Pero el que juega con fuego, termina quemándose. Fuentes y su equipo siguieron haciendo las cosas mal y permitieron que Bakero, por expreso deseo, se convirtiera en el entrenador en la 06-07. Fue el principio del fin. Fichajes calamitosos, pésima estructura de la plantilla. La Real no sumó su primera victoria hasta la jornada 15. Para entonces, claro, Bakero ya había sido destituido y ocupaba el banquillo Miguel Ángel Lotina.
A pesar de la mejoría evidenciada con el de Meñaka, fue imposible. La Real descendió a Segunda 40 años después. Antes del final, a poco de terminar la Liga, Miguel Fuentes se bajaba del barco, a la deriva, y dimitía alegando razones personales. María de la Peña fue escogida entre sus compañeros como presidenta. A pesar del descenso, el Consejo no dimitió.