En España el pueblo se había sublevado a la ocupación francesa. La táctica militar que empleaban los españoles, la guerra de guerrillas, era una táctica inusitada para el ejército francés y que además estaba haciendo mella en sus tropas. Estas circunstancias obligaron a Napoleón a trasladarse a la península para dirigir las operaciones, y así, a principios del mes de noviembre de 1808, Napoleón cruzó el Bidasoa. Dirigía un ejército de unos 240.000 hombres, ejército que llegó a Vitoria a los pocos días. Continuó desde la Meseta hacia el sur y a partir de este momento las tropas francesas fueron ganando una batalla tras otra al ejército regular español y a los refuerzos ingleses. En enero del año 1809, el emperador, que creía tener sus posiciones consolidadas en España, es requerido en París y sale de la península.