Por su término cruzaba una antigua calzada romana. El padre Moret cree ser Atondo el pueblo mencionado con el nombre de Alantón por Antonino, en el camino de Astorga a Burdeos, a 8 millas de Pamplona y 16 de Araceli. Altadill aceptó la identificación agregando que la vía romana de Astorga a Burdeos, que según el itinerario de Antonino se acercaba al N. de Pamplona, sin entrar en la capital, contribuyó al engrandecimiento de la población y dio motivo para la construcción de una torre-atalaya, vigilante de la vía romana, que en esa jurisdicción, dejando las orillas del río Arakil, cambió de dirección tomando la de Oriente para luego enfilarse al N., en busca del Sumo Pirineo por Larrasoaña, Erro e Iturrisa. Aun subsiste reformado el puente romano de dicha vía del itinerario de Antonino. Esa torre-atalaya, cercana a Atondo, estuvo situada sobre la peña de Oskia, donde todavía se advierten residuos de una construcción que no ha resistido a la acción de los siglos y de las inclemencias climatológicas. Afondo cuenta con vestigios que delatan su abolengo romano muy probado. Fue señor del lugar D. Sancho de Atondo que, según Avalos de la Piscina, asistió a Las Navas de Tolosa. En 1376 imponía la pecha del lugar el monasterio de Roncesvalles; posteriormente la cedió al rey a cambio de los términos y montes de Anizlarrea que le resultaban más convenientes. Una treintena de años más tarde las pechas las percibía Godofre, mariscal del reino e hijo natural del rey Carlos III. En 1414 D. Godofre percibía las rentas pero éstas fueron vendidas luego a Sancho Sánchiz de Oteiza. En 1441 la reina Doña Blanca dio el pueblo de Atondo, con las pechas, a Inés Claver para su casamiento con Carlos de Mauleón. En 1453 D. Juan de Beaumont poseía por título de compra el señorío de Atondo y lo dio en cambio, con los de Orcoyen y Murco, a su hermano el condestable D. Luis, por el de Castejón cerca de Tudela. El palacio de Atondo fue una de las casas paternas de San Francisco Javier; sus abuelos paternos fueron Arnal Pérez de Jaso, hijo del palacio de Jaso, y Doña Guillermina de Atondo, hija del palacio de Atondo.