- Constituirse como un centro de investigación de referencia mundial formado por investigadores internacionales de prestigio en el ámbito del cambio climático y reconocidos por su larga trayectoria investigadora.
- Constituirse como un centro de investigación que desarrolle lazos permanentes y comparta proyectos con otras iniciativas en el mundo, para contribuir así al reconocimiento de Euskadi como un foco importante de atracción para investigadores de talento.
- Constituirse en un centro de investigación unido a la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea, que atraiga estudiantes extranjeros para que actúe como un agente activo de propagación de apoyo a la innovación y a cambios estructurales en Euskadi y en el mundo entero.
La estructura de gobierno del centro se compone de una Asamblea General, un Comité Ejecutivo y de un cuerpo de gestión compuesto por la Administración Científica y la Administración General. El centro cuenta además con un Comité Asesor Científico Internacional (International Scientific Advisory Committee, ISAC), que es un órgano asesor creado para aconsejar y asistir al centro en su programa de investigación y estrategia general. Por la experiencia y conocimiento de sus miembros, éstos pueden aconsejar tanto al Comité Científico como al Ejecutivo para el logro de sus objetivos.
Aparte del cuerpo de gestión, constituido por la Administración Científica y la Administración General, forma parte del personal del centro el equipo investigador y el equipo formado por el personal de administración y servicios, incluidos entre ellos los técnicos de laboratorio. Las áreas en las que este personal desarrolla su labor científica y tecnológica son las siguientes: Adaptación e impactos del cambio climático, Medidas para mitigar el cambio climático, Dimensiones internacionales de la política climática y el Desarrollo e investigación de apoyo para la política climática en Euskadi.
Dentro de la responsabilidad social corporativa del centro, su personal ha unido fuerzas con el Gobierno Vasco e Ikerbasque para impulsar la iniciativa "Caravana de la Formación", iniciativa que persigue animar vocaciones de investigación dentro de la comunidad de estudiantes de Euskadi. Con este propósito, un grupo de profesionales de Ikerbasque BC3 transmite su experiencia profesional y las razones que les dirigieron a iniciar sus carreras en la investigación en las aulas de distintas escuelas. Además de acercar la experiencia investigadora a los adolescentes, por medio de estas visitas los investigadores pretenden explicar actitudes científicas, derribar conceptos erróneos sobre la ciencia e incentivar las relaciones entre los estudiantes y los investigadores.