El siglo XX es rico en novedades dentro del proceso de escolarización, pues al margen de los procesos seguidos por el Estado en la construcción de escuelas públicas, y de las escuelas privadas, por parte de agentes particulares y congregaciones religiosas, se aprecia que desde el propio país comienzan a plantearse nuevas experiencias con el objetivo de defender la lengua y la cultura propias. Tales son los casos de las Escuelas de barriada en Bizkaia, las escuelas rurales en Gipuzkoa y las denominadas escuelas vascas durante la Segunda República, que prefiguran lo que será el movimiento de ikastolas.
Por lo que respecta a las escuelas de barriada, tienen su origen en 1920 en la Diputación de Foral de Bizkaia, interesada en conocer la situación de la alfabetización rural. Se construyeron las escuelas necesarias y se convocaron 50 plazas de maestros, con la exigencia del conocimiento del euskara para aquellos que hubiesen de ejercer en las zonas vascohablantes. La primera promoción de estos maestros fue de vital importancia para el éxito de estas escuelas. No obstante, estas buenas perspectivas se verían truncadas en el desarrollo y evolución debido a la influencia de las circunstancias políticas y la aparición de la Liga Monárquica, fuerza surgida con el objetivo de romper la hegemonía nacionalista y que, ya en 1919, había conseguido éxitos importantes. La ideología conservadora y defensora del nacionalismo español de esta Liga frente al nacionalismo vasco, encontró en las escuelas de barriada un punto de crítica por el supuesto carácter separatista.
La orientación vasquista que había estado presente en ese primer periodo, ya a partir de 1921 comenzará a diluirse. La llegada de la Dictadura de Primo de Rivera no hará más que ensombrecer todavía más este panorama, tan poco amante como era aquella de las peculiaridades lingüísticas y nacionales. Aunque sí se favorecieron la construcción de escuelas, debido al empuje que sobre el tema se dio en esa época.
La organización escolar respondía a las clasificaciones escolares al uso: mixtas y especiales o graduadas, se mantenían las dos categorías de escuela A (euskera) y B (Castellano) para la formación de los programas, cuya característica más señalada era la enseñanza del euskera o las que recibían toda la enseñanza en castellano, mientras que los de la categoría A, sólo estudiarían castellano en el curso superior. También la Diputación de Gipuzkoa promovió este tipo de escolarización, a través de las denominadas escuelas rurales, a partir de 1927, aunque no será hasta 1932, fecha en que se realice el proyecto de escuelas rurales provinciales. Durante la Segunda Republica se promovieron las escuelas vascas, para niños euskaldunes, bajo la égida del nacionalismo vasco.
Las ikastolas, tras la experiencia de Elbira Zipitria con las denominadas etxe-eskolak, surgirán en pleno franquismo como un movimiento escolar innovador, y para dar respuesta a la necesidad de escolarización en el idioma y cultura propios, con la creación de diversos centros en Bizkaia y Gipuzkoa, a las que se sumarán las de Pamplona y Vitoria en 1964, y en Bayona en 1969. En este último año es cuando se crea la Federación de Ikastolas de Gipuzkoa y del País Vasco continental, siguiéndoles las de Álava en 1974, Navarra 1976 y Bizkaia 1977. En 1988 se creará la Confederación de Ikastolas.
La nueva situación generada desde la aprobación de la Constitución de 1978 y el Estatuto de Autonomía en 1979, para la Comunidad Autónoma Vasca, significará para las ikastolas el comienzo de un proceso de normalización jurídica y de equiparación pública de estos centros. Desde la Normativa de Titularidad Pública de las Ikastolas de 1980, por la cual la mayoría de las ikastolas adoptan la condición de centros públicos no estatales, comprometiéndose a una serie de condiciones, hasta la aprobación de la Ley de la Escuela Pública Vasca de 1993 por la que la mayoría de ikastolas optan por ser centros públicos, se ha recorrido un largo camino, un proceso de integración, no exento de enfrentamientos políticos y sociales, además de pedagógico en cuanto a la posible pérdida de identidad de lo que significaba el movimiento de las ikastolas. En el trasfondo de todo este proceso de integración estaba la sujeción a las leyes orgánicas del Estado en el ámbito educativo, que obligaba legislativamente, y la Confederación de Ikastolas y otras entidades cuyos planteamientos querían reservar todo el significado del movimiento de las ikastolas. Como consecuencia de estos planteamientos en 1995 se crea la asociación Partaide, para conservar el sentido primero de las ikastolas.
Si bien en un principio las ikastolas se establecieron como una red paralela a las existentes, lo cierto es que la normativa generada tanto por el Estado, como por las comunidades autónomas del País Vasco y Navarra, que tienen transferida las competencias en materia educativa, las ha asimilado a un modelo administrativo único. No obstante, y por lo que respecta al proceso de escolarización seguido en estos últimos años, las ikastolas, así como el modelo D y algunas experiencias del modelo B, y en el conjunto de Euskal Herria, son una garantía para la alfabetización primaria en euskara. Con ello se recalca que uno de los agentes más importantes para lograr la lectura y escritura en euskara, al igual que ocurre con el castellano, es la escuela. De esta manera se entiende la centralidad y el control por parte de todas las fuerzas políticas alrededor de la escuela.