En 1998, Javier Miranda alcanzó la presidencia del C.A. Osasuna y, en su segundo año de mandato, confió en Miguel Ángel Lotina para su proyecto deportivo.
Así, al término de la temporada 1999-00, Osasuna volvió a incluirse entre los grandes. Después de seis temporadas consecutivas en Segunda, el equipo regresó a Primera División. En la última jornada del campeonato, Osasuna venció en su estadio al Recreativo de Huelva (2-1) y los rojillos regresaron, por méritos propios, a la Liga de las Estrellas.
En el año 2002, tras dos años consecutivos en Primera División, Javier Miranda y Miguel Ángel Lotina abandonaron el C.A. Osasuna para dar paso a Pachi Izco, presidente, y Javier Aguirre, ex jugador rojillo en la década de los ochenta, como entrenador. El equipo logró con comodidad la permanencia en Primera División, por tercera temporada consecutiva.
Javier Aguirre volvió a ser el entrenador del equipo en la temporada 2003-04, un año realmente espectacular para los rojillos. La permanencia llegó varias jornadas antes de que concluyese el campeonato y hasta el final de la Liga se conservaron opciones para alcanzar un puesto en la Copa de la UEFA. Los navarros lograron importantes victorias en el Santiago Bernabéu ante el Real Madrid (0-3) o en Mestalla ante el Valencia (0-1), conjunto que al final se proclamó campeón de Liga.
En el aspecto institucional, el Gobierno de Navarra aprobó el proyecto de modificación de las normas subsidiarias del Valle de Aranguren para la ampliación de las Instalaciones de Tajonar. De esta forma, el C.A. Osasuna pasó a tener más de 300.000 metros cuadrado de superficie para potenciar la Ciudad del Fútbol.