Zudaire fue antiguo lugar de señorío realengo que tributaba a la corona conjuntamente con toda la Améscoa Baja. A finales del siglo XIII pagaba un censo de 4 cahíces, 2 robos y 3 cuarteles de trigo.
A principios de septiembre del año 1810, la partida de guerrilleros de Francisco Espoz y Mina vino a Zudaire, procedente de la sierra de Andía y perseguida por fuertes contingentes de fuerzas francesas. Ante la gravedad de su situación, Espoz y Mina decidió mandar a su caballería a Castilla, para situarla fuera de peligro. De Zudaire los guerrilleros se encaminaron hacia el puente de Belascoáin. En enero del año 1813, 600 guerrilleros de la división de Espoz y Mina pasaron por Zudaire, procedentes de Deba y Zumaia. Los guerrilleros acarreaban en 400 caballerías dos piezas de batir y gran cantidad de vestuario y municiones, recibidas de naves inglesas. Se dirigieron a Estella, cubriendo en tres días la distancia entre Zumaia y Estella.