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La recuperación cristiana de territorios -ya sea los arrasados por los normandos en el norte, ya los ocupados por los musulmanes en la Vasconia ibérica- trajo como correlato el restablecimiento del cristianismo como religión oficial y la reorganización de las estructuras episcopales (reforma gregoriana, siglo XI), bajo la forma de diócesis nuevas o remozadas cuyos inicios son poco conocidos. Bayona, Pamplona y Armentia o Álava constituyen la avanzadilla de este fenómeno mientras las viejas diócesis de Oca, Calahorra y Tarazona perecen bajo la ocupación musulmana.

Los obispos de Pamplona acompañan a la Corte residiendo en Pamplona, San Millán o en Albelda. No se hallan refugiados en Leire, como se ha solido decir, desde 860 a 1023. Hoy se da por falsa la convocatoria de un concilio por Sancho el Mayor para tratar la restauración de la iglesia de Pamplona. A tenor de la Reconquista el obispado se extendería por el E. a Valdonsella con las Cinco Villas aragonesas, Uncastillo, Sádaba, Biel, Luesia, Agüero y Murillo del Gállego. Por la bula de Pascual II se confirmaba a la iglesia de Pamplona todas sus iglesias sujetas, y con especialidad y nombradamente las de Sos, Uncastillo, Luesia, Agüero, Murillo y la del Castelar sobre Zaragoza. Así mismo el castillo de Santesteban con su pertenecido, todo el valle de Aragón y el valle de Onsella y desde Pintano hasta el río Gállego (4 de junio de 1116). Por el lado occidental llegaría a comprender a toda o casi toda Guipúzcoa y tal vez a Vizcaya antes de la creación de la diócesis de Álava. Por el sur durante algunos años en el siglo II Tudela fue de Pamplona. Hacia comienzos del siglo X Pamplona perdió extensión en favor de los nuevos obispados de Nájera y Tobía (Rioja) y Sasabe en Aragón. Tudela pasó a Tarazona en 1143.

Se le llama también de Armentia por ser este lugar la sede de los obispos alaveses. La caída de Calahorra en poder musulmán y la posterior aparición de los obispos de Álava ha dado lugar a suponer que estos últimos continúan la sede calagurritana pero no hay prueba histórica alguna que lo compruebe. La verdad es que el primer obispo que se documenta en Álava es Bivere hacia el año 876, pero sin concreción de ser obispo titular aunque es de suponer que sí. Landázuri supone que la sede armentiense nace no muchos años después de la invasión musulmana, en el siglo VIII, y no falta quien sostenga fechas anteriores pero sin pruebas. El lugar de la supuesta sede habría sido Belegia. Y todo se basa en que en 881 existió un Álvaro, obispo de Belegia, pero el dato es muy tardío. También se dice que mientras hubo obispos en Calahorra, hasta el año 900, no pudo haber obispado en Álava, pero ahí están de hecho los obispos Bivere y Álvaro, aunque el primer titulado de Álava sea Munio en 987. Por otra parte los tres documentos aducidos para probarlo son de dudosísima autenticidad. El último vestigio de obispo calagurrense es de 812.

La diócesis de Álava abarcaría a Álava, Vizcaya (salvo las Encartaciones) y occidente de Guipúzcoa (valle de Deva y Vergara) para atender a las necesidades cristianas de tan extensa región ya cristianizada como lo prueban los sepulcros de Argineta y ciertos datos de fines del siglo IX relativos a Elorrio, en el interior de Vizcaya. Por La Rioja podría extenderse por la parte de Santo Domingo y Haro, ya que en 1085 el obispo Fortunio de Álava concede la exención de pago de las tercias episcopales de las posesiones del monasterio de San Juan de la Peña en su diócesis entre las que se cita una en Cuzcurrita. La diócesis de Valpuesta, que sustituyó a la de Oca, en poder musulmán, solamente atendió tierras que actualmente son vizcaínas, pero entonces no, como las Encartaciones, todas en el occidente clásico vizcaíno. Debemos rechazar también que la diócesis de Álava fuera una extensión de la de Pamplona y fundada por Sancho el Mayor, ya que existía desde tiempos anteriores. Hay que tener en cuenta que Álava y Castilla fueron regidas por el Conde Fernán González (931-960), señoreando en tierra alavesa desde su matrimonio con la princesa pamplonesa Sancha, que lleva consigo el condado de Álava y en los tiempos inmediatamente anteriores rigen el país los condes Eylón (866) y Bela Ximénez (822...), éste de la casa Ximena del Reino de Pamplona. En este contexto político nace y vive el obispado de Álava con sede en Armentia, cerca de Vitoria. Durante el obispado de Munio (984-989) ya la diócesis es parte del Reino de Pamplona. Después de reconquistada Calahorra en 1045, cuarenta y dos años más tarde, en 1087, viene a fundirse la diócesis alavesa con la calagurritana.

