Tras la aprobación del Estatuto de Autonomía, se celebraron las primeras elecciones al Parlamento Vasco en marzo de 1980, que consolidaron a EAJ-PNV como la primera fuerza política del País Vasco con el 38% de los votos emitidos. HB se situó como la segunda fuerza con el 16,55% de los votos, por delante del PSE-PSOE que obtuvo el 14,21% de los votos, seguidos por EE, UCD, AP y PCE. Carlos Garaikoetxea fue elegido lehendakari al frente de un gobierno monocolor de EAJ-PNV
Los años que van de 1980 a 1985 fueron años de hegemonía de EAJ-PNV en el País Vasco ya que además del gobierno vasco en solitario, gobernó las tres diputaciones forales y los ayuntamientos de las tres capitales. En las elecciones autonómicas de 1984 EAJ-PNV volvió a ganar con el 42% de los votos y Carlos Garaikoetxea volvió a ser reelegido lehendakari. Así, fueron años de oposición para el PSE-PSOE en el País Vasco mientras que en el Estado se inició un periodo de catorce años (1982-1996) de gobierno ininterrumpido del PSOE, encabezados por Felipe González. La primera mitad de la década de los ochenta estuvo caracterizada en el País Vasco por las negociaciones sobre las transferencias entre el gobierno autonómico gobernado por EAJ-PNV y el central gobernado por el PSOE (no fáciles sobre todo a raíz del pacto entre el PSOE y UCD para revisar a la baja el sistema autonómico previsto en la Constitución que cristalizó en la Ley Orgánica para la Armonización del Proceso Autonómico o LOAPA), por la violencia tanto de ETA como la ejercida por grupos de la extrema derecha (Batallón Vasco-Español) y los GAL, por el tema de Navarra, que con la Ley de Amejoramiento del Fuero aprobada quedó estructurada como Comunidad Foral diferenciada de la CAV en 1982, año en el que se constituyó el Partido Socialista de Navarra (PSN-PSOE) con figuras destacadas como Gabriel Urralburu, Víctor Manuel Arbeloa, Jesús Malón, o Julián Balduz, y por último, por la escisión del partido de gobierno (EAJ-PNV).
La escisión del partido del gobierno autonómico (EAJ-PNV) marcó sin duda el desarrollo político de los años posteriores ya que ante la imposibilidad de gobiernos monocolor, tuvieron que diseñarse gobiernos de coalición en los que participó activamente y casi ininterrumpidamente hasta 1998 el PSE-PSOE Así comenzó una etapa en la que el PSE-PSOE asumió responsabilidades de gobierno y aumentó su presencia institucional. Tras las elecciones autonómicas de 1986, José Antonio Ardanza fue elegido lehendakari (EAJ-PNV) y Ramón Jáuregui vicelehendakari (PSE-PSOE) y tras las elecciones municipales y forales de 1987, la Diputación de Álava pasó a ser presidida por el socialista Fernando Buesa. Fueron años de buena sintonía entre EAJ-PNV y el PSE-PSOE, cuya tarea principal consistió en dotar de competencias reales al Estatuto, avanzar en el autogobierno y conseguir la pacificación. Así, el 12 de enero de 1988 se firmó el Pacto de Ajuria Enea o el Acuerdo para la normalización y pacificación de Euskadi, liderado por el lehendakari Ardanza y firmado por EAJ-PNV, PSE-PSOE, EE, Eusko Alkartasuna (EA), AP y Centro Democrático y Social (CDS). Al mismo tiempo y en el mismo sentido, entre 1987 y 1989 el gobierno socialista de Felipe González mantuvo conversaciones con ETA en Argel, cuyo fracaso trajo el endurecimiento de las acciones policiales y judiciales contra ETA por parte del gobierno, que contó con el apoyo de EAJ-PNV en temas tales como la dispersión de presos (1989).
En las elecciones autonómicas de 1990, EAJ-PNV consiguió cinco escaños más que en las de 1986 (momento de la escisión) y el PSE-PSOE perdió tres, por lo que EAJ-PNV pactó con EA y EE un gobierno tripartito nacionalista presidido por Ardanza en febrero de 1991. A tenor de los resultados, parecía que los gobiernos de coalición favorecieron a EAJ-PNV y no al PSE-PSOE No obstante, este tripartito nacionalista fue efímero, ya que tras las elecciones municipales y forales de junio de 1991, EAJ-PNV pactó con el PSE-PSOE para arrebatar a EA la Diputación Foral de Gipuzkoa y la alcaldía de Donostia-San Sebastián. EA salió del gobierno y entró el PSE-PSOE formando un nuevo gobierno tripartito EAJ-PNV, EE y PSE-PSOE liderado por Ardanza. El lehendakari, tras unas nuevas elecciones autonómicas celebradas en 1994, que dejaron patente la pluralidad del mapa electoral y el descenso del PSE-PSOE en beneficio del Partido Popular (PP), lideró su última legislatura con un nuevo tripartito EAJ-PNV, PSE-PSOE y EA. En 1993 se produjo la convergencia entre el PSE y EE con el objeto de aglutinar en una única formación a la izquierda vasquista y autonomista del País Vasco.
Las elecciones generales de 1996 trajeron el triunfo del PP y terminaron con catorce años de gobierno ininterrumpido del PSOE a nivel estatal, desgastado por temas de corrupción, o los GAL. Esta derrota y la renuncia de Felipe González a la secretaría general, sumieron al PSOE en una importante crisis de liderazgo, que no se resolvió hasta que el XXXV Congreso Federal de 2000 eligió a José Luis Rodríguez Zapatero para dicho cargo.
En el País Vasco 1998 fue clave en el desarrollo político. La imagen de unidad presentada por todos los partidos, excepto HB, después de que ETA asesinara al concejal popular de Ermua Miguel Ángel Blanco en verano de 1997, se fue resquebrajando durante 1998. El PSE-EE-PSOE se acercó al PP y apoyó a este partido en el endurecimiento de su política hacia ETA y HB (incremento de acciones policiales, endurecimiento de la política penitenciaria y acciones judiciales como el encarcelamiento de la Mesa Nacional de HB en diciembre de 1997 o el cierre cautelar del diario Egin en julio de 1998), y se distanció de EAJ-PNV llegando a abandonar el gobierno vasco en verano de 1998 tras denunciar públicamente que se estaba gestando un pacto nacionalista a sus espaldas. El 12 de septiembre de 1998 EAJ-PNV, HB, EA, Izquierda Unida (IU), ELA, LAB y otros movimientos sociales firmaron el pacto de Estella o Lizarra que consumó el alejamiento entre EAJ-PNV y el PSE-EE-PSOE y el acercamiento de éste al PP. Días después de la firma del pacto de Estella, ETA anunció una suspensión ilimitada de sus acciones armadas y comenzó así una tregua que duró catorce meses.
En este contexto se celebraron las elecciones autonómicas de octubre de 1998, que estuvieron marcadas por la ausencia de atentados pero por una campaña muy tensa y polarizada entre los partidarios y detractores del pacto de Estella. EAJ-PNV fue el partido más votado con el 28,01% de los votos, aunque los partidos que más crecieron fueron el PP, que pasó a ser la segunda fuerza política con el 20,13% de los votos y HB, que se presentó con el nombre de Euskal Herritarrok (E.H.) y obtuvo el 17,91% de los votos. El PSE-EEPSOE consiguió el 17,60% de los votos pero pasó de ser la segunda fuerza a ser la cuarta fuerza política del Parlamento Vasco. En diciembre de 1998 Juan José Ibarretxe, candidato de EAJ-PNV fue elegido lehendakari de un gobierno formado por EAJ-PNV, EA y apoyo de EH, hasta que en mayo de 1999, los tres firmaron un pacto de legislatura (EAJ-PNV, EA y E.H.) que duró hasta principios de 2000, cuando ETA retomó las armas y cometió sus primeros atentados como el perpetrado contra el dirigente socialista Fernando Buesa y su escolta. Ante este atentado, el lehendakari rompió el pacto de legislatura con EH. Al quedarse en minoría, Juan José Ibarretxe convocó nuevas elecciones autonómicas para mayo de 2001 cuyos resultados estuvieron caracterizados por la altísima participación y el triunfo de la coalición EAJ-PNV-EA, que sumó 33 parlamentarios. Ibarretxe formó un gobierno tripartito entre EAJ-PNV, EA e IU.
