Esta Caja, como el resto de las rurales, es el resultado de una larga historia que hay que ir a buscar a finales del siglo XIX. Su origen está en Alemania, donde Friedrich Wilhelm Raiffeisen, burgomaestre de Flammersfeld, consciente de la mala situación por la que atravesaban los campesinos de su región en 1847, decidió fundar una sociedad de crédito agrícola. En 1899 había en ese país 9.000 cajas rurales, con 700.000 socios y un movimiento de 1.000 millones de marcos. Tal fue su éxito que este tipo de cajas tomó su apellido como nombre, Raiffeisen, y por él que se conocieron, y se conocen porque todavía hay instituciones que lo mantienen en Alemania y Austria (Volksbanken Raiffeisenbanken, Österreichische Raiffeisenbanken). En el país germano fueron apoyadas por la socialdemocracia y por muchos eclesiásticos, que en ocasiones eran los tutores de esas cajas.
Esta iniciativa se extendió con rapidez a otros países europeos. En España fueron los católicos reformistas sus más decididos impulsores, sobre todo a partir del Congreso Social celebrado en Burgos en 1899. El jesuita Antonio Vicent y Severino Aznar fueron dos de los más destacados impulsores del sindicalismo católico agrario y de las cajas rurales. En las provincias de Palencia, Zamora y Murcia se abrirían las primeras de esta denominación alrededor de 1900, por iniciativa de Luis Chaves Arias y Rivas Moreno. En 1901 comenzó a hablarse en Gipuzkoa de su implantación en la provincia. En 1902, Atanasio Mutuberria funda en Tafalla la primera caja rural navarra y, dos años más tarde, Victoriano Flamarique organizó la Caja Rural de Olite, que por su éxito fue modelo para el resto de las cajas navarras que se fueron multiplicando con gran rapidez.
Hay que indicar que la implantación de las cajas rurales en Navarra está en íntima relación con el fracaso de varios intentos de creación de un banco agrícola en la provincia y, también, que están conectadas con los sindicatos agrícolas y el cooperativismo agrario. La ley de Sindicatos Agrícolas (28-1-1906), preparada por el Instituto de Reformas Sociales y apoyada por los reformistas católicos, fue su refrendo legal. En Navarra, el ejemplo de Olite y la propaganda realizada por Flamarique y Yoldi, a instancias del obispo López Mendoza, hizo que aumentara su número progresivamente: En 1907 había 63 cajas rurales, 132 en 1908, 155 en 1912. Estas cajas en las que, lo mismo que en el sindicalismo agrario, participaban en su gestión propietarios, arrendatarios y jornaleros, tenían como misión principal conceder créditos a bajo interés a los agricultores para la compra de simientes, aperos o mejora de su explotación, con la sola garantía de su palabra, dejando para la recogida de la cosecha el pago de los préstamos.
Por quienes fueron sus impulsores y sus máximos valedores se convirtieron en instituciones claramente confesionales y, detrás de las ventajas ofrecidas al campesinado, había una labor de apostolado. El idílico y pacífico mundo campesino, soñado por todos los dirigentes políticos y religiosos, podía dejarse tentar por la nueva ideología socialista y, el sindicalismo agrario católico tenía como misión servir de muro de contención. Si la fundación de las Cajas Rurales de los pueblos fueron casi siempre obra de los párrocos, fue iniciativa del obispo la organización de la Federación Católico Social Navarra en 1910, con la intención de unir todo el importante movimiento socio cooperativo navarro y ofrecer soluciones dentro de la doctrina social de la Iglesia. Este movimiento fue respaldado por todos los políticos de signo conservador. Característica ésta que ha pervivido a lo largo de toda la historia del cooperativismo agrario, hasta que la llegada de la democracia varió las circunstancias e introdujo la consiguiente libertad ideológica y la modernización de sus estructuras.
La sección de Créditos de dicha Federación fue el "embrión de lo que más tarde será Caja Rural" (Majuelo, 1991: p. 479.), considerándose 1910 como año de su nacimiento. No fue tarea fácil conseguir la federación voluntaria de la multitud de Cajas que proliferaban por Navarra. Las que tenían una vida más pujante y rentables fueron lógicamente las que mostraron menor interés y costó años lograr la completa incorporación de todas ellas. Aunque fuera evidente las ventajas que tenía el aunar esfuerzos y capital para así ayudar mejor a las familias campesinas; contar con una mayor disponibilidad económica para la compra de simientes, abonos, etc.; más la presión que podían hacer estando unidos para la supresión de algunas tasas a los productos agrícola; y terminar con la usura que arruinaba a los labradores. La Caja Rural Navarra vivió todos los avatares del movimiento cooperativo agrario en Navarra a lo largo del siglo XX hasta llegar a ser lo que es hoy.