Eguren puede ser recordado como un agente impositor del castellano en las escuelas, pues los informes realizados, con motivo de las visitas a las escuelas del territorio, son rotundos y son claras las advertencias para que los maestros y maestras utilicen esta lengua. Pero su actividad no se redujo sólo a estas recomendaciones escolares, sino que incluso llegó a publicar varios textos en los que trató no sólo del método de enseñar el castellano en las escuelas, sino también un Diccionario vasco-castellano, una Guía para uso de viajeros en el País Vasco, y un Manual de conversación para uso de los que visitan el País Vasco. Es decir, que mientras promueve el castellano en las escuelas, también se preocupa de facilitar a quienes desconocen el euskara, los elementos básicos de esta lengua para su uso con los naturales del país. El texto más famoso es su obra Método práctico para enseñar el castellano en las escuelas vascongadas, donde expone su carácter utilitario, ante "la conveniencia y hasta la necesidad apremiante que hay de enseñar la lengua castellana".
La situación en la provincia era mayoritariamente euskaldun y en la mayoría de los pueblos, ni siquiera entendían el castellano; y aún en las poblaciones de más importancia "no es todavía habitual la lengua castellana sino entre las personas cultas y de más instrucción", como señala el propio Eguren. Esta situación del euskara en la provincia tenía sus consecuencias dentro de todo el sistema educativo, pues el desconocimiento del castellano era un serio inconveniente para el aprendizaje escolar, entendía Eguren, ya que en este idioma aprendían a leer, escribir, y todos los ramos de la enseñanza, excepto la doctrina cristiana.
Para promover su texto, Eguren señala una serie de inconvenientes y dificultades que tienen los euskaldunes, por desconocer el castellano, ante el acceso a la universidad, en la industria o incluso entre los caseros a la hora de leer en castellano. Ante todo este cúmulo de circunstancias, resultaba obvio para Eguren que la introducción del castellano en las escuelas podría paliar la situación, no sólo en la enseñanza, sino que también su método podría ser utilizado por "los vascongados que quieran aprender el castellano".
No obstante, este método tenía, además, una cualidad por la cual indirectamente se podía aprender la escritura del euskara, superando algunas variedades dialectales. En este sentido se expresará Eguren, sobre todo a partir de los ejercicios comparativos entre el castellano y el euskara: "así conseguirá que estos ejercicios comparativos y puramente prácticos, que tienen por objeto principal enseñar el castellano contribuyan al mismo tiempo a mejorar el habla vascongada en su uso vulgar, pues por este medio podrán aprender fácilmente los niños las verdaderas voces vascongadas de algunos nombres y otras partes de la oración que desconocían antes completamente, rectificando también los errores a que antes el uso les hubiese acostumbrado respecto de las dicciones". Por lo tanto, la voluntad de Eguren es doble: favorecer el uso del castellano y mejorar el conocimiento del euskara.
El método completo consta de cuatro partes: la primera consiste en un pequeño diccionario vasco-castellano, clasificados por temas comunes y frecuentes de la conversación; una segunda con ejercicios prácticos sobre la declinación en euskara; la tercera sobre las conjugaciones de los verbos, y la cuarta diversas frases en castellano y vascuence para ejercitarse en la traducción.
Finalmente, para completar este aprendizaje, aconseja Eguren que se hable el castellano fuera de la escuela también, para evitar que no sea únicamente la escuela el lugar donde oigan esa lengua, ya que en ella sí que era habitual: "A la vez que de esta manera se procura enseñar en la escuela el castellano, es necesario también que se hable en ella habitualmente este idioma y que solamente se haga uso del vascuence cuando absolutamente es necesario para hacer comprender algo a los niños, pues de otro modo se contrarian los esfuerzos realizados para conseguir el fin".
Para completar la defensa del castellano en las escuelas, Eguren se dirigirá al Ministro de Fomento, ya desde Álava, donde en 1876 ejercía la inspección, para solicitar, además de que se dispusiera que los inspectores con 15 años en ejercicio y oposiciones pudiesen pasar al profesorado de las normales (planteamiento de una cuestión general para solventar su propio caso), el que por la superioridad se tomen todas las medidas posibles para imponer y generalizar el castellano, no sólo en las escuelas, sino entre los vascongados.
En este escrito al Ministro, Eguren recordará el ahínco y perseverancia para contribuir a "tan noble fin" desde que tomase la inspección de Guipúzcoa en 1860. No obstante, a pesar de su "tenaz empeño", continua Eguren, diciendo al Ministro que: "siente no tener eficaces medios para conseguir que se vulgarice el castellano entre los vascongados (subrayado en original), pues que, en vista de los acontecimientos que han tenido lugar durante los últimos años y de las circunstancias especiales en que se encuentra el País Vasco,(se refiere al dominio carlista en Gipuzkoa) ha llegado a creer de toda urgencia el que se dicten por la Superioridad medidas decisivas para que en las escuelas vascongadas de ambos sexos se de tal preferencia a la enseñanza práctica del castellano, que se obligue con todo rigor a que en ellas se practiquen diariamente ejercicios conducentes a este propósito" (Archivo General de la Administración del Estado -Alcalá de Henares-: Leg. 2360. Expediente personal de J.M. Eguren.).
A los ojos de este liberal militante, resultaba claro que los carlistas, en su corto dominio, y a través de las disposiciones favorables al euskara, habían destruido una labor por él realizada pacientemente desde 14 años antes. La imposición del castellano en las escuelas se debió, entre otras causas sociales y educativas, a la labor permanentemente desarrollada por la inspección, y a su influencia en los maestros y maestras. Aunque no es la única causa. Las críticas contra esta situación no se dejaron sentir hasta la última década del siglo XX, y más patentemente a partir de las reivindicaciones nacionalistas para obtener un magisterio vasco, de acuerdo con las necesidades sociales y lingüísticas del País.