finales del XVIII la proporción de familias propietarias pasó del 75% al 35%. Con el liberalismo económico, la especulación y la carestía del trigo, el endeudamiento campesino aumentó y con ello la pérdida de la propiedad en beneficio del prestamista. También se vendieron bienes comunales, por el endeudamiento de los ayuntamientos, con lo que los labradores perdían un complemento importante de sus rentas. La matxinada de 1766 en Guipúzcoa contra las subidas del precio del trigo, la especulación y otros abusos revela la existencia de graves tensiones .