"San Bernardo"-ren ixteak San Luisen finkatzea ekarri zuen. "San Luis" eta "Los Angeles" 1946 urtera arte Anaien zentroak izan ziren, hau da, La Salle Loiola ikastetxea ireki arte. "San Bernardo"-ren galerak mina handia egin zion kongregazioari, berarekin Gipuzkoako Anaien presentzia ere galtzen zelako. Baina beste aldetik, kongregazioaren galerak ere alde onak izan zituen, beste zentroen finkatzea, esate baterako. Gainera "San Bernardo" ixteak bere salmenta ekarri zuen, "Jesusen lagunek" erosi zuten, eta gertaera hau oso ondo jasota dago urte hartako "Historikoan":
"erosketa hau San Ignacio-ren seme apalek egingo dute, beti okerrena haientzat hartzen dutelako, AMDG hartu zuten eta gure ondorengoak izan ziren konpainiaren disoluziora arte, 1932ko martxoaren 24ean, hain zuzen ere".
Herrerako "San Luis" ikastetxeak, aitzitik, onurak izan zituen "San Bernardo" ixtearekin, esate baterako, Altza-Herreran komunitate berri bat sortu zuten alokairuko etxebizitza bat lortu zutelako. Egoera hau lortuta, ikastetxeak beste norabide bat hartu zuen garrantzi handiagoa izaten eta pertsona garrantzitsuen bisitak jasotzen.
Zappino-ren alarguna "San Luis" ikastetxearen hasieratik atzetik zebilena 1929ko maiatzean hil zen, ordea, hil baino lehen Diputazioarekin akordio batzuk lortu zituen honek eskolari 1.500 pezeta emateko. Ideia hori Altzako udalari gustatu zitzaion eta udalak beste 1.500 pezeta eman zizkion eskolari hirugarren irakaslea izateko, hau da, hirugarren Anaiari ordaintzeko. Ikus dezakegunez garai hartan arazoak ahaztuak zeuden eta berriak oso onak ziren, baina oraindik berririk onena ez zen iritsi: Diozesiko apezpikuaren bisita, Mateo Mujikarena, eta Maria Cristina Erreginarena, nork ikasleekin hitz egin zuen. Berriz, ikastetxea "normaltasunera" bueltatu zen eta normaltasunarekin arazoak ere bai. Lehen aipatu dugun bezala Diputazioak 1.500 pezeta ematen zizkion eskolari eta egun hartan, 1929ko urtarrilaren 28an, hain zuzen ere, parrokoa Diputaziora joan zen diruaren bila baina diru hura ez zitzaion jasotzaileari heldu. Apaiz-parrokoa diruarekin geratu zen eta horrela elizaren konponketak ordaindu zituen. Anaia zuzendariak azken berri hau entzun ondoren oso haserre jarri zen eta parrokoarengana abiatu zen gertatukoari buruz galdetzeko. Parrokoaren erantzuna oso sinplea izan zen: "1.500 pezeta ondo gastatuak zeuden. Elizarentzat eskatu genituen eta ez eskolarentzat". Ordea, Diputazioak esaten zuena eta parrokoak esaten zuena ez zuten bat egiten eta horrek Anaia Zuzendaria sutan jarri zuen. Anaia Zuzendaria Diputaziora joan zen eta han Diputazioaren Presidentearekin hitz egin zuen. Elkarrizketaren ondoren Presidenteak parrokoarekin hitz egin zuen eta apaiz-parrokoak dirua bueltatu behar izan zuen.
Diru honekin etxebizitzaren alokairua, Barrutiko zergak eta beste ordainketa txikiagoak egin zituzten, baina egoeraren ondorio bezala sortutako ondoezak Anaia Zuzendariaren dimisioa eragin zuen eta komunitatea goitik behera berritu zen. Momentu hartatik ikastetxeak zuzendari berria izango zuen, Julián Zenobio Anaia Zuzendaria. Hau 1930 urtera arte izan zen nahiz eta 1937an komunitatera bueltatu. Julián Zenobiok lanpostua utzi zuenean, 1930ean, arazoak berriro agertu ziren, hau da, Anaiei ez zieten ordaintzen eta hauen ondoeza gero eta handiagoa zen. Gainera, arazoak atzetik etortzen ziren, hau da, 1929ko eguberrietan udalak agindu bat eman zion Anaia Zuzendariari: "Altzako ikasle ez zirenak eskola utzi beharko lukete", baina erabaki horrekin egoera ez zen konpontzen, aitzitik, nahasten zen. Ikasle batzuk Pasaian bizi ziren, baina beraien parrokia "San Luis"-ena zen. Hori dela eta, parrokoaren eta Udalaren arteko istiluak berpizten ziren, kasu honetan Anaiak alde batera geratzen ziren arren. Ordea, eta nahiz eta Anaiak alde batera geratu, pertsona batzuk haiengana hurbildu ziren beraien ondoeza erakusteko. Ondorioz, Anaiak errudunak izan gabe, herriko jendearen kexak pairatu behar izan zituzten. Egoera okertzen joan zen eta jasanezina bihurtu zen Anaientzat zeintzuk Anaia Probintzialaren bisita itxoiten zuten gertatzen ari zenaz informatzeko. Anaia Probintziala eta Anaia Zuzendaria Alkaterengana abiatu ziren eta honek, Udalarentzat eskolaren mantentzea oso garestia zela erantzun zien eta, beste aldetik, beste iradokizun bat egin zien: "nahi baduzue hemendik joan, joan zaitezkete, baina joan baino lehen abisatu 4.600 pezeta horiekin neuk eskolarako maisuak aurkituko ditut eta". Erantzun hau entzun ondoren apaiz-parrokoarengan abiatu ziren baina honek ere ez zien laguntza handirik eman. Apaiz-parrokoaren erantzuna oso sinplea izan zen: "onena da eskola desagertzea eta ordainketatik jasotako diruarekin ikastetxe txiki bat sortzea". Egoera zailtzen ari zen eta Anaia Ikuskatzaileak, arazoa uztailaren bukaerako konponduta ez bazegoen, Anaiak kenduko zituela pentsatu zuen. Erabaki hau Gurasoen Elkartera iritsi zen eta hauen erabakia Batzorde berri bat sortzea izan zen. Batzorde honek udalarekin hitz egingo luke eta diru laguntza handitzea eskatuko lioke.
Zereginak baiezkoak izan ziren eta horren ondorioz Guraso Elkarteak 5.000 pezetako laguntza lortu zuen, baina baldintza bat bete behar zuen: Diputazioaren laguntza ez lukete jasoko. Bestalde, Guraso Elkarteak beste bi erabaki hartu zituen, Elkarteak beste 2.000 pezeta Anaiei emango lieke Anaia bakoitzak 2.000 pezeta kobratzeko eta beste 1.000 pezeta alokairurako. Hurrengo urtean udalak 7.000 pezeta ematen zituen beste baldintza bat betetzeko, hau da, eskola doakoa izan behar zen.
Arazo ekonomikoak alde batera utzita, zeintzuk konponduta ziruditen, II. Errepublika estatu espainiarrean indarrean jarri zen eta honek beste arazo batzuk sortu zituen eta ikastetxearengan eragin larriak izan zituen egoera politikoak. Errepublikaren defendatzaileak Altzan irabazi ondoren, eta beste leku batzuetan gertatu ez zen bezala, ez zen izugarrizko ospakizuna izan eta hurrengo egunean klasea normala izan zen. Baina beste egun batzuk beranduago, Madrilgo "Nuestra Señora de las Maravillas" ikastetxea erre ondoren, errefuxiaturen bat gure eskolara iritsi zen. Gainontzean ikasturtea ondo bukatu zen, "San Luis" jaia, eskolaren patroia, ospatzen.
Ordea, eskolaren funtzionamendua "greba iraultzailearengatik" etenda ikusi zen. Greba hau Donostia eta Altzan 1932ko urtarrilaren 9an eta 10ean egin zuten, baina jatorriak Errioxan zeuden. Egun batzuk lehenago sozialista batzuk Arnedon (Errioxan) hil zituzten eta alderdi politikoek deialdi hau egin zuten. Gurasoen Elkarteko presidenteak eskolako zuzendaritzarekin hitz egin zuen eta iradokizun bat proposatu zien: "kontuagatik, zuek greba egin ezazue", nahiz eta jakinarazpenean ondorengoa azpimarratu zuen: "grebarik badago, baina hau ez da greba iraultzailea".
1933an beste ikastetxeetan gertatu zen bezala, eta egoera politikaren ondorioz, urduritasuna komunitatera iritsi zen. Konstituzioaren 26. artikuluak horrela aipatzen zuen: "Estatuak, eskualdeek, probintziek eta herriek ez dute mantenduko,ez lagunduko ere ekonomikoki eliza, elkarte eta erakunde erlijiosoak". Hori dela eta, urtearen hasieran Altzako Udalak "por culpa de unos gestores elegidos por arte de birlibirloque" laguntza ekonomikoa kendu zuen. Zeregin hau betetzeko ikastetxera joan ziren, materialaren inbentarioa egin zuten eta are gehiago, eskolaz jabetu ziren.
