La lucha contra la peste. La organización sanitaria, a pesar de su carácter endeble y embrionario, implicaba a los diversos niveles que estructuran el poder político de la época, comenzando por el propio monarca; sin embargo, fue el ámbito municipal el que soportó la carga más pesada de la lucha, con sus solos recursos, y desdoblado en dos frentes: el profiláctico y el curativo. En cuanto a las medidas profilácticas, en todas las latitudes del mundo se observaron procedimientos semejantes. En primer lugar se cerraba el acceso a toda persona o mercancía que procediera de lugar infectado, colocando para ello guardas en puertas y caminos. Al mismo tiempo se ahumaban plazas y calles con hogueras de plantas y maderas olorosas: laurel, romero, tomillo, sándalo, ciprés, etc; se sacaban cienos animales fuera de los recintos urbanos, generalmente cerdos. Al tiempo que se procedía a la expulsión de pobres y mendicantes, a la expiación de pecados públicos como la prostitución y el amancebamiento; así en Fuenterrabía (1598) se ordenó su búsqueda y captura en casas y caseríos «y hallandolos algunas mugeres de mala vida, mundanas o amançebadas, hagan los dichos alcaldes el castigo conforme a justicia, que de sus culpas e pecados se hallare poniendo en execucion el castigo que parezca», el resultado fue la aprehensión de «diez y ocho o veinte mugeres mundanas y amançebadas que se desterraron por los dichos alcaldes». Una vez manifestado el contagio la villa en cuestión quedaba aislada, empeorando los problemas de abastecimiento alimenticio y de medicinas; se habilitaban hospitales y chozas donde agrupar a los enfermos, o simplemente se les aislaba de los demás clavando puertas y ventanas de sus casas para que no pudieran escapar. A pesar del bajo nivel de la medicina y la poca efectividad de las curaciones y específicos empleados se intentaron numerosos remedios. De entre todas las afecciones la más grave y que facilitaba la acción de las demás era el hambre, contra la que se intentaba luchar a base de repartos gratuitos de comida entre los necesitados, compuesta de: pan como base, tocino o algo de carne, sidra o vino como complemento calórico de una dieta pobre. La función esencial de los remedios aplicados era ayudar a la naturaleza y acelerar la maduración de los bubones y tumores. Los específicos empleados eran de varios tipos: sudorativos (cocimientos a base de raíces de escononera, de cedoaria, cardo, benedito, hierbas de escordión, raíces de ditamo, de escabiosa, tormentilla, hierba quinquefolio,...), antídotos (mitridato y triaca magna), madurativos (malvavisco, cebollas de azucena blanca, malva, manzanilla, aneldo, higos...), calmantes «una opiata intitulada contra peste», cítricos y algunos inclasificables como las «tabletas contra peste», «el ámbar y cuerno del unicornio», etc. En cuanto a las aplicaciones quirúrgicas, las sangrías eran de uso generalizado, así como las ventosas y la extirpación de los bubones una vez maduros. La eficacia de los remedios, en cambio, era muy limitada y rara vez sobrepasaban el 20 % los enfermos que sanaban.