Mientras, en marzo del mismo año 2000, las elecciones generales dieron paso a un segundo gobierno del PP, liderado por Aznar y con mayoría absoluta. Se inició así una legislatura marcada por la ruptura de la tregua, la tensión y enfrentamiento entre nacionalistas y constitucionalistas, la redacción del Plan Ibarretxe, y la colaboración entre el PP y el PSE-EE-PSOE (cuyo secretario general fue Nicolás Redondo Terreros entre 1997 y 2001), en materia antiterrorista. Ejemplo de dicha colaboración fue la firma del Pacto Antiterrorista en diciembre de 2000 o la aprobación de la Ley Orgánica de Partidos Políticos en julio de 2002 con la que en 2003 se ilegalizó a Batasuna. En marzo del mismo año, Patxi López fue elegido secretario general del PSE-EE-PSOE y en las elecciones generales de marzo de 2004, celebradas días después de los atentados del 11-M en Madrid, el PSOE ganó las elecciones y José Luis Rodríguez Zapatero sustituyó a Aznar como presidente del gobierno. Se inició así una nueva legislatura caracterizada por un nuevo talante, que rebajó el clima de crispación de la anterior. El nuevo gobierno apostó por desarrollo del modelo territorial del Estado, planteando reformas de los Estatutos de Autonomía de las Comunidades Autónomas, tendentes a aumentar el autogobierno de las autonomías, lo que ha suscitado un amplio debate entre sus partidarios (socialistas, nacionalistas y regionalistas) y detractores, especialmente el PP
Mientras, en diciembre de 2004, el Parlamento vasco aprobó por mayoría absoluta gracias a los votos a favor de tres parlamentarios de Batasuna el Estatuto político de la Comunidad de Euskadi o Plan Ibarretxe, cuyo trámite parlamentario discurrió durante el 2004 y el lehendakari lo presentó en el Congreso de los Diputados en febrero de 2005, donde fue rechazado. El PSE-EE-PSOE, muy crítico con este plan, votó negativamente junto al PP El lehendakari puso fin a la legislatura y convocó elecciones autonómicas en abril de 2005, a las que EAJ-PNV se presentó en coalición con EA La coalición perdió unos 140.000 votos con respecto a las anteriores elecciones pero fue la fuerza más votada con el 38,67% de los votos. El PSE-EE-PSOE recuperó el segundo lugar con el 22,68% de los votos por delante del PP con el 17,40% de los votos. Batasuna como tal, ilegalizada, no pudo presentarse aunque Euskal Herrietako Alderdi Komunista (EHAK) asumió la representación de la izquierda abertzale, que obtuvo el 12,44% de los votos. Se producía un empate técnico a 33 escaños entre el bloque favorable al Plan Ibarretxe (EAJ-PNV, EA, IU y Aralar) y el contrario (PP y PSE-EE-PSOE). Los nueve escaños de EHAK tenían la llave de la gobernabilidad. En junio de 2005 Juan José Ibarretxe fue reelegido lehendakari gracias al apoyo prestado por dos parlamentarios de EHAK.
En la práctica el plan Ibarretxe salió derrotado de las elecciones y ya en el discurso de investidura, Ibarretxe no habló del plan sino de la creación de una mesa de partidos con la presencia de todos, que resolviera el problema de la violencia y la cuestión nacional vasca. Esto coincide con el nuevo talante del gobierno socialista y su apuesta por el diálogo con ETA. En mayo de 2005 el Congreso de los Diputados aprobó una resolución que permitía al gobierno iniciar un proceso de diálogo con ETA si ésta abandona las armas. Todos los partidos, excepto el PP apoyó dicha iniciativa. En marzo de 2006 ETA declaró una tregua y se inició el proceso de paz.