Como casi todos los conceptos de cierta complejidad, el de "Prehistoria" incluye también numerosos matices y no pocos factores de evolución a lo largo del tiempo. Con anterioridad a la formulación y aceptación generalizada del paradigma evolutivo, durante el último tercio del siglo XIX, la Historia de la Humanidad se interpretaba a la luz del catecismo cristiano. Durante esta fase precientífica, el concepto de "prehistórico" va a hacerse equivalente al de "antediluviano". Habiendo sido creado el mundo por un ser supremo, la única gran cesura en la Historia de la Humanidad sería el Diluvio Universal, evento adjudicable a la voluntad divina y bien encuadrado desde el punto de vista cronológico en el marco histórico institucionalizado en los textos sagrados. El hallazgo, cada vez más frecuente, de restos de seres humanos o animales en contextos sedimentarios no familiares (las necrópolis de los templos de las diferentes civilizaciones conocidas, desde la clásica) se van a atribuir alternativamente al Homo diluvii testis (el hombre testigo del Diluvio) o a el mundo antediluviano, arrasado por tal evento catastrófico. A medida que los fundamentos de la moderna Geología se consolidan, con los trabajos de Charles Lyell, resulta evidente que una única catástrofe no ha podido conformar la actual complejidad geológica del planeta. Es el momento en que los creacionistas abrazan la denominación "prehistórico", pero sin cambiar la cronología bíblica o la noción de un mundo simplificado que subyacía bajo la visión de lo "antediluviano".
Existe un concepto científico de la "Prehistoria" que nace y se consolida en torno a los mismos acontecimientos y protagonistas. El propio Lyell, que formuló las bases de la Geología actual (Principles of Geology: being an attempt to explain the former changes of the Earth's surface, by reference to causes now in operation, 1830-1833), enumeró los principios de la Estratigrafía (que tan útiles resultaron en la excavación sistemática de los depósitos sedimentarios prehistóricos) e interpretó en términos arqueológicos un conjunto de yacimientos prehistóricos en un libro (Geological Evidences of the Antiquity of Man, 1863) que daba al traste con la pretensión científica del Creacionismo.
Aunque existen formulaciones anteriores en el tiempo, incluso bien documentadas desde el punto de vista académico, suele emplearse como hito creador del moderno concepto de Prehistoria una obra de John Lubbock (Prehistoric Times, 1856). Dentro de esta primera aproximación al término, "Prehistoria" sería el primero y más dilatado de los periodos de la Historia humana, que comprende el desarrollo de las sociedades ágrafas. Dentro de esta concepción, fuertemente eurocéntrica, la adopción de los diferentes sistemas de escritura irá incorporando a la Historia sucesivamente a las sociedades humanas. En efecto, el modelo de una Humanidad prehistórica anterior a la expansión de la civilización clásica greco-latina y su evolución ulterior, entronca cómodamente con la tradición europea. Alcanza incluso a las llamadas Altas Culturas alrededor del Mediterráneo (Egipto, Mesopotamia, Persia), bien conocidas histórica y arqueológicamente por parte de las mismas fuentes europeas. Pero la validez de este paradigma resulta de más difícil aplicación para las Altas Culturas del Extremo Oriente asiático, más aún si cabe, para el conjunto del continente americano y carece de validez para el África Subsahariana u Oceanía. Estas áreas, o carecen absolutamente de sociedades comparables a las descritas en el entorno circumediterráneo, o desconocen (caso de los incas, por ejemplo) la variable crítica de la escritura como medio de trasmisión institucionalizada del conocimiento. Así pues, la vinculación entre Prehistoria y lenguaje escrito se está matizando en las últimas décadas, aplicando conceptos alternativos como el fenómeno de la urbanización, la institucionalización del Estado o la Religión como hitos que permitirán definir una sociedad como histórica, fuera del rango sociocultural que consideramos prehistórico.