No forma parte del Reino de Pamplona salvo una porción de Guipúzcoa y de la Navarra atlántica. Sus orígenes son oscuros y sin documentación histórica adecuada. Se ha supuesto que la sede lapurdense existía ya en el siglo VI pero esto no pasa de lo poco probable. Faltan, como hemos dicho, los documentos que den testimonio del hecho. La predicación de San Amando (siglo VII) no presupone, forzosamente, la existencia de un obispado en Bayona. Jaurgain, en su obra La Vasconie, reeditada por Auñamendi, atribuye sin pruebas a Sancho el Mayor, rey de Pamplona, la creación de la diócesis hacia 1027. En este caso coincidiría con la creación del vizcondado de Laburdi a favor de Lupo Sancho hacia 1023. Sea como fuere, el obispado de Bayona comprendía al vizcondado de Laburdi abarcando lo que hoy es Baja Navarra exceptuando el país de Amikuze (Mixe) y el de Ostabaret (Baja Navarra) que pertenecían a la diócesis y vizcondado de Dax. Del mismo modo la de Olorón se extendía hasta comprender el país de Zuberoa (Soule). Por el siglo abarcaba parte de la Navarra atlántica, el Baztán y comarcas limítrofes y el arciprestazgo menor de Guipúzcoa.

Lo difícil es determinar hasta dónde llegaba Bayona por el interior guipuzcoano ya que los documentos que hablan de ello son falsos, interpolados o basados en los primeros. La carta de Arsius, episcopus Vasconiae, escrita en el siglo XII, dice literalmente: "terra que dicitur Emania et Sanctum Sebastianum de Pusico (Guipúzcoa) usque ad Sanctam Mariam de Arosth et usque ad Sanctam Trianam (San Adrián)...". Otro documento sospechoso de autenticidad, el decreto de Sancho el Mayor, de 1027, incluye en la diócesis lapurdense a Oyarzun, Hernani, y, lo que es más terminante, "et tota Ypuzcoa" con la particularidad de señalar como límites el río Deva y San Adrián. Dos bulas recogen también noticias parecidas, la de Urbano II (24-VI-1096) y la de Pascual II (1106), y su confirmación de 1100. Si la de Urbano II confirma los límites dados por Sancho el Mayor, la de Pascual II recoge los datos en la carta de Arsius. Mañaricua, último historiador que ha estudiado minuciosamente el asunto, nos dice que el hecho de que en 1108, el obispo de Bayona, Bernardo, consagrara la iglesia de Astigarribia, lindando con la actual Vizcaya, a petición del abad de San Millán de la Cogolla, no implica jurisdicción, aparte de que Astigarribia pertenecía a la sazón al obispado de Calahorra, tras la extinción del de Álava. Dichos documentos se inclinan bien a Pamplona, bien a Bayona, pero, al parecer, la mayor parte de Guipúzcoa se hallaría bajo el obispo de Pamplona y lo que más tarde sería arciprestazgo de Fuenterrabía bajo Bayona. Dicho de otro modo, el valle de Oyarzun, Fuenterrabía e Irún, entendiendo por valle de Oyarzun no solamente la localidad sino también Rentería, Lezo y Pasajes. En 1412 la clerecía del obispado de Bayona en los pueblos del dominio de los reyes de Navarra, se quejó al rey de que aquél, cuando vacaban los beneficios del obispado, los proveía en personas de fuera del reino y de que los oficiales del obispo les exigían derechos excesivos. El rey encargó al obispo Mosén Guillén Amaut de Bordes que atendiese a dichas quejas, en cuya virtud se hizo cierta composición.

Carta de Arsius, de fines del Siglo XI o comienzos del XII: