El centro ha definido como su misión las siguientes premisas:
- Contribuir a la investigación de plazo largo sobre las causas y consecuencias del cambio climático, para impulsar la creación de conocimiento en este ámbito científico multidisciplinar.
- Intentar preparar un equipo altamente cualificado de investigadores con el principal objetivo de alcanzar la excelencia en los ámbitos de investigación, formación y divulgación.
- Los métodos y las herramientas analíticas utilizadas servirán para ampliar las fronteras del conocimiento científico y hacer del BC3 un centro de investigación de referencia mundial sobre el cambio climático.