Gurasoen Elkarteak, behin egoera aztertua, erabaki berri batzuk hartu zituen:
"eskolaren gastu guztiak bazkideen arteko hainbanaketan banatzea, irakasleriaren egoera hobetzea, ikasle guztiei material eskolarra ematea, gela berriak bukatzea eta eskolaren apogeoa adorearekin mantentzea".
Gurasoen Elkartearen erabaki honen aurrean, Udalak eskola berri bat maisu batekin irekitzea erabaki zuen.
Baina egoera politikoak okerragotzen hasi zen eta Anaiak "Zeruko-Atea" etxebizitzan bizi zirenak, ez zituzten baldintzarik onenak. Hauek esaten zuten: "esta Puerta del Cielo es más pequeña que la del lavadero" eta horrela zen. Urriaren 8an elizaren inguruetan gertaera oso larria izan zen. Esaten dugun bezala, egoera politikoa kezkagarria zen eta elizaren ondoan militar batzuk zeuden. Bat-batean urrutitik tiroak hasi ziren eta militarrek erantzun gogorra egin zuten. Tiro-trukearen ondorio bezala Gurasoen Elkarteko presidentea zauritua izan zen.
Gerra Zibilaren hasierarekin bat etorriz, 1936ko uztailaren 18an, sari emate tradizionala ospatzen zen, olerkiak, dantzak, abestiak hizkuntza eta matematikako ariketekin eta, batez ere, ikasleei hainbeste gustatzen zitzaien buruko kalkuluarekin. Ekitaldia bukatu zenean, Gerra Zibila hasita zegoela izan zen berria. Hurrengo egunetik konfiskatutako ibilgailu asko zebiltzan ikastetxetik hurbil. Asteazkenean, uztailaren 22an, CNT-eko militanteak, sindikatu anarkistarenak, inguruko herrietatik iritsi ziren eta pertsonak entzuten ziren meza bortizki erregistratu zituzten. Horretarako Anaiei akusazio bat leporatu zieten: "etxe honetako apaizek gau osoan zehar leihoetatik tiroak bota dituzte". Egoera honen aurrean "JEL-en nazionalistek parte hartu zuten", Eusko Alderdi Jeltzalearen militanteek, zeintzuk auzoan jarrera pasibo bat izan ondoren kalera atera ziren etxea armatutako pertsonengatik babesteko.
CNT-eko militanteek ordu bat eman zieten Anaiei etxebizitza uzteko, zein konfiskatua izan zen jelkideengatik Franco iritsi arte. Gerra Zibilak bi hilabete iraun zituen Donostian eta bitartean Anaiak ezkutuak izan ziren probintziako beste Anaien etxebizitzetan. Ordea, irailaren 21ean ikasturte berri bat hasi zen Alkateak eskatu zuelako. Nahiz eta zailtasun handiak izan eskolara iristeko, Anaiek klaseak eman zituzten eta haien menpe geratu ziren. Hori dela eta, 1937/38 ikasturtea ia normaltasun osoarekin hasi zen. Ikasle guztiek mezara jo zuten eta Anaiek abituak berreskuratu zituzten. Hauek izan ziren salbuespen bakarrak. Baina normaltasun hura noizbehinka aztoratuta ikusten zen, esate baterako, Anaiek beste Anaia baten heriotzari buruz hitz egiten zutenean, esanez: "Casimiro Anaiak armak behin betiko utzi ditu gaixotasun traidore batengatik".
Gerra Zibila bukatu ondoren "normaltasuna" eskolara bueltatu zen. Hori dela eta, 1944/45 ikasturtean Teresa de Barcaiztegui-ri, Zappino-ren alargunari, omenaldi bat egin zioten ondorengoek parte hartzen: "Gobernadore Zibila Jarduneko Jaun Bikainak eta Diputazioaren Presidenteak, Agustin Brunet Jaunak, Donostiako Alkateak, Lataillade jaunak, familiaren lagunek eta publiko ugariak". 1951ko ikasturtean hirurehungarren urteurren "lasaliano" Donostian ospatu zuten, "lasaliana astean" deitutakoa eta "Los Angeles" ikastetxeak ekitaldiak antolatu zituen.
Ikasketei dagokienez, 1958an haien zabalkuntza proposatu zen, Batxilergo Elementala eta Goiko Batxilergoa sartuz. 1970ean "Ley General de Educación y Financiamiento de la Reforma Educativa-k" aldaketa ugari ekarri zituen eta aldaketa haiek erronka bihurtu ziren. Gauza bera gertatu zen Eusko Jaurlaritzaren aldaketekin. Akordio haiek eredu linguistiko berriak ekarri zituzten eta arazo bihurtu ziren ere, LOGSEko eskolaratze zabalkuntzarekin bezala.